PDB-4a4y: Structure of the Cytosolic Domain of the Shigella T3SS component MxiG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a4y

タイトル

Structure of the Cytosolic Domain of the Shigella T3SS component MxiG

要素

PROTEIN MXIG

キーワード

PROTEIN BINDING / FHA DOMAIN

機能・相同性

Tumour Suppressor Smad4 - #50 / Type III secretion system, PrgH/EprH-like / Type III secretion system protein PrgH-EprH (PrgH) / Tumour Suppressor Smad4 / cell outer membrane / Sandwich / Mainly Beta / plasma membrane / Protein MxiG

機能・相同性情報

生物種

SHIGELLA FLEXNERI (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Barison, N. / Kolbe, M.

引用

ジャーナル: Faseb J. / 年: 2012
タイトル: Interaction of Mxig with the Cytosolic Complex of the Type III Secretion System Controls Shigella Virulence.
著者: Barison, N. / Lambers, J. / Hurwitz, R. / Kolbe, M.

履歴

登録	2011年10月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月29日	Group: Other
改定 1.2	2012年4月11日	Group: Other
改定 1.3	2012年4月25日	Group: Other
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a4y.cif.gz	72 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a4y.ent.gz	55.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a4y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4a4y_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4a4y_full_validation.pdf.gz	445.2 KB	表示
XML形式データ	4a4y_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	4a4y_validation.cif.gz	11.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/4a4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/4a4y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xxs
類似構造データ	3ugo-1 4ys8-4 2l9s-d 2l8o-d 1c9t-1 4yqf-2 4zan-d 4c0w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROTEIN MXIG

ヘテロ分子

16.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.790, 94.790, 31.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	PROTEIN MXIG 分子量: 16499.324 Da / 分子数: 1 / 断片: CYTOPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 1-126 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SHIGELLA FLEXNERI (フレクスナー赤痢菌) 株: M90T / Variant: SEROTYPE 5A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A221
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	N-TERMINAL HIS-TAG

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.57 % 解説: SE-MET STRUCTURE SOLVED USING SOLVE-RESOLVE ANALYSIS OF 4 WAVELENGTH MAD: PEAK 0.97962 A, INFLECTION 0.97973 A, REMOTE (HIGH E) 0.97194 A, REMOTE (LOW E) 0.99535 A.
結晶化	詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.085 M HEPES SODIUM PH 7.5, 1.7% POLYETHYLENE GLYCOL 400, 1.7 M AMMONIUM SULFATE, 15% GLYCEROL.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.071
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月16日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.071 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→41.04 Å / Num. obs: 23028 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23.13
反射シェル	解像度: 1.57→1.61 Å / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 1.1 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: STRUCTURE OF SE-MET DERIVATIVE

解像度: 1.57→41.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 3.64 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY. RESIDUES 47-50 ARE DISORDERED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20414	1152	5 %	RANDOM
R_work	0.17581	-	-	-
obs	0.17724	21876	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.893 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.65 Å²	-0.82 Å²	0 Å²
2-	-	-1.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→41.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1024	0	12	55	1091

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.022	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.527	1.96	1600
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.081	5	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.532	24.848	66
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.499	15	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.89	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.238	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	926
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.835	1.5	688
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.301	2	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.637	3	485
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.155	4.5	454
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.84	3	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.57→1.611 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	82	-
R_work	0.29	1564	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.35	-0.1729	0.2774	4.1228	-0.5672	0.5903	0.0765	-0.034	-0.0409	0.1347	0.0041	0.2756	0.0296	-0.0619	-0.0806	0.1109	-0.0064	0.0189	0.0519	0.016	0.0357	31.971	1.44	7.361
2	0.3285	0.3824	0.7383	3.4455	2.5529	3.0348	0.0706	0.0238	0.05	-0.4685	-0.0619	-0.4278	-0.0071	0.0262	-0.0087	0.2507	0.027	0.1151	0.0576	0.0278	0.1362	39.887	-9.862	-3.913
3	0.4259	-0.3081	0.1963	2.2008	0.1555	1.0221	0.0395	0.0177	-0.0346	0.1457	-0.0203	-0.0185	-0.0239	-0.057	-0.0192	0.0843	-0.004	-0.0304	0.037	0.0086	0.03	36.276	-8.407	8.509
4	6.8503	8.1667	-4.9105	16.1996	2.2053	11.5916	-0.3972	0.782	0.4577	-0.7428	0.1292	1.191	0.0772	-1.1882	0.268	0.1287	0.0278	-0.1809	0.243	-0.0981	0.3173	23.989	-14.955	-0.996
5	102.6012	42.5574	69.9858	19.8745	3.4468	88.899	3.7742	-7.0784	1.8693	3.5975	-2.6648	3.0487	-3.2466	-4.7976	-1.1094	1.022	-0.2829	0.6065	1.059	-0.2673	0.9038	22.084	-12.651	13.728
6	1.0492	0.9386	2.433	3.9152	2.4659	6.5847	-0.0038	0.0287	-0.0298	-0.1211	0.0175	0.2896	-0.1122	0.0399	-0.0138	0.0988	0.0083	-0.0373	0.0499	-0.0053	0.0425	30.77	-9.168	3.818
7	5.4729	-2.2801	1.6316	1.6418	-1.2696	15.3129	0.2001	0.1508	-0.267	-0.1908	-0.0861	0.1705	0.5526	-0.346	-0.1141	0.1976	0.0349	-0.0812	0.0606	-0.0313	0.0783	30.436	-18.719	-1.31
8	0.8262	0.6533	-0.1172	3.5588	1.376	0.8176	0.08	-0.0844	-0.1195	0.2118	-0.0716	-0.1506	0.0612	-0.0122	-0.0084	0.1079	-0.0051	-0.0618	0.0413	0.0211	0.0475	41.192	-14.703	12.803
9	2.7541	0.9061	-0.4058	1.7886	-0.8967	3.3088	0.0415	0.0955	-0.2556	-0.0557	0.0353	-0.1818	0.1982	0.0432	-0.0768	0.06	0.017	-0.0291	0.0139	-0.0126	0.0826	43.744	-21.344	3.823
10	1.046	3.3903	1.2293	12.0639	4.2695	1.5111	0.0241	0.0327	-0.1324	-0.226	0.091	-0.3919	-0.0532	0.0352	-0.1151	0.149	-0.0028	0.0242	0.0348	0.0092	0.0769	41.018	-16.067	-1.42
11	2.5373	3.3941	-0.3973	4.9184	-0.8521	0.2875	-0.0078	0.1291	-0.5987	-0.007	-0.0957	-0.8517	-0.006	0.1436	0.1035	0.0702	-0.0145	0.0615	0.2625	0.0378	0.2388	52.715	10.17	1.666

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-5 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	12 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	26 - 36
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	37 - 42
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	43 - 51
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	52 - 60
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	61 - 67
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	68 - 81
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	82 - 97
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	98 - 106
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	107 - 126

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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