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- PDB-3zuy: Crystal structure of a bacterial homologue of the bile acid sodiu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zuy
タイトルCrystal structure of a bacterial homologue of the bile acid sodium symporter ASBT.
要素Transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Na+/H+ antiporter like fold - #20 / Na+/H+ antiporter like fold / Bile acid:sodium symporter/arsenical resistance protein Acr3 / Bile acid:sodium symporter / Sodium Bile acid symporter family / Sodium/solute symporter superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / TAUROCHOLIC ACID / Transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hu, N.-J. / Iwata, S. / Cameron, A.D. / Drew, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of a Bacterial Homologue of the Bile Acid Sodium Symporter Asbt.
著者: Hu, N.-J. / Iwata, S. / Cameron, A.D. / Drew, D.
履歴
登録2011年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22023年5月31日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.selection_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,59412
ポリマ－33,9021
非ポリマー3,69211
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area13930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.350, 73.350, 162.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Transporter


分子量: 33901.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
株: MC58 / 遺伝子: NMB0705 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q9K0A9

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非ポリマー , 5種, 37分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-TCH / TAUROCHOLIC ACID / タウロコ-ル酸


分子量: 515.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H45NO7S
#4: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細LEU87CYS, ILE138THR, THR256ALA MUTATIONS OBSERVED PREVIOUSLY IN PDB ENTRY 3ZUX HAVE BEEN CORRECTED ...LEU87CYS, ILE138THR, THR256ALA MUTATIONS OBSERVED PREVIOUSLY IN PDB ENTRY 3ZUX HAVE BEEN CORRECTED IN THIS WILDTYPE STRUCTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.17 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.5
詳細: 50 MM SODIUM CITRATE PH 4.5, 70 MM NACL, AND 22-24% PEG400.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9778
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月28日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→24.4 Å / Num. obs: 22917 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 39.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZUX

3zux


解像度: 2.2→24.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=NA TCH LDA PTY. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2290. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=NA TCH LDA PTY. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2290. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=191. NUMBER TREATED BY BAD NON- BONDED CONTACTS=2.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2447 1158 5.05 %RANDOM
Rwork0.2116 ---
obs0.2132 22915 --
原子変位パラメータBiso mean: 64.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4113 Å20 Å20 Å2
2--2.4113 Å20 Å2
3----4.8226 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.385 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→24.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2264 0 193 26 2483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012508HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.043410HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d892SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes26HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes342HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2508HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.28
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.08
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion327SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3075SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2633 150 5.4 %
Rwork0.2233 2627 -
all0.2254 2777 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.3243 Å / Origin y: 69.599 Å / Origin z: 80.2044 Å
111213212223313233
T-0.2668 Å2-0.0241 Å20.0156 Å2-0.296 Å2-0.0173 Å2---0.2914 Å2
L2.8953 °20.2966 °20.0112 °2-1.0969 °20.342 °2--3.0232 °2
S-0.0375 Å °0.5461 Å °0.1327 Å °0.0035 Å °0.2568 Å °-0.0319 Å °-0.1032 Å °0.3481 Å °-0.2193 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|2-1320 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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