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万見
- PDB-4a5b: Crystal structure of the C258S/C268S variant of Toxoplasma gondii... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a5b
タイトルCrystal structure of the C258S/C268S variant of Toxoplasma gondii nucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 (NTPDase1)
要素NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 2
キーワードHYDROLASE / NTPDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-containing vacuole / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #530 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #540 / Nucleoside-triphosphatase, alveolata / GDA1/CD39 family of nucleoside phosphatases signature. / Nucleoside phosphatase GDA1/CD39 / GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoside-triphosphatase 2
類似検索 - 構成要素
生物種TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Krug, U. / Zebisch, M. / Strater, N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Insight Into Activation Mechanism of Toxoplasma Gondii Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases by Disulfide Reduction.
著者: Krug, U. / Zebisch, M. / Krauss, M. / Strater, N.
履歴
登録2011年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月15日Group: Other
改定 1.22013年12月25日Group: Structure summary

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 2
B: NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,0882
ポリマ－136,0882
非ポリマー00
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area51340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.730, 150.400, 242.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 2 / NTPASE-II / NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE HYDROLASE 2 / NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE II


分子量: 68044.078 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: Q27895, apyrase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 258 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 268 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 258 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 268 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 258 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 268 TO SER

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.23 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.2
詳細: 100 MM TRIS PH 8.2, 50 MM MGCL2, 25% PENTAERYTHRITOL ETHOXYLATE (17/8 PO/OH), 2 MM AMPPNP AND 10 MM MAGNESIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→39.34 Å / Num. obs: 47598 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 46.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.48→39.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9346 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8918 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2258 972 2.04 %RANDOM
Rwork0.1757 ---
obs0.1767 47551 --
原子変位パラメータBiso mean: 36.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2942 Å20 Å20 Å2
2---0.3569 Å20 Å2
3---0.0628 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.287 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→39.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9249 0 0 247 9496
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019444HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1912793HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3333SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes252HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1369HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9444HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.65
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1219SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10568SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.48→2.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3306 64 2.19 %
Rwork0.2092 2859 -
all0.212 2923 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00991.2241.57015.9697-2.91041.2144-0.00460.1117-0.1220.0269-0.03490.0281-0.0282-0.03440.0395-0.3040.02270.06940.304-0.0862-0.0773-7.2407-27.4487-92.5775
20.93670.11-0.28450.4929-0.2652.3169-0.0332-0.0353-0.1232-0.0228-0.0111-0.01660.19710.07410.0443-0.085-0.01770.0281-0.06030.0039-0.0372-12.4154-27.7191-45.3689
30.4612-0.26852.44980.013-0.044500.0121-0.0855-0.00110.02110.02760.077-0.13740.0694-0.0397-0.0202-0.00010.06890.02990.0040.0116-23.27180.5817-61.8492
41.16680.318-0.23120.8401-0.1460.85620.056-0.08340.02930.08840.01140.1447-0.0299-0.1286-0.0674-0.0954-0.00020.0314-0.037-0.0139-0.0521-36.0775-19.5865-32.1648
51.956-1.4824-1.41571.0168-1.55840.63730.0346-0.1957-0.05170.2073-0.16740.1048-0.0653-0.21260.13280.0157-0.03840.02310.0134-0.0211-0.0572-19.2774-17.9645-14.3493
61.507-2.7051.13780.00021.47420.0989-0.0302-0.0140.00950.0579-0.03630.0583-0.14150.16290.0666-0.1172-0.0611-0.04650.26620.0211-0.161328.728814.0215-73.4326
71.161-0.2356-0.26370.6747-0.05330.89080.04330.05370.1108-0.0245-0.0269-0.0143-0.18280.0118-0.0165-0.0118-0.01810.023-0.07-0.0117-0.0462-4.843414.494-41.5741
80.06740.76330.05810.01280.57351.4732-0.0243-0.0482-0.11320.03090.0173-0.0402-0.0806-0.01220.0071-0.12450.03940.00190.03980.03610.089614.7844-13.5441-43.0478
90.5103-0.2288-0.02670.80040.15381.7935-0.0606-0.19940.09370.21790.0987-0.1475-0.2590.3121-0.0381-0.0379-0.05270.0067-0.04-0.0276-0.1357-0.71376.8083-14.5725
100.5508-1.8535-2.66671.614-0.42062.26790.0387-0.0539-0.04420.2122-0.04960.0779-0.0823-0.19120.01090.0685-0.03670.0818-0.035-0.044-0.0713-25.39614.8526-17.3686
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESSEQ 35 :58
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESSEQ 59:256, 586:629
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESSEQ 257 :268
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESSEQ 269:394, 425:585
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND RESSEQ 395 :424
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND RESSEQ 37 :58
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND RESSEQ 59:256, 586:629
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND RESSEQ 257 :268
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND RESSEQ 269:394, 425:585
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND RESSEQ 395 :424

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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