PDB-4ai5: Crystal structure of Y16F of 3-methyladenine DNA glycosylase I (T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ai5

タイトル

Crystal structure of Y16F of 3-methyladenine DNA glycosylase I (TAG) in complex with 3-methyladenine

要素

DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I

キーワード

HYDROLASE / 3-METHYLADENINE RECOGNITION / DNA REPAIR / 3-METHYLADENINE TAUTOMER

機能・相同性

Hypothetical protein; domain 2 / Endonuclease III; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / 3-METHYL-3H-PURIN-6-YLAMINE / :

機能・相同性情報

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS MSSA476 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Zhu, X. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: A Model for 3-Methyladenine Recognition by 3-Methyladenine DNA Glycosylase I (Tag) from Staphylococcus Aureus.
著者: Zhu, X. / Yan, X. / Carter, L.G. / Liu, H. / Graham, S. / Coote, P.J. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2012年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月13日	Group: Other
改定 1.2	2012年6月20日	Group: Other
改定 1.3	2018年4月4日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ai5.cif.gz	389.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ai5.ent.gz	321.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ai5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ai5_validation.pdf.gz	474.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ai5_full_validation.pdf.gz	477.6 KB	表示
XML形式データ	4ai5_validation.xml.gz	38.8 KB	表示
CIF形式データ	4ai5_validation.cif.gz	55.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/4ai5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/4ai5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ai4C 4aiaC 2jg6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4aia-1 2jg6-d 4aia-3 4aia-2 4aia-4 4ai4-d 2grj-2 4aia-5 1c81-d 7nmm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I

B: DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I

C: DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I

D: DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I

E: DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I

ヘテロ分子

109 kDa, 5 ポリマー
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1

A: DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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5

E: DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.263, 78.813, 179.298
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.53, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2007- HOH

#1: タンパク質	DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I / 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE I 分子量: 21557.482 Da / 分子数: 5 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS MSSA476 (黄色ブドウ球菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q6G8R1, DNA-3-methyladenine glycosylase I
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-ADK / 3-METHYL-3H-PURIN-6-YLAMINE / 3-METHYLADENINE / 3-メチルアデニン分子量: 149.153 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₇N₅
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 16 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 16 TO PHE ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 16 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 16 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, TYR 16 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, TYR 16 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, TYR 16 TO PHE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.25 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月20日 / 詳細: OSMIC
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.22→50 Å / Num. obs: 47714 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 28
反射シェル	解像度: 2.22→2.26 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 11 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JG6

