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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4a01 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the H-Translocating Pyrophosphatase | ||||||
![]() | PROTON PYROPHOSPHATASE | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() H+-exporting diphosphatase / diphosphate hydrolysis-driven proton transmembrane transporter activity / inorganic diphosphate phosphatase activity / vacuolar membrane / membrane => GO:0016020 / ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lin, S.-M. / Tsai, J.-Y. / Hsiao, C.-D. / Chiu, C.-L. / Pan, R.-L. / Sun, Y.-J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of a Membrane Embedded H1-Translocating Pyrophosphatase 著者: Lin, S.-M. / Tsai, J.-Y. / Hsiao, C.-D. / Chiu, C.-L. / Pan, R.-L. / Sun, Y.-J. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 292.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 245.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 AB![](data/chem/img/DMU.gif)
![](data/chem/img/DMU.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 80092.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O22124, UniProt: P21616*PLUS, ![]() #5: 糖 | ChemComp-DMU / |
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-非ポリマー , 4種, 606分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/2PN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/2PN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
配列の詳細 | THE PROTEIN SEQUENCE OF ENTRY 4A01 HAD BEEN PUBLISHED AT PLANT PHYSIOL (1995) V.109, P1125-1127 AND ...THE PROTEIN SEQUENCE OF ENTRY 4A01 HAD BEEN PUBLISHED AT PLANT PHYSIOL (1995) V.109, P1125-1127 AND THE SEQUENCE OF RESIDUE 476 IS PHE. MEANWHILE, FROM THE ELECTRON DENSITY OMIT MAP, WE DETERMINED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 100220 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.84 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 20.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 98.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 2.35→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 5.074 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.995 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→30 Å
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拘束条件 |
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