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- PDB-4a0f: Structure of selenomethionine substituted bifunctional DAPA amino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a0f
タイトルStructure of selenomethionine substituted bifunctional DAPA aminotransferase-dethiobiotin synthetase from Arabidopsis thaliana in its apo form.
要素ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / BIO3-BIO1 / BIOTIN SYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase / dethiobiotin synthase / dethiobiotin synthase activity / adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Dethiobiotin synthase BioD / AAA domain / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...Dethiobiotin synthase BioD / AAA domain / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Bifunctional dethiobiotin synthetase/7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.714 Å
データ登録者Cobessi, D. / Dumas, R. / Pautre, V. / Meinguet, C. / Ferrer, J.L. / Alban, C.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2012
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of the Arabidopsis Bifunctional Enzyme Dethiobiotin Synthetase-Diaminopelargonic Acid Aminotransferase: Evidence for Substrate Channeling in Biotin Synthesis.
著者: Cobessi, D. / Dumas, R. / Pautre, V. / Meinguet, C. / Ferrer, J.L. / Alban, C.
履歴
登録2011年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE
B: ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,2668
ポリマ－184,3872
非ポリマー8796
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15960 Å2
ΔGint-168.2 kcal/mol
Surface area48440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)233.670, 75.970, 88.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(CHAIN A AND (RESSEQ 6:41 OR RESSEQ 48:10 OR RESSEQ...
211(CHAIN B AND (RESSEQ 6:41 OR RESSEQ 48:103 OR RESSEQ...

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.691954, 0.064938, -0.719015), (0.072401, -0.997167, -0.020384), (-0.718302, -0.037952, -0.694696)
ベクター: 39.65007, 39.98365, 97.19749)

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要素

#1: タンパク質 ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE / DTB SYNTHETASE-DAPA AMINOTRANSFERASE / MITOCHONDRIAL BIFUNCTIONAL DIAMINOPELARGONATE SYNTHASE- ...DTB SYNTHETASE-DAPA AMINOTRANSFERASE / MITOCHONDRIAL BIFUNCTIONAL DIAMINOPELARGONATE SYNTHASE-DETHIOBIOTIN SYNTHETASE / ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE/DETHIOBIOTIN SYNTHETASE


分子量: 92193.523 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 23-833 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: B0F481
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 348 TO TYR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PHE 348 TO TYR
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % / 解説: NONE
結晶化詳細: BISTRIS 0.1 M PH 5.9, 0.2 M LISO4, 15 % PEG3350, DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97976
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月25日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE SI / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→40.33 Å / Num. obs: 76488 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.56 % / Biso Wilson estimate: 47.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.88
反射 シェル解像度: 2.71→2.78 Å / 冗長度: 2.93 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.714→41.849 Å / SU ML: 0.8 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.85 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: FRIEDEL'S MATES HAVE BEEN MERGED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 1989 5 %
Rwork0.1996 --
obs0.2027 39553 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.039 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.268 Å20 Å2-3.5913 Å2
2--1.272 Å20 Å2
3---9.9959 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.714→41.849 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11182 0 50 80 11312
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911490
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23615674
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4023990
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761822
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051996
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプ
11AX-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12BX-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7144-2.78220.3491330.2432453X-RAY DIFFRACTION92
2.7822-2.85750.30071330.23182679X-RAY DIFFRACTION100
2.8575-2.94150.32041270.2262690X-RAY DIFFRACTION100
2.9415-3.03640.3161450.21982709X-RAY DIFFRACTION100
3.0364-3.14490.29611350.20812705X-RAY DIFFRACTION100
3.1449-3.27080.31251470.21172676X-RAY DIFFRACTION100
3.2708-3.41960.26881730.20542663X-RAY DIFFRACTION100
3.4196-3.59980.30711500.22722665X-RAY DIFFRACTION99
3.5998-3.82520.29671350.2192710X-RAY DIFFRACTION99
3.8252-4.12030.26651270.1932645X-RAY DIFFRACTION98
4.1203-4.53450.20271420.15362741X-RAY DIFFRACTION100
4.5345-5.18960.20381340.15822723X-RAY DIFFRACTION100
5.1896-6.53430.25871430.20042734X-RAY DIFFRACTION100
6.5343-41.85420.21931650.20622771X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.26030.5661-0.16932.90680.43173.34180.1218-0.075-0.2461-0.1530.09460.1919-0.2403-0.0413-0.1870.331-0.04690.02370.2367-0.00530.312299.467844.23936.9373
21.77880.7035-0.2561.5739-0.64541.39260.0597-0.14390.2410.1523-0.0199-0.1833-0.1773-0.0216-0.03780.28720.0073-0.02710.2806-0.02710.3595102.90840.24919.2643
33.05350.881-0.78610.35780.40390.67220.13650.12920.7775-0.1322-0.07890.2668-0.3258-0.222-0.04170.43860.0713-0.11280.32650.00850.534475.828941.839112.9448
42.04830.67480.03262.1708-0.35370.8680.1673-0.72080.37310.6668-0.20440.3499-0.2238-0.08110.01920.5345-0.06630.06890.5865-0.12420.320670.077830.56642.5058
52.16930.85990.05191.17380.28342.98210.0048-0.044-0.8165-0.0366-0.0005-0.51550.40540.2550.04480.4370.0840.02870.326-0.00390.9521107.1322-1.134313.7032
62.35790.3634-0.11221.099-0.03850.67250.0602-0.0559-0.3650.1743-0.09040.05490.1566-0.1330.0260.3608-0.019-0.00640.2899-0.04460.234973.869113.169321.4003
72.39520.05420.47292.56370.45451.24410.00850.3389-0.4226-0.00160.04850.07910.26790.0107-0.03710.265-0.02340.02190.4173-0.10920.343964.39219.035214.5192
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 6:65)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 66:289)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 290:363)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 364:808)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESSEQ 5:188)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 189:607)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 608:808)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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