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万見
- PDB-4ajd: Identification and structural characterization of PDE10 fragment ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ajd
タイトルIdentification and structural characterization of PDE10 fragment inhibitors
要素CAMP AND CAMP-INHIBITED CGMP 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE 10A, PDE10
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of postsynaptic density membrane / 3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cGMP-inhibited cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cAMP catabolic process / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding ...extrinsic component of postsynaptic density membrane / 3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cGMP-inhibited cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cAMP catabolic process / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP-mediated signaling / cAMP binding / G alpha (s) signalling events / perikaryon / glutamatergic synapse / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain ...Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / GAF-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-ETHYL-4-METHYL-PHTHALAZIN-1-ONE / cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Johansson, P. / Albert, J.S. / Spadola, L. / Akerud, T. / Back, E. / Hillertz, P. / Horsefeld, R. / Scott, C. / Spear, N. / Tian, G. ...Johansson, P. / Albert, J.S. / Spadola, L. / Akerud, T. / Back, E. / Hillertz, P. / Horsefeld, R. / Scott, C. / Spear, N. / Tian, G. / Tigerstrom, A. / Aharony, D. / Geschwindner, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Identification and Structural Characterization of Pde10 Fragment Inhibitors
著者: Johansson, P. / Albert, J.S. / Spadola, L. / Akerud, T. / Back, E. / Hillertz, P. / Horsefeld, R. / Scott, C. / Spear, N. / Tian, G. / Tigerstrom, A. / Aharony, D. / Geschwindner, S.
履歴
登録2012年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAMP AND CAMP-INHIBITED CGMP 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE 10A, PDE10
D: CAMP AND CAMP-INHIBITED CGMP 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE 10A, PDE10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4258
ポリマ－75,8692
非ポリマー5566
水6,341352
1
A: CAMP AND CAMP-INHIBITED CGMP 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE 10A, PDE10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2134
ポリマ－37,9351
非ポリマー2783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
D: CAMP AND CAMP-INHIBITED CGMP 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE 10A, PDE10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2134
ポリマ－37,9351
非ポリマー2783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.950, 81.490, 158.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.174, -0.943, -0.284), (0.981, -0.14, -0.135), (0.088, -0.302, 0.949)
ベクター: -0.0422, -0.77611, 0.0522)

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要素

#1: タンパク質 CAMP AND CAMP-INHIBITED CGMP 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE 10A, PDE10 / PHOSPHODIESTERASE 10A


分子量: 37934.602 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 439-764 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-F04 / 2-ETHYL-4-METHYL-PHTHALAZIN-1-ONE


分子量: 188.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.15 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 13-18% PEG3350, 4-10 MM TCEP, 100 MM HEPES PH 7.5 AND 200MM MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→36.32 Å / Num. obs: 38555 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 36.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9156 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8709 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=ZN MG F04. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=5587. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=28. ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=ZN MG F04. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=5587. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=28. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=4.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2455 1486 5.02 %RANDOM
Rwork0.1866 ---
obs0.1896 29613 --
原子変位パラメータBiso mean: 35.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.1869 Å20 Å20 Å2
2--8.5951 Å20 Å2
3---5.5918 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.271 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5235 0 32 352 5619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015393HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.067304HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1878SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes145HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes769HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5393HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.4
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion695SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6705SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2713 153 5.3 %
Rwork0.254 2735 -
all0.255 2888 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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