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- PDB-4aah: METHANOL DEHYDROGENASE FROM METHYLOPHILUS W3A1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aah
タイトルMETHANOL DEHYDROGENASE FROM METHYLOPHILUS W3A1
要素(METHANOL DEHYDROGENASE) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE (PQQ(A)-CHOH(D))
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (cytochrome c(L)) activity / methanol dehydrogenase (cytochrome c) / methanol oxidation / methanol metabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / outer membrane-bounded periplasmic space / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Methanol Dehydrogenase; Chain B / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit superfamily / Methanol dehydrogenase beta subunit / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Pyrrolo-quinoline quinone repeat ...Methanol Dehydrogenase; Chain B / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit superfamily / Methanol dehydrogenase beta subunit / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRROLOQUINOLINE QUINONE / Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 1 / Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Methylophilus methylotrophus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Mathews, F.S. / Xia, Z.-X.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Determination of the gene sequence and the three-dimensional structure at 2.4 angstroms resolution of methanol dehydrogenase from Methylophilus W3A1.
著者: Xia, Z. / Dai, W. / Zhang, Y. / White, S.A. / Boyd, G.D. / Mathews, F.S.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: The Active Site Structure of the Calcium-Containing Quinoprotein Methanol Dehydrogenase
著者: White, S. / Boyd, G. / Mathews, F.S. / Xia, Z.X. / Dai, W.W. / Zhang, Y.F. / Davidson, V.L.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: The Three-Dimensional Structures of Methanol Dehydrogenase from Two Methylotrophic Bacteria at 2.6-A Resolution
著者: Xia, Z.X. / Dai, W.W. / Xiong, J.P. / Hao, Z.P. / Davidson, V.L. / White, S. / Mathews, F.S.
履歴
登録1996年3月10日処理サイト: BNL
置き換え1996年12月7日ID: 3AAH
改定 1.01996年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHANOL DEHYDROGENASE
B: METHANOL DEHYDROGENASE
C: METHANOL DEHYDROGENASE
D: METHANOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,2838
ポリマ－140,5424
非ポリマー7414
水9,386521
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11470 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area40560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.900, 62.700, 85.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.995206, -0.096998, 0.012534), (-0.09504, 0.989356, 0.11019), (-0.023089, 0.108471, -0.993832)
ベクター: -61.54386, -2.87807, -1.53508)
詳細METHANOL DEHYDROGENASE IS AN A2B2 TETRAMER. THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS THE TETRAMER, TWO PYRROLOQUINOLINE QUINONE COFACTORS (PQQ) AND 2 CALCIUM COUNTER IONS. A NON-CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS RELATES THE TWO HALVES.

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要素

#1: タンパク質 METHANOL DEHYDROGENASE / MEDH


分子量: 62500.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylophilus methylotrophus (バクテリア)
株: W3A1 / 参照: UniProt: P38539, EC: 1.1.99.8
#2: タンパク質 METHANOL DEHYDROGENASE / MEDH


分子量: 7770.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylophilus methylotrophus (バクテリア)
株: W3A1 / 参照: UniProt: P38540, EC: 1.1.99.8
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PQQ / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / ピロロキノリンキノン


分子量: 330.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H6N2O8
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AMINO ACID SEQUENCE OF MEDH FROM W3A1 WAS DERIVED FROM THE GENE SEQUENCES OF THE HEAVY AND ...THE AMINO ACID SEQUENCE OF MEDH FROM W3A1 WAS DERIVED FROM THE GENE SEQUENCES OF THE HEAVY AND LIGHT SUBUNITS IN THE LAB OF F.S. MATHEWS, GENBANK ACCESSION NUMBERS U41040 AND U41041, RESPECTIVELY. 571 RESIDUES WERE LOCATED FOR THE *A* AND *C* CHAINS AND 69 RESIDUES FOR THE *B* AND *D* CHAINS. THESE RESIDUES REPRESENT THE COMPLETE MATURE POLYPEPTIDE CHAINS FOR EACH SUBUNIT. THE GENE SEQUENCES CONTAIN A NUMBER OF ADDITIONAL BASE PAIRS ENCODING PORTIONS OF THE PERIPLASMIC SIGNAL SEQUENCES PRECEDING MATURE POLYPEPTIDE AS WELL AS FOLLOWING THE STOP CODON.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.8 / 手法: macro seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlmethanol dehydrogenase1drop
25 mMphosphate1drop
310 mMmethanol1drop
450 mMTris-HCl1reservoir
512.0 %(w/v)PEG80001reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 51578 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.4

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解析

ソフトウェア名称: PROFFT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.4→10 Å / σ(F): 1
詳細: THE STRUCTURE WAS SOLVED BY MULTIPLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT USING THREE DERIVATIVES. THE STRUCTURE WAS SOLVED BY MULTIPLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT USING THREE DERIVATIVES.
Rfactor反射数%反射
obs0.152 50837 99.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9894 0 50 521 10465
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0340.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0420.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.641
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.081.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.261.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.952
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1650.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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