[日本語] English
万見
- PDB-4aee: CRYSTAL STRUCTURE OF MALTOGENIC AMYLASE FROM S.MARINUS -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aee
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MALTOGENIC AMYLASE FROM S.MARINUS
要素ALPHA AMYLASE, CATALYTIC REGION
キーワードHYDROLASE / HYPERTHERMOSTABLE / CYCLODEXTRIN HYDROLASE / GH13
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Maltogenic amylase, N-terminal domain / Maltogenic amylase, C-terminal domain / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta ...Maltogenic amylase, N-terminal domain / Maltogenic amylase, C-terminal domain / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha amylase, catalytic region
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOTHERMUS MARINUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Jung, T.Y. / Park, C.H. / Yoon, S.M. / Park, S.H. / Park, K.H. / Woo, E.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Association of Novel Domain in Active Site of Archaic Hyperthermophilic Maltogenic Amylase from Staphylothermus Marinus.
著者: Jung, T.Y. / Li, D. / Park, J.T. / Yoon, S.M. / Tran, P.L. / Oh, B.H. / Janecek, S. / Park, S.G. / Woo, E.J. / Park, K.H.
履歴
登録2012年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Other

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ALPHA AMYLASE, CATALYTIC REGION
B: ALPHA AMYLASE, CATALYTIC REGION


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,1522
ポリマ－165,1522
非ポリマー00
水5,368298
1
A: ALPHA AMYLASE, CATALYTIC REGION


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5761
ポリマ－82,5761
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ALPHA AMYLASE, CATALYTIC REGION


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5761
ポリマ－82,5761
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.394, 117.512, 199.041
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 ALPHA AMYLASE, CATALYTIC REGION


分子量: 82575.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) STAPHYLOTHERMUS MARINUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: A3DM60, glucan 1,4-alpha-maltohydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.98 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 12% PEG 4K, 2% ISO-PROPANOL, 0.1 M ADA PH 6.5, 0.1 M LITHIUM SULFATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→49.55 Å / Num. obs: 65614 / % possible obs: 85.6 % / Observed criterion σ(I): 2.13 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 34.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 37.12
反射 シェル解像度: 2.28→2.36 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 4.19 / % possible all: 72.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.28→49.554 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 2.13 / 位相誤差: 23.23 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: IN BOTH CHAIN A AND B, THE RESIDUES FROM 656-659 AND 671-678 REGIONS ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2379 3087 5.1 %
Rwork0.1847 --
obs0.1874 60614 85.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.207 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 4.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.6395 Å20 Å20 Å2
2---8.0802 Å20 Å2
3----4.5593 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→49.554 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11474 0 0 298 11772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01212256
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11616085
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3834479
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771663
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042047
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.36150.29812720.22354820X-RAY DIFFRACTION73
2.3615-2.4560.30292830.20724919X-RAY DIFFRACTION74
2.456-2.56780.25232920.1934950X-RAY DIFFRACTION75
2.5678-2.70320.28952760.19735162X-RAY DIFFRACTION78
2.7032-2.87250.25852800.19385415X-RAY DIFFRACTION81
2.8725-3.09430.25962840.19675813X-RAY DIFFRACTION86
3.0943-3.40560.24263350.18916215X-RAY DIFFRACTION93
3.4056-3.89820.24343270.17766553X-RAY DIFFRACTION97
3.8982-4.91070.21023440.15616698X-RAY DIFFRACTION98
4.9107-49.56610.21233940.19466982X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る