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万見
- PDB-423d: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*T)-3' -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 423d
タイトル5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*T)-3'
要素DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*T)-3')
キーワードDNA / DOUBLE HELIX
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Rozenberg, H. / Rabinovich, D. / Frolow, F. / Hegde, R.S. / Shakked, Z.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Structural code for DNA recognition revealed in crystal structures of papillomavirus E2-DNA targets.
著者: Rozenberg, H. / Rabinovich, D. / Frolow, F. / Hegde, R.S. / Shakked, Z.
履歴
登録1998年9月14日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4487
ポリマ－7,3272
非ポリマー1225
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.067, 64.067, 44.679
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Cell settingtrigonal
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-133-

HOH

21A-150-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.228 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MGCL211
2SPERMINE11
3NA CACODYLATE11
4MPD11
5NA CACODYLATE12
6MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.8 mg/mlDNA1drop
270-80 mM1dropMgCl2
31
41-2 mMspermine tetrachloride1drop
520 mMsodium cacodylate1drop
66 %(w/v)1drop
723 %MPD1reservoir
8100 mMsodium cacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-C
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月3日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER, GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.6→23.6 Å / Num. all: 8888 / Num. obs: 8888 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 50.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.62 Å / 冗長度: 1.95 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 95
反射
*PLUS
Observed criterion σ(F): 2 / Num. measured all: 68426
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95 % / Num. unique obs: 8888

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解析

ソフトウェア
名称分類
ULTIMAモデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
ULTIMA位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IDEAL B-DNA

解像度: 1.6→23.6 Å / Num. parameters: 2703 / Num. restraintsaints: 11946 / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 506 5.7 %RANDOM SELECTION
Rwork0.173 ---
all0.174 8888 --
obs0.173 8888 98.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER: J.MOL.BIOL. 91, 201-228 (1973)
Refine analyzeOccupancy sum non hydrogen: 644.67
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→23.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 486 35 127 648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.174 / 最低解像度: 23.6 Å / % reflection Rfree: 5.7 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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