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- PDB-4a0r: Structure of bifunctional DAPA aminotransferase-DTB synthetase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a0r
タイトルStructure of bifunctional DAPA aminotransferase-DTB synthetase from Arabidopsis thaliana bound to dethiobiotin (DTB).
要素ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / BIO3-BIO1 / BIOTIN SYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase / dethiobiotin synthase / adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / dethiobiotin synthase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Dethiobiotin synthase BioD / AAA domain / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...Dethiobiotin synthase BioD / AAA domain / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DTB / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / L(+)-TARTARIC ACID / Bifunctional dethiobiotin synthetase/7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Cobessi, D. / Dumas, R. / Pautre, V. / Meinguet, C. / Ferrer, J.L. / Alban, C.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2012
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of the Arabidopsis Bifunctional Enzyme Dethiobiotin Synthetase-Diaminopelargonic Acid Aminotransferase: Evidence for Substrate Channeling in Biotin Synthesis.
著者: Cobessi, D. / Dumas, R. / Pautre, V. / Meinguet, C. / Ferrer, J.L. / Alban, C.
履歴
登録2011年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Other / Structure summary
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE
B: ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,0778
ポリマ－182,8542
非ポリマー1,2236
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17460 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area48600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)246.670, 76.630, 79.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 9:41 OR RESSEQ 48:100 OR RESSEQ...
211CHAIN B AND (RESSEQ 9:41 OR RESSEQ 48:100 OR RESSEQ...

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.730856, -0.116748, -0.672472), (-0.113581, -0.992328, 0.048836), (-0.673015, 0.040688, -0.738509)
ベクター: 17.19159, 2.92256, 43.99862)

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要素

#1: タンパク質 ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE / ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE/DETHIOBIOTIN SYNTHETASE / MITOCHONDRIAL ...ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE/DETHIOBIOTIN SYNTHETASE / MITOCHONDRIAL BIFUNCTIONAL DIAMINOPELARGONATE SYNTHASE- DETHIOBIOTIN SYNTHETASE / DETHIOBIOTIN SYNTHETASE-DIAMINOPELARGONIC ACID AMINOTRANSFERASE


分子量: 91427.188 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 23-833 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2
参照: UniProt: B0F481, dethiobiotin synthase, adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物 ChemComp-DTB / 6-(5-METHYL-2-OXO-IMIDAZOLIDIN-4-YL)-HEXANOIC ACID / D-DESTHIOBIOTIN / デスチオビオチン


分子量: 214.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N2O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.8 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2 M AMMONIUM TARTRATE PH 6.2, 15 % PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→40.44 Å / Num. obs: 40026 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 34.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 9.95
反射 シェル解像度: 2.68→2.75 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NATIVE DETHIOBIOTIN SYNTHETASE- DIAMINOPELARGONIC ACID AMINOTRANSFERASE FROM ARABIDOPSIS THALIANA

解像度: 2.68→40.436 Å / SU ML: 0.79 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 2006 5 %
Rwork0.1844 --
obs0.1881 40012 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.886 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.9779 Å20 Å2-3.018 Å2
2--3.5817 Å20 Å2
3----0.6038 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→40.436 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11470 0 80 121 11671
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911838
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25316106
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2324208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771852
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062052
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A4885X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B4885X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.161
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6797-2.74670.33241430.24542713X-RAY DIFFRACTION100
2.7467-2.82090.32981380.23042682X-RAY DIFFRACTION100
2.8209-2.90390.32261280.22212712X-RAY DIFFRACTION100
2.9039-2.99760.31911500.21082689X-RAY DIFFRACTION100
2.9976-3.10470.30621350.20352704X-RAY DIFFRACTION100
3.1047-3.2290.27081410.18962688X-RAY DIFFRACTION100
3.229-3.37590.28911400.18072700X-RAY DIFFRACTION100
3.3759-3.55370.26551600.18732686X-RAY DIFFRACTION100
3.5537-3.77620.26261430.18462725X-RAY DIFFRACTION100
3.7762-4.06750.26811460.17422717X-RAY DIFFRACTION100
4.0675-4.47640.22541340.16032733X-RAY DIFFRACTION100
4.4764-5.12310.19451360.14582723X-RAY DIFFRACTION100
5.1231-6.45030.23461490.17992748X-RAY DIFFRACTION100
6.4503-40.4410.2221630.18732786X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.41610.35570.44771.0097-0.04651.43260.0093-0.0248-0.23110.05510.03980.00180.2926-0.1872-0.05290.2912-0.06860.04030.15880.02160.2231-2.061-21.97725.7568
21.26370.01230.07930.44270.13490.56140.08980.0618-0.1223-0.0347-0.0043-0.01040.1919-0.0014-0.08190.2298-0.0065-0.01740.12950.02810.11669.9774-12.153612.3172
31.1572-0.19910.38680.90290.02530.84710.04590.0862-0.12430.06110.0281-0.17680.2570.2485-0.06510.21360.0836-0.00750.2406-0.0230.167146.3297-8.938423.5105
40.8563-0.04310.03861.24760.59681.91930.05650.02610.1547-0.1298-0.01210.0016-0.2382-0.009-0.03250.16620.02290.03880.13050.02080.26570.515926.287126.7528
50.9416-0.332-0.46440.24050.13880.68780.0435-0.00790.16810.0116-0.0008-0.0263-0.11380.0533-0.03770.1617-0.0126-0.01690.133-0.00020.16716.617514.826827.1347
60.8570.2107-0.05551.0007-0.25591.1777-0.06610.24480.1607-0.1010.021-0.13-0.050.34470.03480.1585-0.0381-0.01910.3260.03990.173136.67267.4517-5.0676
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 7:202)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 203:375)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 376:809)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESSEQ 9:170)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESSEQ 171:375)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 376:807)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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