PDB-3zzn: 5-Mutant (R79W, R151A, E279A, E299A,E313A) Lactate-Dehydrogenase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zzn

タイトル

5-Mutant (R79W, R151A, E279A, E299A,E313A) Lactate-Dehydrogenase from Thermus thermophillus

要素

LACTATE DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PROTEIN ADAPTATION / CONFORMATIONAL ENERGY LANDSCAPE / HYPERTHERMOPHILIC

機能・相同性

機能・相同性情報

L-lactate dehydrogenase / lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / glycolytic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Colletier, J.P. / Mraihi, S. / Madern, D.

引用

ジャーナル: Mol. Biol. Evol. / 年: 2012
タイトル: Sampling the conformational energy landscape of a hyperthermophilic protein by engineering key substitutions.
著者: Colletier, J.P. / Aleksandrov, A. / Coquelle, N. / Mraihi, S. / Mendoza-Barbera, E. / Field, M. / Madern, D.

履歴

登録	2011年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月7日	Group: Other
改定 1.2	2012年5月30日	Group: Other
改定 1.3	2018年2月28日	Group: Advisory / Database references / Source and taxonomy カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity_src_gen / pdbx_validate_polymer_linkage Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_2
改定 1.4	2019年4月3日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2019年5月29日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.6	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zzn.cif.gz	482.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zzn.ent.gz	400.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zzn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3zzn_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zzn_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3zzn_validation.xml.gz	53.5 KB	表示
CIF形式データ	3zzn_validation.cif.gz	74.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/3zzn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/3zzn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4a73C 2v6mS 2v7p 2xxb 2xxj C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4a73-d 4i9q-2 3vpg-d 2v6m-d 2e37-1 2q08-3 2e37-2 2e37-6 3oyx-1 3qep-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (10) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10)

登録構造単位

A: LACTATE DEHYDROGENASE

B: LACTATE DEHYDROGENASE

C: LACTATE DEHYDROGENASE

D: LACTATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

131 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.123, 59.597, 153.076
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.37, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 22:80 OR RESSEQ 83:103 OR RESSEQ...
2	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 22:80 OR RESSEQ 83:103 OR RESSEQ...
1	1	2	CHAIN B AND (RESSEQ 22:80 OR RESSEQ 83:103 OR RESSEQ...
2	1	2	CHAIN C AND (RESSEQ 22:80 OR RESSEQ 83:103 OR RESSEQ...

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	LACTATE DEHYDROGENASE 分子量: 32599.373 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) 株: HB8 / プラスミド: PTTHLDH12 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SJA1, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 58 TO TRP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 128 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 58 TO TRP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 128 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 260 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 279 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 292 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 58 TO TRP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 128 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 260 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 279 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 292 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ARG 58 TO TRP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ARG 128 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLU 260 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLU 279 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLU 292 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ARG 58 TO TRP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ARG 128 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLU 260 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLU 279 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLU 292 TO ALA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.43 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 5-MUT TT-LDH WAS CRYSTALLIZED AT 10MG/ML BY THE HANGING-DROP VAPOUR-DIFFUSION METHOD, FOLLOWING THE MIXING OF THE PROTEIN AND THE MOTHER-LIQUOR SOLUTIONS AT A 1:1 RATIO. THE MOTHER LIQUOR ...詳細: 5-MUT TT-LDH WAS CRYSTALLIZED AT 10MG/ML BY THE HANGING-DROP VAPOUR-DIFFUSION METHOD, FOLLOWING THE MIXING OF THE PROTEIN AND THE MOTHER-LIQUOR SOLUTIONS AT A 1:1 RATIO. THE MOTHER LIQUOR SOLUTION WAS 0.1 M HEPES BUFFER PH 9, 18-20% PEG 6000, 2 M LICL2, 500 MICROMOLAR ADP. CRYSTALS GREW WITHIN A WEEK AT 4 DEGREES CELSIUS.

