PDB-4a21: Structure of Mycobacterium tuberculosis fructose 1,6-bisphosphate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a21

タイトル

Structure of Mycobacterium tuberculosis fructose 1,6-bisphosphate aldolase bound to sulfate

要素

FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE

キーワード

LYASE / HYDROLASE / FBP ALDOLASE / CLASS II / INHIBITOR / LYASE-LYASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

cell wall / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / zymogen binding / peptidoglycan-based cell wall / glycolytic process / zinc ion binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Coincon, M. / De la Paz Santangelo, M. / Gest, P.M. / Guerin, M.E. / Pham, H. / Ryan, G. / Puckett, S.E. / Spencer, J.S. / Gonzalez-Juarrero, M. / Daher, R. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Glycolytic and Non-Glycolytic Functions of the Fructose-1,6-Bisphosphate Aldolase of Mycobacterium Tuberculosis, an Essential Enzyme Produced by Replicating and Non-Replicating Bacilli
著者: De La Paz Santangelo, M. / Gest, P.M. / Guerin, M.E. / Coincon, M. / Pham, H. / Ryan, G. / Puckett, S.E. / Spencer, J.S. / Gonzalez-Juarrero, M. / Daher, R. / Lenaerts, A.J. / Schnappinger, D. ...

履歴

登録	2011年9月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月26日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other
改定 1.2	2011年11月30日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a21.cif.gz	455.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a21.ent.gz	379.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a21.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4a21_validation.pdf.gz	476.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4a21_full_validation.pdf.gz	503 KB	表示
XML形式データ	4a21_validation.xml.gz	55.8 KB	表示
CIF形式データ	4a21_validation.cif.gz	79.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/4a21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/4a21	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4a22C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sbg-d 1r3e-d 4pqk-2 1pg2-d 3mfy-d 5gxb-d 5e70-2 4gf1-2 4bzy-1 5k4q-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (6)

登録構造単位

A: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE

B: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE

C: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE

D: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE

ヘテロ分子

147 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE

B: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE

D: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	336.945, 43.234, 103.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.57, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2119- HOH
2	1	A-2214- HOH

#1: タンパク質	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE / FBP ALDOLASE / FBPA / FRUCTOSE-1 / 6-BISPHOSPHATE ALDOLASE 分子量: 36585.379 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P67475, UniProt: P9WQA3*PLUS, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 800 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.35 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 20% PEG 8000, 1.8 M LI2SO4, 50 MM TRIS/HOAC PH 7.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→46.5 Å / Num. obs: 71704 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 23.62 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 3.8

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.35→42.873 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	4268	7.5 %
R_work	0.2113	-	-
obs	0.2151	56699	91.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.735 Å² / k_sol: 0.419 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.0748 Å²	0 Å²	-6.8098 Å²
2-	-	3.6229 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.4519 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→42.873 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9384	0	42	800	10226

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9596
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.984	12992
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.272	3432
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1460
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1688

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.3767	0.3608	137	0.2955	1626	X-RAY DIFFRACTION	85
2.3767-2.4047	0.3665	129	0.2774	1560	X-RAY DIFFRACTION	82
2.4047-2.434	0.3825	122	0.2699	1601	X-RAY DIFFRACTION	86
2.434-2.4648	0.2995	132	0.2563	1609	X-RAY DIFFRACTION	87
2.4648-2.4972	0.3466	131	0.2497	1675	X-RAY DIFFRACTION	87
2.4972-2.5314	0.2854	136	0.2545	1653	X-RAY DIFFRACTION	86
2.5314-2.5676	0.3607	116	0.246	1606	X-RAY DIFFRACTION	85
2.5676-2.6059	0.3079	143	0.2362	1640	X-RAY DIFFRACTION	88
2.6059-2.6466	0.2718	127	0.2359	1682	X-RAY DIFFRACTION	88
2.6466-2.69	0.3104	138	0.2292	1626	X-RAY DIFFRACTION	84
2.69-2.7364	0.305	131	0.2611	1683	X-RAY DIFFRACTION	90
2.7364-2.7861	0.3124	144	0.2428	1649	X-RAY DIFFRACTION	88
2.7861-2.8397	0.3479	131	0.2323	1669	X-RAY DIFFRACTION	88
2.8397-2.8977	0.277	146	0.2389	1671	X-RAY DIFFRACTION	88
2.8977-2.9607	0.3061	135	0.2522	1629	X-RAY DIFFRACTION	86
2.9607-3.0295	0.2782	134	0.2305	1618	X-RAY DIFFRACTION	84
3.0295-3.1053	0.2737	144	0.2233	1737	X-RAY DIFFRACTION	91
3.1053-3.1892	0.2996	145	0.2235	1794	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1892-3.283	0.27	150	0.227	1835	X-RAY DIFFRACTION	94
3.283-3.3889	0.2522	151	0.2151	1807	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3889-3.51	0.2702	150	0.2021	1811	X-RAY DIFFRACTION	96
3.51-3.6505	0.2365	152	0.1898	1886	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6505-3.8165	0.2084	150	0.1758	1857	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8165-4.0176	0.2022	151	0.1669	1870	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0176-4.2691	0.2109	156	0.1714	1908	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2691-4.5984	0.1731	152	0.1582	1904	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5984-5.0604	0.2161	154	0.1679	1913	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0604-5.7912	0.2294	155	0.1957	1937	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7912-7.2904	0.2938	163	0.2235	1982	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2904-42.8797	0.2368	163	0.2127	1993	X-RAY DIFFRACTION	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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