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- PDB-3zxk: Engineering the active site of a GH43 glycoside hydrolase generat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zxk
タイトルEngineering the active site of a GH43 glycoside hydrolase generates a biotechnologically significant enzyme that displays both endo- xylanase and exo-arabinofuranosidase activity
要素HIAXHD3
キーワードHYDROLASE / SUGAR BINDING PROTEIN
機能・相同性Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Jelly Rolls - #200 / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種HUMICOLA INSOLENS (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者McKee, L.S. / Pena, M.J. / Rogowski, A. / Jackson, A. / Lewis, R.J. / York, W.S. / Krogh, K.B.R.M. / Vikso-Nielsen, A. / Skjot, M. / Gilbert, H.J. / Marles-Wright, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Introducing Endo-Xylanase Activity Into an Exo-Acting Arabinofuranosidase that Targets Side Chains.
著者: Mckee, L.S. / Pena, M.J. / Rogowski, A. / Jackson, A. / Lewis, R.J. / York, W.S. / Krogh, K.B.R.M. / Vikso-Nielsen, A. / Skjot, M. / Gilbert, H.J. / Marles-Wright, J.
履歴
登録2011年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月2日Group: Other
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIAXHD3
B: HIAXHD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,6446
ポリマ－121,0752
非ポリマー1,5704
水18,3031016
1
A: HIAXHD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3223
ポリマ－60,5371
非ポリマー7852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: HIAXHD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3223
ポリマ－60,5371
非ポリマー7852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.380, 52.970, 146.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HIAXHD3


分子量: 60537.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HUMICOLA INSOLENS (菌類) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase
#2: 多糖 alpha-L-arabinofuranose-(1-2)-[beta-D-xylopyranose-(1-4)]beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 546.474 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LArafa1-2[DXylpb1-4]DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a212h-1b_1-5][a211h-1a_1-4]/1-1-2-1/a4-b1_b2-c1_b4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(2+1)][a-L-Araf]{}[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1016 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細GENBANK SEQUENCE REF CAL81199. D43A MUTATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5 22.5 % (W/V) PEG4000 0.1 M NACL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / タイプ: APS / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→33.68 Å / Num. obs: 177611 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 8.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.44→1.47 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 9.8 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZXJ

3zxj


解像度: 1.44→33.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.897 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20725 8835 5 %RANDOM
Rwork0.16649 ---
obs0.16853 167521 98.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.592 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→33.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8338 0 104 1016 9458
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.028753
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4761.93811954
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.88851079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.7422.22419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.424151245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2731585
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.180.21268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216887
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.33738753
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.3335297
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.03459207
LS精密化 シェル解像度: 1.437→1.474 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 624 -
Rwork0.243 11554 -
obs--93.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.47230.0208-0.13480.03010.00810.29020.012-0.0085-0.0090.0139-0.004300.00550.006-0.00770.0131-0.0018-0.00080.0009-0.00160.014613.139-11.708317.0563
20.2487-0.0899-0.08970.38870.17040.55540.01660.00520.0111-0.0282-0.01980.0045-0.0384-0.03120.00320.00810.00150.00060.0023-0.00060.01450.1018-3.650113.284
30.1748-0.0998-0.07830.14560.09340.2153-0.0042-0.0424-0.00040.02450.00340.0225-0.0052-0.00180.00090.0179-0.00560.0020.0172-0.00030.01933.2095-7.256931.0468
40.4059-0.0282-0.08330.9345-0.34520.8915-0.00660.0196-0.0415-0.03370.0140.02250.097-0.0441-0.00740.0108-0.0039-0.00260.0056-0.00690.016124.5414-22.50599.1536
50.275-0.0325-0.0620.15910.10550.3166-0.0019-0.0219-0.00260.00830.0031-0.01920.00670.0269-0.00120.0112-0.0007-0.00050.0056-0.00090.015136.2067-13.537617.4522
60.4883-0.1130.09430.11470.05810.13280.004-0.00620.01450.0039-0.0063-0.01590.0093-0.00270.00220.0174-0.00260.00150.01080.00020.014237.6767-32.252455.5432
70.428-0.0145-0.08540.26380.10.5318-0.00280.02660.028-0.01380.0075-0.0151-0.02040.0243-0.00460.0057-0.0037-0.00220.00450.00260.015750.7267-28.145947.8919
80.5001-0.0182-0.03560.11240.06030.1723-0.0160.001-0.06520.00830.0136-0.00750.03840.01930.00240.02270.0028-0.00360.0065-0.00220.021847.5508-46.227450.4238
90.0806-0.0324-0.06350.6259-0.0050.8112-0.0017-0.05240.02340.06240.0069-0.0272-0.00090.0178-0.00520.008-0.0003-0.00260.0358-0.01190.024726.3798-25.226966.9069
100.2326-0.0439-0.03430.25430.05480.1575-0.0050.0062-0.00140.00710.00070.01440.0063-0.02040.00430.0111-0.0021-0.00250.0147-0.00060.015614.5895-32.730957.5231
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2A109 - 242
3X-RAY DIFFRACTION3A243 - 341
4X-RAY DIFFRACTION4A342 - 376
5X-RAY DIFFRACTION5A377 - 557
6X-RAY DIFFRACTION6B29 - 108
7X-RAY DIFFRACTION7B109 - 242
8X-RAY DIFFRACTION8B243 - 341
9X-RAY DIFFRACTION9B342 - 376
10X-RAY DIFFRACTION10B377 - 557

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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