[日本語] English
万見
- PDB-4a12: Structure of the global transcription regulator FapR from Staphyl... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a12
タイトルStructure of the global transcription regulator FapR from Staphylococcus aureus in complex with DNA operator
要素
  • (FAPR PROMOTER) x 2
  • TRANSCRIPTION FACTOR FAPR
キーワードTRANSCRIPTION / LIPID HOMEOSTASIS
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of fatty acid biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor FapR / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Roll ...Transcription factor FapR / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / : / Transcription factor FapR
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Albanesi, D. / Guerin, M.E. / Buschiazzo, A. / de Mendoza, D. / Alzari, P.M.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Feed-Forward Transcriptional Regulation of Membrane Lipid Homeostasis in Staphylococcus Aureus.
著者: Albanesi, D. / Reh, G. / Guerin, M.E. / Schaeffer, F. / Debarbouille, M. / Buschiazzo, A. / Schujman, G.E. / De Mendoza, D. / Alzari, P.M.
履歴
登録2011年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION FACTOR FAPR
B: TRANSCRIPTION FACTOR FAPR
C: TRANSCRIPTION FACTOR FAPR
D: TRANSCRIPTION FACTOR FAPR
F: FAPR PROMOTER
G: FAPR PROMOTER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,0996
ポリマ－113,0996
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16720 Å2
ΔGint-96.3 kcal/mol
Surface area50690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.690, 249.940, 179.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
TRANSCRIPTION FACTOR FAPR / FATTY ACID AND PHOSPHOLIPID BIOSYNTHESIS REGULATOR / REPRESSOR FACTOR FAPR


分子量: 22120.135 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: D6UB50, UniProt: Q2FZ56*PLUS
#2: DNA鎖 FAPR PROMOTER


分子量: 12195.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 参照: GenBank: 320017650
#3: DNA鎖 FAPR PROMOTER


分子量: 12423.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 参照: GenBank: 320017650

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 3.2 M SODIUM FORMATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→35 Å / Num. obs: 44060 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16 % / Biso Wilson estimate: 83.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 3.15→3.32 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A0X

4a0x


解像度: 3.15→31.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9228 / SU R Cruickshank DPI: 0.445 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.429 / SU Rfree Blow DPI: 0.259 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.265
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2014 2237 5.08 %RANDOM
Rwork0.1862 ---
obs0.187 44024 98.14 %-
原子変位パラメータBiso mean: 114.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.322 Å20 Å20 Å2
2--6.8283 Å20 Å2
3---10.4938 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.745 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→31.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6040 1634 0 0 7674
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0077968HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1411092HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3228SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes176HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes942HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7968HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.15
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.58
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1072SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8527SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.23 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2241 153 4.94 %
Rwork0.2409 2946 -
all0.24 3099 -
obs--98.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5859-0.0903-0.06732.65890.60964.69960.31860.0531-0.08280.0282-0.0912-0.30760.05780.2376-0.22750.08130.00790.00320.18510.05570.282119.60853.839-43.695
25.8431-1.24780.65682.2860.99095.73960.0439-1.64480.03470.26890.2412-0.1399-0.1551-0.4576-0.28510.2214-0.12010.1391.04070.03560.1592-18.22661.616-5.914
34.7430.4567-0.8652.23010.31457.0230.23020.9784-0.2909-0.11480.0635-0.04830.79340.1516-0.29370.26050.2187-0.18940.6528-0.07880.1754-11.59846.748-86.245
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(F1-F40, G1-G40, A7-A69, B4-B69, C4-C69, D7-D69)
2X-RAY DIFFRACTION2(A70-A189, B70-B189 )
3X-RAY DIFFRACTION3(C70-C189, D70-D189)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る