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- PDB-406d: 5'-R(*CP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*UP*GP*GP*UP*(BRO) UP*CP*GP*GP*UP*G)-3' -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 406d
タイトル5'-R(*CP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*UP*GP*GP*UP*(BRO) UP*CP*GP*GP*UP*G)-3'
要素RNA (5'-R(*CP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*UP*GP*GP*UP*(5BU)P*CP*GP*GP*UP*G)-3')
キーワードRNA / DISORDERED / DOUBLE HELIX
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Shah, S.A. / Brunger, A.T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: The 1.8 A crystal structure of a statically disordered 17 base-pair RNA duplex: principles of RNA crystal packing and its effect on nucleic acid structure.
著者: Shah, S.A. / Brunger, A.T.
履歴
登録1998年6月22日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 2.02024年2月28日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*CP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*UP*GP*GP*UP*(5BU)P*CP*GP*GP*UP*G)-3')
E: RNA (5'-R(*CP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*UP*GP*GP*UP*(5BU)P*CP*GP*GP*UP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1082
ポリマ－11,1082
非ポリマー00
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.627, 39.627, 91.018
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
モデル数2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-18-

HOH

21A-19-

HOH

31A-30-

HOH

41E-35-

HOH

51E-36-

HOH

61E-37-

HOH

71E-38-

HOH

81E-39-

HOH

91E-41-

HOH

101E-42-

HOH

113A-22-

HOH

123A-24-

HOH

133A-35-

HOH

143A-37-

HOH

153A-54-

HOH

163A-103-

HOH

173E-36-

HOH

183E-37-

HOH

193E-38-

HOH

203E-39-

HOH

213E-46-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(1), (-1), (-1)68.64, 182.036

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*UP*GP*GP*UP*(5BU)P*CP*GP*GP*UP*G)-3')


分子量: 5554.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE CRYSTAL IS MADE OF STATICALLY DISORDERED 17-BP RNA DUPLEX. ALL CONFIRMATIONS ARE REPRESENTED BY ...THE CRYSTAL IS MADE OF STATICALLY DISORDERED 17-BP RNA DUPLEX. ALL CONFIRMATIONS ARE REPRESENTED BY FOUR MODELS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
解説: The crystal packing of 17-bp RNA duplex is statically disordered. As a result, the asymmetric unit of the crystal contains four superimposed orientations of the duplex that are out of ...解説: The crystal packing of 17-bp RNA duplex is statically disordered. As a result, the asymmetric unit of the crystal contains four superimposed orientations of the duplex that are out of register, such that backbones superimpose, but base identity differs.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 30011
2NACL11
3SODIUM ACETATE11
4PEG 30012
5NACL12
6SODIUM ACETATE12
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 38 %
結晶化
*PLUS
温度: 28 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
140 %(v/v)PEG3001reservoir
2150 mM1reservoirNaCl
3100 mMsodium acetate1reservoir
41
51
61

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21
31
41
放射光源
由来サイトビームラインID
シンクロトロンNSLS X12B1
2
3
4
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1995年11月10日
2
3
4
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
4SINGLE WAVELENGTHMx-ray4
放射波長
ID相対比
11
21
31
41
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 8052 / Num. obs: 8052 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 9.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 19.4
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 98.3 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.85 Å / % possible obs: 94.7 % / Rmerge(I) obs: 0.317 / Mean I/σ(I) obs: 4.73

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.3位相決定
精密化解像度: 1.8→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 382611.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. The structure of statically disordered 17-bp RNA duplex is represented by four models in the asymmetric unit, each model for a distinct conformation of the duplex. ...詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. The structure of statically disordered 17-bp RNA duplex is represented by four models in the asymmetric unit, each model for a distinct conformation of the duplex. The sum of all models contribute to the observed diffraction data. To generate the contents of the entire asymmetric unit from the four disordered duplexes, a strict non-crystallographic hypersymmetry was applied.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 1524 10.5 %RANDOM
Rwork0.262 ---
obs0.262 14484 97.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å2-0.53 Å20 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 726 0 34 760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d10.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.42
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 227 9.8 %
Rwork0.264 2079 -
obs--94.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1DNA-RNA_REP.PADNA-RNA_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2BR.PAR
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 15 Å / Rfactor obs: 0.256
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.03
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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