2jg6

解像度: 2.22→179.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 9.03 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.339 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21622	2364	5 %	RANDOM
R_work	0.18288	-	-	-
obs	0.18458	45350	95.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.736 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	-0.06 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.22→179.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7602	0	80	486	8168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.02	7929
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.02	5346
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.55	1.957	10736
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.689	3.001	13055
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.174	5	939
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.668	24.922	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.225	15	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.209	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	8789
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	1649
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.218→2.276 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	166	-
R_work	0.193	3043	-
obs	-	-	90.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1836	-0.5195	-2.7146	0.2935	-1.3236	16.0035	0.1235	-0.2932	-0.3509	0.0135	0.0796	0.0394	-0.0868	0.0026	-0.2031	0.0764	0.0021	-0.0297	0.0428	-0.001	0.1377	29.6707	-32.9611	2.4488
2	0.4301	-0.1267	0.1836	0.5433	0.1724	0.6311	-0.0195	-0.0327	-0.0184	0.0345	0.0424	0.0254	0.0056	-0.0511	-0.0228	0.0249	0.0032	0.0258	0.0137	0.0078	0.032	18.7745	-12.7249	6.1206
3	0.664	-0.617	-0.5518	2.9487	-0.1204	0.6545	-0.0019	0.0423	0.0331	-0.1485	0.0303	-0.0352	0.0362	-0.0524	-0.0283	0.0212	-0.0134	-0.014	0.0222	0.0107	0.0223	26.6104	-17.4236	-6.8925
4	10.4979	10.5966	15.4482	10.7023	15.5913	22.7606	-0.0337	0.5606	-0.2161	0.0572	0.4395	-0.2267	0.1738	0.893	-0.4058	0.2909	0.1871	0.0342	0.3502	-0.0096	0.2713	31.3905	-44.4401	22.555
5	1.0356	0.1064	0.2165	0.9246	0.2246	0.6136	0.02	0.0034	0.0606	0.0302	-0.0025	0.007	-0.044	0.0044	-0.0175	0.0505	0.0268	0.0173	0.0256	0.0019	0.0135	10.7449	-32.8221	23.7391
6	2.2726	-1.0969	0.1257	1.4016	0.4061	1.7609	-0.0323	-0.1177	0.1233	0.1355	0.0945	-0.1477	-0.0365	0.2228	-0.0622	0.0719	-0.0019	-0.0213	0.0384	-0.0181	0.0325	23.0984	-32.5315	33.2181
7	1.3357	-0.7084	1.3532	2.1186	-0.5723	1.4363	0.1042	-0.15	-0.1559	0.1853	-0.0254	0.0778	0.1069	-0.1157	-0.0788	0.0903	-0.0051	0.0086	0.1134	0.0727	0.1618	11.9346	-10.6472	85.2251
8	1.1859	-0.5043	0.1303	1.4794	-0.0325	0.4393	-0.0107	-0.0495	-0.0409	0.0132	0.0128	0.0282	-0.0664	-0.0656	-0.0021	0.0407	0.0347	-0.0066	0.0358	-0.0148	0.0284	9.4967	3.1614	78.1309
9	2.2684	-0.9829	0.5833	2.8236	-0.377	1.7782	-0.002	-0.0109	-0.303	-0.1964	0.0317	0.2606	0.1303	-0.1206	-0.0296	0.0417	0.0144	0.0019	0.0602	-0.0135	0.1021	7.0047	-7.8744	75.4675
10	0.7914	-0.0215	-0.8735	1.1706	0.2544	1.6335	-0.1083	-0.3502	-0.0834	0.1705	0.0996	-0.1512	0.2164	0.369	0.0088	0.078	0.0831	-0.0236	0.1981	0.0272	0.0371	-7.6476	-11.7951	48.2027
11	1.1651	0.3371	0.4305	1.6824	0.5153	2.6703	-0.232	-0.2707	-0.0274	0.1974	0.1692	0.0808	0.0938	0.1894	0.0628	0.1062	0.1002	0.0219	0.1717	0.0353	0.0089	-17.4199	-10.9181	54.4913
12	1.5454	-0.3261	-0.7817	0.3808	0.1871	3.0481	-0.0836	-0.0683	-0.2212	0.0874	0.0128	0.1114	0.1926	-0.1634	0.0709	0.0859	0.0278	0.0191	0.0433	0.015	0.0531	-18.406	-15.167	37.6727
13	1.9672	-0.0459	-0.7959	2.3959	-1.858	3.0548	0.1474	0.2419	-0.3296	-0.0858	-0.2183	-0.0383	0.1096	0.0715	0.0709	0.0633	0.0621	-0.0163	0.0925	-0.0375	0.0874	30.1902	-18.9161	66.2748
14	1.4745	-0.557	0.27	1.3839	-0.1235	1.4512	0.2272	0.4852	0.0367	-0.3725	-0.3604	0.0198	-0.0454	0.0902	0.1331	0.15	0.1475	-0.0038	0.2259	-0.0071	0.036	24.6197	-9.1494	55.6285
15	1.4117	-1.4971	0.0372	5.7337	-2.339	4.0798	0.0863	0.1104	0.1292	0.2032	-0.205	-0.6617	-0.1474	0.7207	0.1187	0.0547	0.0139	-0.0053	0.1738	-0.0109	0.1206	36.9826	-13.1249	72.0287

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	13 - 125
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	126 - 186
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 9
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	10 - 126
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	127 - 186
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 31
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	32 - 149
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	150 - 186
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	-1 - 77
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	78 - 122
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	123 - 186
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	-1 - 32
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	33 - 167
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	168 - 186

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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