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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4aah | |||||||||
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タイトル | METHANOL DEHYDROGENASE FROM METHYLOPHILUS W3A1 | |||||||||
要素 | (METHANOL DEHYDROGENASE) x 2 | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (PQQ(A)-CHOH(D)) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alcohol dehydrogenase (cytochrome c(L)) activity / methanol dehydrogenase (cytochrome c) / methanol oxidation / methanol metabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / outer membrane-bounded periplasmic space / calcium ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Methylophilus methylotrophus (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Mathews, F.S. / Xia, Z.-X. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Determination of the gene sequence and the three-dimensional structure at 2.4 angstroms resolution of methanol dehydrogenase from Methylophilus W3A1. 著者: Xia, Z. / Dai, W. / Zhang, Y. / White, S.A. / Boyd, G.D. / Mathews, F.S. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: The Active Site Structure of the Calcium-Containing Quinoprotein Methanol Dehydrogenase 著者: White, S. / Boyd, G. / Mathews, F.S. / Xia, Z.X. / Dai, W.W. / Zhang, Y.F. / Davidson, V.L. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992 タイトル: The Three-Dimensional Structures of Methanol Dehydrogenase from Two Methylotrophic Bacteria at 2.6-A Resolution 著者: Xia, Z.X. / Dai, W.W. / Xiong, J.P. / Hao, Z.P. / Davidson, V.L. / White, S. / Mathews, F.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4aah.cif.gz | 260.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4aah.ent.gz | 207.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4aah.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4aah_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4aah_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4aah_validation.xml.gz | 56.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4aah_validation.cif.gz | 79.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/4aah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/4aah | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.995206, -0.096998, 0.012534), ベクター: 詳細 | METHANOL DEHYDROGENASE IS AN A2B2 TETRAMER. THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS THE TETRAMER, TWO PYRROLOQUINOLINE QUINONE COFACTORS (PQQ) AND 2 CALCIUM COUNTER IONS. A NON-CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS RELATES THE TWO HALVES. | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62500.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Methylophilus methylotrophus (バクテリア) 株: W3A1 / 参照: UniProt: P38539, EC: 1.1.99.8 #2: タンパク質 | 分子量: 7770.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Methylophilus methylotrophus (バクテリア) 株: W3A1 / 参照: UniProt: P38540, EC: 1.1.99.8 #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE AMINO ACID SEQUENCE OF MEDH FROM W3A1 WAS DERIVED FROM THE GENE SEQUENCES OF THE HEAVY AND ...THE AMINO ACID SEQUENCE OF MEDH FROM W3A1 WAS DERIVED FROM THE GENE SEQUENCES OF THE HEAVY AND LIGHT SUBUNITS IN THE LAB OF F.S. MATHEWS, GENBANK ACCESSION NUMBERS U41040 AND U41041, RESPECTIVE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.8 / 手法: macro seeding | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 51578 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.4 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROFFT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.4→10 Å / σ(F): 1 詳細: THE STRUCTURE WAS SOLVED BY MULTIPLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT USING THREE DERIVATIVES. THE STRUCTURE WAS SOLVED BY MULTIPLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT USING THREE DERIVATIVES.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
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拘束条件 |
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