PDB-4a73: SINGLE POINT MUTANT OF THERMUS THERMOPHILUS LACTATE DEHYDROGENASE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a73

タイトル

SINGLE POINT MUTANT OF THERMUS THERMOPHILUS LACTATE DEHYDROGENASE

要素

L-LACTATE DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / THERMOPHILE

機能・相同性

機能・相同性情報

L-lactate dehydrogenase / lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / glycolytic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.001 Å

データ登録者

De Mendoza-Barbera, E. / Vellieux, F.M.D.

引用

ジャーナル: Mol.Biol.Evol. / 年: 2012
タイトル: Sampling the Conformational Energy Landscape of a Hyperthermophilic Protein by Engineering Key Substitutions
著者: Colletier, J.P. / Aleksandrov, A. / Coquelle, N. / Mraihi, S. / De Mendoza-Barbera, E. / Field, M. / Madern, D.

履歴

登録	2011年11月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2011年12月28日	ID: 2XXE
改定 1.0	2011年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月1日	Group: Other
改定 1.2	2012年4月18日	Group: Other
改定 1.3	2012年5月30日	Group: Other
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a73.cif.gz	478.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a73.ent.gz	403 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a73.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4a73_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4a73_full_validation.pdf.gz	474.2 KB	表示
XML形式データ	4a73_validation.xml.gz	45.4 KB	表示
CIF形式データ	4a73_validation.cif.gz	63.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/4a73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/4a73	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zznC 2v6mS 2v7p 2xxb 2xxj C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zzn-d 2v6m-d 2q08-3 4i9q-2 3vpg-d 2e37-6 2qee-4 2e37-1 3qep-d 3spz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (10) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10)

登録構造単位

A: L-LACTATE DEHYDROGENASE

B: L-LACTATE DEHYDROGENASE

C: L-LACTATE DEHYDROGENASE

D: L-LACTATE DEHYDROGENASE

131 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.040, 158.040, 142.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	L-LACTATE DEHYDROGENASE / L-LDH 分子量: 32744.463 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) 株: HB8 / プラスミド: PTTHLDH12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[ALPHA] / 参照: UniProt: Q5SJA1, L-lactate dehydrogenase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 199 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 199 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 199 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 199 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ARG 199 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ARG 199 TO ALA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.88 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 詳細: 2.4 M NAFORMATE, 0.1 M MES PH 6.0. DROPLETS ARE 2 MICROL PROTEIN PLUS 2 MICROL PRECIPITANT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.97245
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月31日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97245 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→136.87 Å / Num. obs: 39979 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.23 % / B_iso Wilson estimate: 80.33 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.96
反射シェル	解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 3.24 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.7.2_869)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V6M

2v6m

解像度: 3.001→49.29 Å / SU ML: 0.81 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2346	1998	5 %
R_work	0.1695	-	-
obs	0.1727	39965	99.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 68.493 Å² / k_sol: 0.331 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.8392 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6.8392 Å²	0 Å²
3-	-	-	-13.6783 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.001→49.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9219	0	0	171	9390

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	9437
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.265	12855
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.934	3435
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1508
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1686

