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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 427d | ||||||||||||||||||
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タイトル | 5'-D(*CP*GP*CP*(CH2-DM1)GP*CP*G)-3' | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / DEOXYRIBONUCLEIC ACID / DRUG COMPLEX / FORMALDEHYDE CROSS-LINK / ATOMIC RESOLUTION / DOUBLE BACKBONE CONFORMATION | 機能・相同性 | DAUNOMYCIN / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.1 Å | データ登録者 | Schuerman, G. / Van Meervelt, L. | 引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2000 | タイトル: Conformational Flexibility of the DNA Backbone. 著者: Schuerman, G. / Van Meervelt, L. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 427d.cif.gz | 16.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb427d.ent.gz | 9.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 427d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 427d_validation.pdf.gz | 700.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 427d_full_validation.pdf.gz | 703.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 427d_validation.xml.gz | 2.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 427d_validation.cif.gz | 3.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/27/427d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/27/427d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1824.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 化合物 | ChemComp-DM1 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.31 % / 解説: DDF023 USED AS STARTING MODEL FOR REFINEMENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→15 Å / Num. all: 8581 / Num. obs: 8581 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 25.27 |
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.12 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Mean I/σ(I) obs: 10.58 / % possible all: 77 |
反射 | *PLUS % possible obs: 97.3 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 77 % / Num. unique obs: 338 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: DDF023 解像度: 1.1→15 Å / Num. parameters: 2327 / σ(F): 4 / 詳細: ANISOTROPIC UNRESTRAINED REFIN. /
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201- 228 | ||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 27 / Occupancy sum hydrogen: 222.47 / Occupancy sum non hydrogen: 97 | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→15 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-96 / 分類: refinement | ||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 8277 / Rfactor all: 0.102 / Rfactor obs: 0.101 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |