PDB-3zx6: Structure of Hamp(AF1503)-Tsr fusion - Hamp (A291V) mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zx6

タイトル

Structure of Hamp(AF1503)-Tsr fusion - Hamp (A291V) mutant

要素

HAMP, METHYL-ACCEPTING CHEMOTAXIS PROTEIN I

キーワード

SIGNALING / HAMP DOMAIN / TSR RECEPTOR / FUSION

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein histidine kinase activity / detection of chemical stimulus / methyl accepting chemotaxis protein complex / protein trimerization / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / regulation of chemotaxis / signal complex assembly / receptor clustering / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)

ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Zeth, K. / Ferris, H.U. / Lupas, A.L.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Axial Helix Rotation as a Mechanism for Signal Regulation Inferred from the Crystallographic Analysis of the E. Coli Serine Chemoreceptor.
著者: Ferris, H.U. / Zeth, K. / Hulko, M. / Dunin-Horkawicz, S. / Lupas, A.N.

履歴

登録	2011年8月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年2月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月9日	Group: Data collection / Database references
改定 1.2	2014年6月11日	Group: Database references
改定 1.3	2017年3月15日	Group: Source and taxonomy
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zx6.cif.gz	235.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zx6.ent.gz	193.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zx6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/3zx6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/3zx6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zrxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ch7-d 3jqh-1 6xi1-2 6xi1-1 4zkp-1 5bvz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (8) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HAMP, METHYL-ACCEPTING CHEMOTAXIS PROTEIN I

B: HAMP, METHYL-ACCEPTING CHEMOTAXIS PROTEIN I

ヘテロ分子

72.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.220, 80.020, 139.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.78, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	HAMP, METHYL-ACCEPTING CHEMOTAXIS PROTEIN I / MCP-I / SERINE CHEMORECEPTOR PROTEIN / TSR 分子量: 36136.066 Da / 分子数: 2 断片: HAMP RESIDUES 278-326, METHYL-ACCEPTING CHEMOTAXIS PROTEIN I RESIDUES 264-551 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現詳細: CHIMERA, THREE RESIDUE LINKER INTERNALLY IN METHYL-ACCEPTING CHEMOTAXIS PROTEIN DOMAIN 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌), (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) 株: DSM 4304 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O28769, UniProt: P02942
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 291 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 291 TO VAL
配列の詳細	THREE RESIDUE QQQ LINKER INSERTED IN UNP P02942.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.57 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: PH 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH MX-225 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→40 Å / Num. obs: 32412 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 60 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.57
反射シェル	解像度: 2.65→2.75 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZRX

3zrx

解像度: 2.65→29.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 27.79 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.387 / ESU R Free: 0.298 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28263	1553	5 %	RANDOM
R_work	0.22874	-	-	-
obs	0.2314	29577	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.377 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.52 Å²	0 Å²	-6.39 Å²
2-	-	3.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→29.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4436	0	2	76	4514

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	4456
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.94	1.951	6027
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.139	5	604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.082	25.441	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.935	15	787
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.491	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.13	0.2	744
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.82	1.5	2994
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.678	2	4773
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.15	3	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.86	4.5	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.718 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.396	103	-
R_work	0.329	2020	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.9859	-3.3118	4.627	1.8141	-3.456	8.9807	-0.7964	-0.1041	1.7191	0.2578	0.076	-0.4984	-0.4247	-0.4225	0.7204	0.2457	0.0488	-0.2964	0.1262	-0.1606	0.7084	-103.7651	1.4174	-131.2447
2	4.2148	0.7514	6.273	0.1619	1.1007	9.5553	-0.026	0.0624	0.0183	0.0417	-0.0357	0.0146	0.0061	0.0829	0.0617	0.1522	-0.0299	-0.0015	0.1448	-0.011	0.1188	-68.0463	3.5028	-82.7311
3	1.5004	0.5598	1.2954	0.8633	0.227	2.3137	0.1651	-0.091	-0.0919	0.1723	-0.1006	-0.0429	0.2777	-0.053	-0.0645	0.0975	-0.0228	0.0491	0.2907	0.0079	0.1157	-9.4861	10.9133	12.1996
4	2.3848	0.366	3.2783	0.1132	0.3679	5.1325	0.2709	0.0516	0.0022	0.0272	0.0273	0.0913	0.6477	0.0392	-0.2983	0.21	-0.0472	-0.0747	0.3109	0.0467	0.1605	-27.6655	9.2459	-16.4492
5	5.4061	0.3182	6.6865	0.243	0.2515	8.4733	-0.0195	0.0412	0.2986	0.0909	-0.2558	0.0638	0.0468	0.1959	0.2753	0.1741	-0.1383	-0.0547	0.4047	0.0082	0.0793	-72.1822	5.2905	-95.1758
6	1.8899	1.5151	1.8177	5.2454	-0.4923	3.0714	-0.2103	0.2354	-0.0591	-0.3016	0.117	0.0358	0.0121	0.3587	0.0933	0.1196	-0.0685	0.0761	0.2711	0.0244	0.122	-94.0833	-7.1282	-137.1429
7	2.735	0.6368	4.5675	0.1904	1.0173	8.0693	0.2217	-0.3768	-0.0219	0.0466	-0.1426	-0.0025	0.5236	-0.6372	-0.0791	0.1279	-0.0142	-0.0006	0.1528	0.0003	0.1215	-52.4002	5.259	-60.0257
8	4.5944	1.1484	4.1148	1.1959	0.7359	7.3529	0.2312	-0.0685	-0.1433	0.1034	-0.0029	-0.1388	0.1864	0.1393	-0.2283	0.0821	0.0105	0.0714	0.2179	-0.0321	0.1453	2.0475	13.7658	15.0712
9	6.5331	1.8795	7.7574	0.547	2.2241	9.8422	-0.155	-0.191	0.317	-0.0706	-0.0479	0.0801	0.1075	-0.312	0.2029	0.3241	-0.1658	-0.1136	0.2733	0.1103	0.1381	-45.621	9.6968	-47.4534
10	5.1498	0.7075	5.8897	0.1409	1.7799	28.903	0.8102	-0.1639	-0.7728	0.128	-0.0667	-0.1059	0.916	-1.0304	-0.7434	0.411	-0.329	-0.2044	0.358	0.1091	0.1417	-83.8155	-8.2252	-107.3593

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	30 - 135
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	136 - 183
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	184 - 255
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	256 - 305
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2 - 44
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	45 - 157
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	158 - 205
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	206 - 280
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	281 - 304

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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