結晶

マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.43 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 5-MUT TT-LDH WAS CRYSTALLIZED AT 10MG/ML BY THE HANGING-DROP VAPOUR-DIFFUSION METHOD, FOLLOWING THE MIXING OF THE PROTEIN AND THE MOTHER-LIQUOR SOLUTIONS AT A 1:1 RATIO. THE MOTHER LIQUOR ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→45.53 Å / Num. obs: 30826 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.47 % / B_iso Wilson estimate: 41.99 Å² / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 14.25
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.55 % / R_merge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 3.05 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V6M

2v6m

解像度: 2.9→45.47 Å / SU ML: 0.87 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2512	2039	6.6 %
R_work	0.1878	-	-
obs	0.1919	30812	96.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.828 Å² / k_sol: 0.324 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2486 Å²	0 Å²	-3.2788 Å²
2-	-	1.8068 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.5582 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→45.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9135	0	54	416	9605

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	9658
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.704	13200
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.057	3492
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.107	1526
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.016	1731

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2175	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	D	2175	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.468
2	1	B	2241	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	C	2241	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.601

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.9675	0.3388	143	0.2768	1887	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9675-3.0417	0.3494	142	0.2643	1883	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0417-3.1239	0.3078	139	0.2694	1934	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1239-3.2158	0.3854	145	0.2586	1864	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2158-3.3195	0.3026	148	0.226	1909	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3195-3.4382	0.3232	141	0.2019	1906	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4382-3.5758	0.2543	144	0.1971	1913	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5758-3.7384	0.2773	158	0.1888	1914	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7384-3.9354	0.2586	150	0.181	1889	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9354-4.1818	0.2417	156	0.1728	1881	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1818-4.5044	0.1891	148	0.1525	1906	X-RAY DIFFRACTION	97
4.5044-4.9572	0.1732	105	0.1382	1965	X-RAY DIFFRACTION	95
4.9572-5.6734	0.2037	104	0.1616	1942	X-RAY DIFFRACTION	97
5.6734-7.1434	0.2419	105	0.1645	1981	X-RAY DIFFRACTION	97
7.1434-45.4756	0.1501	111	0.1654	1999	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6325	-0.038	-0.1598	0.5562	0.475	0.4227	0.005	0.0598	0.1487	-0.0789	-0.0186	0.0132	-0.1068	-0.035	-0.0263	0.0725	0.0063	-0.0038	0.0448	0.0468	0.0791	32.9735	-10.9273	58.4254
2	0.4373	-0.0678	0.0365	0.5813	0.2636	0.6264	0.0528	-0.0156	-0.0848	-0.0247	-0.0247	0.125	0.043	-0.1158	0.056	0.0542	-0.0274	0.005	-0.147	0.0137	0.0763	26.9841	-30.4173	52.0686
3	0.681	-0.7758	0.253	1.225	-0.3108	0.1013	0.172	0.1225	-0.1048	-0.1981	-0.0568	0.2304	0.0764	-0.0055	0.3425	0.0627	0.0498	-0.047	0.0775	-0.1044	0.2484	28.8013	-36.1918	47.5731
4	0.5583	-0.1586	-0.1279	0.5437	0.1602	0.823	-0.0589	-0.1023	0.0645	0.0351	-0.0029	0.0237	-0.0037	0.0597	-0.1613	0.091	0.0713	0.0121	0.113	-0.0654	0.0488	42.4458	-39.1816	60.9082
5	1.1343	0.2177	0.0022	0.3021	0.0495	0.6862	0.0486	0.0183	0.0521	0.0221	-0.031	-0.0006	-0.1223	0.1215	0.021	-0.0275	-0.0191	0.0049	0.0772	0.0428	0.1788	50.7435	-19.5264	50.1762
6	4.4812	-2.0514	2.2541	2.6402	-0.734	4.4883	0.2282	0.4228	0.6833	-0.1934	-0.3684	-0.4187	-0.2514	0.4424	0.2567	0.1201	0.0041	-0.0011	0.254	0.0896	0.2944	60.2628	-13.3515	49.1354
7	1.0465	0.577	-0.8738	1.8018	-1.6212	3.164	0.0932	-0.2402	0.0947	0.2736	-0.3375	-0.3253	-0.5091	0.5513	0.2047	0.1962	-0.0517	-0.1084	0.1591	0.0362	0.2386	51.0947	-12.0804	60.8928
8	0.5719	-0.0483	-0.0704	0.426	0.0871	0.4901	0.0406	0.0721	-0.1188	-0.005	-0.0473	-0.2515	0.1103	0.2715	-0.0229	-0.1562	0.1566	0.1102	0.0684	-0.0758	0.0661	50.5137	-29.6978	46.9655
9	2.3303	2.0794	-1.2041	2.3356	-1.1753	0.9428	0.0653	-0.2197	-0.1178	0.002	-0.2333	-0.5207	0.0728	0.3805	0.2691	0.0537	0.0636	-0.0672	0.2671	0.0163	0.3559	61.0217	-33.0845	60.8344
10	0.1596	0.0144	-0.0109	0.6366	0.0522	0.3035	-0.0256	0.1021	-0.1031	-0.2128	-0.1117	-0.0761	0.1352	0.008	-0.1216	0.3794	0.2427	0.2509	-0.163	-0.1774	-0.1094	35.2681	-20.4104	18.0412
11	1.1702	0.0861	0.3929	0.9201	0.6161	1.0013	-0.1088	0.2857	0.0701	-0.3355	-0.1843	0.0016	-0.0761	-0.1553	-0.2567	0.5604	-0.0667	0.1679	-0.0021	0.09	-0.0348	23.6175	-25.9535	9.9303
12	0.6997	-0.307	-0.1406	1.2635	0.6391	1.9939	-0.0737	0.1365	-0.0188	-0.2569	-0.0202	0.097	0.0566	-0.3637	0.0702	0.3533	0.018	-0.1011	0.2622	-0.0471	-0.0503	11.4608	-13.8847	25.1492
13	2.8746	1.1756	2.4705	1.3513	0.8045	2.861	0.093	-0.1419	0.1981	-0.2971	-0.2965	0.2306	-0.159	-0.6249	-0.4228	0.3786	0.2442	-0.1312	0.5755	0.0246	0.3097	1.6102	-8.6482	29.3368
14	1.2566	-0.4987	-0.9627	2.2966	-0.0823	1.3001	-0.2103	0.3489	-0.3258	-0.4522	-0.043	0.3062	0.2985	-0.4228	0.061	0.3072	-0.0547	-0.0118	0.2694	-0.0342	0.1155	11.4826	-23.7156	22.7125
15	2.5381	-0.1227	-1.0637	2.2516	2.0165	2.6104	-0.0128	0.6325	0.0067	-0.6706	-0.0727	0.2905	-0.0841	-0.5605	0.5579	0.5999	-0.0208	-0.2947	0.7398	-0.0562	0.2843	0.6335	-19.1196	9.9452
16	0.8446	-0.5256	-0.7784	0.4764	0.6577	0.9372	0.0686	0.016	0.1724	-0.1173	0.0406	-0.0763	-0.14	0.0287	0.5284	0.186	0.0217	-0.1986	0.0272	0.0522	0.1709	31.4818	-3.2207	56.8123
17	2.5282	-0.0218	0.1805	1.5338	-0.1403	0.8387	0.0035	-0.128	-0.1469	0.1259	-0.0132	0.0984	-0.0725	-0.2038	-0.1208	0.0549	0.0822	-0.0033	0.1278	-0.0139	0.0837	16.2385	-6.463	68.1471
18	0.3805	-0.1351	0.0204	0.1592	-0.0048	0.0965	-0.0824	-0.0432	-0.1247	-0.0325	-0.0005	0.0715	0.0144	-0.1187	0.0558	-0.1751	0.1876	-0.1132	0.1375	-0.0543	0.1065	9.9369	-18.21	48.1375
19	4.1035	-1.0517	-0.7878	2.0491	0.765	2.4448	0.02	0.5171	-0.3365	-0.1752	-0.1648	0.4197	0.0299	-0.3054	0.0381	0.0909	0.0528	-0.0516	0.2928	-0.0252	0.3131	0.6004	-23.008	42.7957
20	2.7398	0.1266	0.9577	2.2274	-0.3871	2.8403	0.0245	0.2687	-0.4498	-0.2191	0.021	0.3549	0.4382	-0.4266	-0.1976	0.1258	-0.0687	0.0518	0.1091	-0.0701	0.2604	7.9636	-30.2195	52.6483
21	0.9429	-0.4541	0.2285	0.5892	-0.2057	0.1501	-0.1153	-0.0269	0.0684	-0.0177	-0.0819	0.1988	-0.2348	-0.3423	-0.3453	-0.4244	0.4623	-0.1638	-0.0769	0.0519	0.0952	10.1764	-7.8347	50.5918
22	0.8433	0.1239	0.3399	0.5865	0.4189	0.812	-0.09	-0.4245	0.0793	0.1504	-0.0773	0.2248	-0.1057	-0.4103	0.6432	0.1216	0.1389	0.0566	0.4872	-0.0792	0.2064	-1.7454	-11.3706	63.0097
23	3.7197	-1.2885	-2.3435	2.1762	0.1107	5.5778	0.356	0.2737	0.2425	-0.3002	-0.0422	0.18	-0.8673	-1.0357	-0.1978	0.6071	0.1267	-0.0984	0.3346	0.0055	0.2498	10.599	-1.6783	19.9374
24	1.7586	0.6861	-0.2746	0.6338	0.1914	0.2916	0.2642	-0.1552	0.1162	0.1747	-0.1048	0.0766	-0.2922	-0.1122	0.011	0.5773	0.1392	0.0445	0.2196	-0.0297	0.1248	30.1159	4.6607	28.0598
