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万見
- PDB-4adz: Crystal Structure of the apo form of a Copper-sensitive operon Re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4adz
タイトルCrystal Structure of the apo form of a Copper-sensitive operon Regulator (CsoR) protein from Streptomyces lividans
要素CSOR
キーワードTRANSCRIPTION / COPPER SENSOR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Metal-sensitive repressor, helix protomer / Metal-sensitive transcriptional repressor / Metal-sensitive repressor, helix protomer superfamily / Metal-sensitive transcriptional repressor / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES LIVIDANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Dwarakanath, S. / Hough, M.A. / Worrall, J.A.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The Response to Copper Stress in Streptomyces Lividans Extends Beyond Genes Under the Direct Control of a Copper Sensitive Operon Repressor Protein (Csor)
著者: Dwarakanath, S. / Chaplin, A.K. / Hough, M.A. / Rigali, S. / Vijgenboom, E. / Worrall, J.A.R.
履歴
登録2012年1月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月16日Group: Other
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CSOR
B: CSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1028
ポリマ－29,5252
非ポリマー5766
水2,000111
1
A: CSOR
B: CSOR
ヘテロ分子

A: CSOR
B: CSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,20316
ポリマ－59,0504
非ポリマー1,15312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area13640 Å2
ΔGint-227 kcal/mol
Surface area17290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.630, 54.550, 91.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2030-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CSOR


分子量: 14762.569 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES LIVIDANS (バクテリア)
株: 1326
解説: S. LIVIDANS 66 STOCK NUMBER 1326 JOHN INNES COLLECTION
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D6EK73
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE SULPHATE MOLECULE A1137 IS MODELLED WITH HALF OCCUPANCY AS IT IS CLOSE TO A SYMMETRY-RELATED ...THE SULPHATE MOLECULE A1137 IS MODELLED WITH HALF OCCUPANCY AS IT IS CLOSE TO A SYMMETRY-RELATED POSITION OF THE SAME MOLECULE.
配列の詳細S. LIVIDANS 1326 GENOME NOT SEQUENCED. HIGH SEQUENCE HOMOLOGY WITH S.COELICOLOR GENOME (WWW.STREPDB. ...S. LIVIDANS 1326 GENOME NOT SEQUENCED. HIGH SEQUENCE HOMOLOGY WITH S.COELICOLOR GENOME (WWW.STREPDB. STREPTOMYCES.ORG.UK).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4 / 詳細: 1.26 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月24日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45.9 Å / Num. obs: 22220 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 71.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→54.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.164 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22858 1141 5.1 %RANDOM
Rwork0.18541 ---
obs0.18754 21048 93.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.031 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å20 Å20 Å2
2---0.52 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→54.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1430 0 30 111 1571
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0191483
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6631.9982016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99532472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.845198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.14123.52968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.2915280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2921516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021653
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02291
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 56 -
Rwork0.279 1029 -
obs--65.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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