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0012-3.0762	0.3359	140	0.2728	2661	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0762-3.1594	0.4002	143	0.2797	2721	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1594-3.2523	0.3882	141	0.2837	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2523-3.3573	0.3654	143	0.2506	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3573-3.4772	0.2872	142	0.2225	2701	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4772-3.6164	0.2808	143	0.1971	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6164-3.781	0.2393	142	0.1813	2705	X-RAY DIFFRACTION	99
3.781-3.9802	0.263	144	0.1564	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9802-4.2295	0.1856	143	0.1365	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2295-4.5558	0.1999	144	0.1164	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5558-5.0139	0.1757	142	0.1215	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0139-5.7385	0.2095	145	0.1486	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7385-7.2262	0.2305	143	0.1752	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
7.2262-49.2971	0.1925	143	0.1575	2715	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4238	0.5323	-0.1976	2.0999	-0.7465	5.5419	0.2728	-0.3974	0.2969	0.4575	-0.3149	0.0377	-0.4529	-0.5638	0.1081	0.4828	-0.0362	-0.0773	0.5264	-0.2074	0.5105	49.4314	-42.3578	12.163
2	6.9963	3.4818	5.9652	7.8125	0.5369	8.1941	0.296	-0.7281	-0.0068	0.0844	-0.2994	0.407	0.9773	0.0323	-0.0522	0.5727	0.0162	0.132	0.6942	0.0114	0.4354	49.0653	-71.7755	4.7032
3	1.5974	-0.1412	-0.2247	3.2708	-0.0479	3.1725	-0.2383	-0.4484	-0.2429	0.4327	0.095	0.0991	-0.0973	-0.0575	0.1262	0.3895	0.0394	-0.0358	0.5043	-0.1064	0.3246	49.811	-60.9821	10.6141
4	4.9559	2.4731	1.7636	4.4415	5.0705	8.0493	0.0666	-1.1647	-0.6978	0.1095	0.3576	-0.4248	0.5243	-0.3023	-0.4167	0.7536	0.0422	-0.1309	0.8458	0.1859	0.3121	51.737	-66.6043	23.8426
5	1.65	-0.2045	-1.1982	1.7537	-2.4658	4.7446	-0.2349	0.1386	-0.5364	-0.3157	-0.3581	-0.777	0.2772	-0.1874	0.489	0.3704	0.0977	0.0284	0.274	-0.1134	0.591	62.6228	-50.2628	-11.5792
6	3.0852	-1.0154	-0.338	3.3167	-0.1221	1.9932	-0.3425	0.5404	0.4654	-0.2082	-0.2726	0.1572	-0.3352	-0.0363	0.5612	0.5175	-0.1455	-0.1192	0.3963	-0.0612	0.7388	52.3011	-33.3779	-20.2209
7	0.4758	-0.0145	-0.2377	2.5736	0.1622	0.7508	0.2973	0.0113	-0.0931	0.0374	0.1082	0.1553	-0.0163	0.111	0.869	1.0024	-0.1064	-0.3137	-0.1907	-0.4765	1.0093	47.7593	-18.3303	-10.8115
8	2.2082	0.3472	-0.1737	3.3063	0.3155	3.0563	-0.5051	0.2782	0.5298	-0.8096	-0.1002	0.1807	-0.6422	0.2394	0.4049	0.4696	-0.1067	-0.0811	0.349	-0.0063	0.7255	56.414	-32.6847	-22.8256
9	2.6731	-1.0886	-1.2656	5.0353	0.1168	2.2452	-0.0557	-0.7303	0.6123	-0.101	0.4059	0.7944	-0.1119	-1.1866	-0.1699	0.3071	0.0791	0.0382	0.8854	0.014	0.6562	13.1014	-45.2818	-8.9233
10	3.8609	-0.4563	-2.1122	2.5036	-1.3689	4.0043	0.3373	0.3985	1.2182	0.2404	0.3788	0.4443	-0.3392	-0.1202	-0.6378	0.8033	-0.3074	-0.0771	0.4455	0.084	0.8733	31.6977	-36.0247	-30.9593
11	2.4614	0.0219	-0.0226	4.4133	-0.3423	4.6208	0.0459	0.274	0.7812	0.0436	-0.0408	0.6213	-0.7624	-0.1538	-0.0081	0.3458	0.0154	0.006	0.5033	0.1221	0.6475	22.2252	-37.5173	-23.298
12	5.0139	2.2005	-3.1374	1.7896	0.9472	8.6604	0.1897	0.462	0.7937	-0.6601	0.0999	0.1767	-2.0487	-0.4168	-0.1399	0.9573	0.0157	-0.1221	0.646	0.3505	1.4834	14.2748	-25.3848	-27.7665
13	0.3585	-1.0489	0.3532	5.6724	1.0147	3.3451	-0.2935	0.1371	-0.0195	-0.6731	0.3728	0.3511	0.768	-0.0378	-0.0868	0.5531	-0.1188	-0.0076	0.5571	0.0146	0.2626	24.3123	-65.106	-24.7928
14	1.6161	-0.1618	0.2793	0.7068	1.2986	5.0087	0.4356	-0.8176	-0.748	0.1976	0.2491	0.0794	1.1422	0.0294	-0.4516	0.865	-0.0709	-0.0508	0.5638	0.1095	0.4983	28.7497	-74.7742	-5.9189
15	1.9626	0.5984	-2.0487	3.0592	-2.2975	4.8449	0.4465	-1.0955	-0.3497	0.7773	-0.504	0.4757	0.6375	-0.4311	0.0256	0.6443	-0.6788	0.1513	1.1154	0.1694	0.8929	18.2978	-73.705	8.6084
16	2.3378	-0.035	0.0289	1.4513	-0.5833	0.2975	0.0662	-0.2404	-0.9453	0.2222	-0.0095	0.102	1.2525	-0.3179	0.0575	1.2682	-0.2622	-0.0384	0.4512	0.099	0.5474	28.1025	-78.8676	-8.6489

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 22:164)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 165:217)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 218:301)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 302:331)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 22:121)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 122:216)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 217:235)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 236:331)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN C AND RESID 22:164)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN C AND RESID 165:217)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN C AND RESID 218:301)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN C AND RESID 302:331)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN D AND RESID 22:121)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN D AND RESID 122:216)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN D AND RESID 217:235)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN D AND RESID 236:331)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)