25	0.501	0.22	-0.005	1.4947	-0.594	1.0119	-0.0918	0.1398	-0.0593	-0.2819	0.0352	-0.1259	0.014	0.0621	-0.0529	0.4823	-0.0084	0.1117	0.0058	-0.0596	0.0709	45.5098	7.7452	16.6471
26	0.3642	-0.0044	-0.2502	1.3138	-0.4982	0.8184	-0.0178	0.0492	0.1289	-0.1681	-0.0663	-0.1587	-0.0398	0.0929	-0.1395	0.2994	0.0933	0.318	0.007	0.3053	0.0041	52.0297	-12.1612	28.0586
27	0.4144	0.3537	-0.1098	1.073	0.3787	0.3106	-0.0579	0.0625	0.0988	-0.2779	-0.0067	0.0132	-0.311	-0.0523	-0.0461	0.5625	0.0666	0.0186	0.0554	0.0798	0.0084	28.6546	-1.1903	23.0391
28	5.1534	0.5877	0.3021	2.7801	-3.2573	7.0089	0.4082	-0.166	-0.4137	-0.4212	-0.3035	-0.3161	0.3578	0.7285	0.7792	0.2426	0.142	0.1914	0.3363	0.0661	0.4386	61.5354	-18.786	30.2706
29	2.2881	-0.3172	0.9117	0.1959	-0.7057	3.6782	0.0733	0.0846	-0.3514	-0.2208	-0.1499	-0.1508	0.8006	0.6433	0.7578	0.7636	0.1758	0.4142	0.2273	0.0095	0.3014	53.5834	-19.7269	17.7674
30	1.5975	0.1012	0.5723	2.0057	-0.0245	3.2198	0.0581	-0.0038	0.2232	-0.1473	-0.1978	-0.5161	-0.504	0.4666	-0.0626	0.2607	-0.0224	0.1175	0.1429	0.0048	0.2567	51.8133	-1.8039	31.1778
31	4.4503	-3.3049	1.9892	3.1049	-1.2678	1.7168	0.11	0.5364	0.1539	-0.4467	-0.4001	-0.7336	-0.2807	0.8806	0.3039	0.4855	-0.1777	0.3012	0.7159	0.102	0.5946	63.766	0.9788	18.7357

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 22:72)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND (RESSEQ 22:72)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND (RESSEQ 73:96)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESSEQ 97:153)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 154:196)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 197:214)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 215:247)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 248:308)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 309:331)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN D AND (RESSEQ 22:72)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN D AND (RESSEQ 73:153)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN D AND (RESSEQ 154:196)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN D AND (RESSEQ 197:214)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN D AND (RESSEQ 248:308)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN D AND (RESSEQ 309:331)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN A AND (RESSEQ 73:96)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN A AND (RESSEQ 97:153)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN A AND (RESSEQ 154:196)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN A AND (RESSEQ 197:214)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN A AND (RESSEQ 215:247)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN A AND (RESSEQ 248:308)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN A AND (RESSEQ 309:331)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN D AND (RESSEQ 215:247)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN C AND (RESSEQ 73:96)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN C AND (RESSEQ 97:153)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN C AND (RESSEQ 154:196)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN C AND (RESSEQ 22:72)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN C AND (RESSEQ 197:214)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN C AND (RESSEQ 215:247)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN C AND (RESSEQ 248:308)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN C AND (RESSEQ 309:331)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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