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- PDB-427d: 5'-D(*CP*GP*CP*(CH2-DM1)GP*CP*G)-3' -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 427d
タイトル5'-D(*CP*GP*CP*(CH2-DM1)GP*CP*G)-3'
要素DNA (5'-D(*CP*GP*CP*(G49)P*CP*G)-3')
キーワードDNA / DEOXYRIBONUCLEIC ACID / DRUG COMPLEX / FORMALDEHYDE CROSS-LINK / ATOMIC RESOLUTION / DOUBLE BACKBONE CONFORMATION
機能・相同性DAUNOMYCIN / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Schuerman, G. / Van Meervelt, L.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2000
タイトル: Conformational Flexibility of the DNA Backbone.
著者: Schuerman, G. / Van Meervelt, L.
履歴
登録1998年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*(G49)P*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,3522
ポリマ－1,8241
非ポリマー5281
水1,17165
1
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*(G49)P*CP*G)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*(G49)P*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7044
ポリマ－3,6482
非ポリマー1,0552
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)27.818, 27.818, 51.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP41212

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*(G49)P*CP*G)-3')


分子量: 1824.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-DM1 / DAUNOMYCIN / DAUNORUBICIN


分子量: 527.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29NO10
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.31 % / 解説: DDF023 USED AS STARTING MODEL FOR REFINEMENT
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SODIUM CACODYLATE11
2NACL11
3BACL211
4SPERMINE11
5MPD11
6MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14.0 mMoligonucleotide1drop
26.4 mMdaunomycin HCl1drop
310 %MPD1drop
412 mMspermine tetrachloride1drop
580 mM1dropNaCl
620 mM1dropBaCl2
835 %MPD1reservoir
7sodium cacodylate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.1→15 Å / Num. all: 8581 / Num. obs: 8581 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 25.27
反射 シェル解像度: 1.1→1.12 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Mean I/σ(I) obs: 10.58 / % possible all: 77
反射
*PLUS
% possible obs: 97.3 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77 % / Num. unique obs: 338

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化開始モデル: DDF023

解像度: 1.1→15 Å / Num. parameters: 2327 / σ(F): 4 / 詳細: ANISOTROPIC UNRESTRAINED REFIN. /
Rfactor反射数%反射
all0.1021 8581 -
obs0.1007 -97.5 %
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201- 228
Refine analyzeNum. disordered residues: 27 / Occupancy sum hydrogen: 222.47 / Occupancy sum non hydrogen: 97
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 182 0 75 257
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-96 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 8277 / Rfactor all: 0.102 / Rfactor obs: 0.101
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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