[日本語] English
万見
- PDB-3zvk: Crystal structure of VapBC2 from Rickettsia felis bound to a DNA ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zvk
タイトルCrystal structure of VapBC2 from Rickettsia felis bound to a DNA fragment from their promoter
要素
  • (DNA) x 2
  • ANTITOXIN OF TOXIN-ANTITOXIN SYSTEM VAPB
  • TOXIN OF TOXIN-ANTITOXIN SYSTEM
キーワードANTITOXIN/TOXIN/DNA / ANTITOXIN-TOXIN-DNA COMPLEX / PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Antidote-toxin recognition MazE, bacterial antitoxin / SpoVT-AbrB domain profile. / SpoVT-AbrB domain / PIN domain / SpoVT-AbrB domain superfamily / VapC family / 5'-nuclease / Large family of predicted nucleotide-binding domains / PIN domain / PIN-like domain superfamily ...Antidote-toxin recognition MazE, bacterial antitoxin / SpoVT-AbrB domain profile. / SpoVT-AbrB domain / PIN domain / SpoVT-AbrB domain superfamily / VapC family / 5'-nuclease / Large family of predicted nucleotide-binding domains / PIN domain / PIN-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Ribonuclease VapC2 / Antitoxin VapB2
類似検索 - 構成要素
生物種RICKETTSIA FELIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mate, M.J. / Ortiz-Lombardia, M. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of the DNA-Bound Vapbc2 Antitoxin/Toxin Pair from Rickettsia Felis.
著者: Mate, M.J. / Vincentelli, R. / Foos, N. / Raoult, D. / Cambillau, C. / Ortiz-Lombardia, M.
履歴
登録2011年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Other
改定 1.22012年4月25日Group: Other
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "FA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TOXIN OF TOXIN-ANTITOXIN SYSTEM
B: TOXIN OF TOXIN-ANTITOXIN SYSTEM
C: TOXIN OF TOXIN-ANTITOXIN SYSTEM
D: TOXIN OF TOXIN-ANTITOXIN SYSTEM
E: ANTITOXIN OF TOXIN-ANTITOXIN SYSTEM VAPB
F: ANTITOXIN OF TOXIN-ANTITOXIN SYSTEM VAPB
G: ANTITOXIN OF TOXIN-ANTITOXIN SYSTEM VAPB
H: ANTITOXIN OF TOXIN-ANTITOXIN SYSTEM VAPB
X: DNA
Y: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,11414
ポリマ－113,33310
非ポリマー7814
水6,413356
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33740 Å2
ΔGint-151.7 kcal/mol
Surface area38650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.780, 92.333, 150.495
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
TOXIN OF TOXIN-ANTITOXIN SYSTEM / VAPC2


分子量: 15318.621 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RICKETTSIA FELIS (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4UNB2
#2: タンパク質
ANTITOXIN OF TOXIN-ANTITOXIN SYSTEM VAPB / VAPB2


分子量: 9023.481 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RICKETTSIA FELIS (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4UNB3

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#3: DNA鎖 DNA


分子量: 8022.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: VAPBC2 PROMOTOR FRAGMENT / 由来: (合成) RICKETTSIA FELIS (バクテリア)
#4: DNA鎖 DNA


分子量: 7942.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: VAPBC2 PROMOTOR FRAGMENT / 由来: (合成) RICKETTSIA FELIS (バクテリア)

-
非ポリマー , 2種, 360分子

#5: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 6 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 6 TO GLY ENGINEERED ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 6 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 6 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ASP 6 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ASP 6 TO GLY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 12% PEG4000, 4% PEG400, 100MM MES PH6.5

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンESRF ID23-110.9334
シンクロトロンESRF ID14-420.9334
検出器
タイプID検出器日付
ADSC CCD1CCD2009年2月26日
ADSC CCD2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2x-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.93341
20.93341
反射解像度: 2.5→47.29 Å / Num. obs: 39577 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 63.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.5精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.5→36.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9452 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU R Cruickshank DPI: 0.444 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.508 / SU Rfree Blow DPI: 0.246 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.243
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2172 1983 5.02 %RANDOM
Rwork0.1723 ---
obs0.1745 39514 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 67.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.894 Å20 Å20 Å2
2--8.9259 Å20 Å2
3----12.8199 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.337 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→36.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6258 1063 48 356 7725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017890HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2810863HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3172SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes192HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes952HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7890HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1028SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8702SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2447 135 4.66 %
Rwork0.2059 2761 -
all0.2077 2896 -
obs--99.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1652-0.09740.95042.672-0.60341.0071-0.035-0.3628-0.12690.36610.0710.4887-0.0454-0.1544-0.036-0.17120.00670.0814-0.12790.00560.1677-6.4547-13.1172-30.5356
22.91030.52311.38772.4362-1.10423.75930.1181-0.2401-0.5140.5357-0.2187-0.44060.120.33170.1006-0.10740.0335-0.0419-0.18220.11280.139213.7874-24.3416-21.1678
32.8508-0.8396-2.28192.25370.79593.59240.1709-0.5680.07190.17530.1075-0.2741-0.27440.2908-0.2784-0.1797-0.0475-0.0557-0.0476-0.00970.033449.325214.1867-19.6001
42.5585-0.5248-0.92642.85021.50443.8863-0.1988-0.0092-0.86850.2934-0.030.38110.6939-0.36030.2288-0.2349-0.06230.0368-0.2424-0.01110.271144.9532-8.3782-30.0395
53.83071.7233-0.34973.90690.31120.8898-0.07350.47770.0941-0.54950.14980.0678-0.14750.0274-0.0763-0.02790.0133-0.0181-0.04850.0067-0.05167.9193-2.6453-48
62.21161.11361.04211.97060.83841.31320.1253-0.4421-0.37010.3218-0.0949-0.05210.2294-0.1151-0.0304-0.04320.00250.0810.01820.1494-0.176117.4754-9.4554-11.0451
72.7416-0.0169-1.30510.15630.16532.33870.0231-0.7653-0.37730.2307-0.0134-0.15770.06480.2097-0.0098-0.04370.0075-0.03560.04790.0595-0.120138.0497.4934-9.1228
83.65621.29250.64071.49121.25850.45330.0650.2477-0.6031-0.27530.1074-0.2776-0.25420.1321-0.1724-0.0619-0.03030.0425-0.0789-0.07250.085421.2198-4.7255-46.2555
92.64840.42420.53161.83770.34847.3479-0.0131-0.010.0904-0.31920.3116-0.136-0.2901-0.327-0.2985-0.2428-0.0150.0272-0.2411-0.0108-0.232217.76539.5866-29.9591
103.60620.06480.65882.33980.87473.9422-0.0264-0.40910.04920.06380.2996-0.1735-0.1359-0.2437-0.2732-0.2572-0.00780.0195-0.2515-0.0518-0.270816.94489.9564-30.1238
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN B)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN C)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN D)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN E)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN F)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN G)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN H)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN X AND RESID 2:27)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN Y AND RESID 1:26)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る