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万見
- PDB-3zua: A C39-like domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zua
タイトルA C39-like domain
要素ALPHA-HEMOLYSIN TRANSLOCATION ATP-BINDING PROTEIN HLYB
キーワードHYDROLASE / C39 PEPTIDASE-LIKE DOMAIN / ABC TRANSPORTER / HAEMOLYSIN / HETERONUCLEAR NMR
機能・相同性
機能・相同性情報


type I protein secretion system complex / protein secretion by the type I secretion system / ABC-type transporter activity / peptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ATPase, type I secretion system, HlyB / Peptidase C39-like A / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / Peptidase family C39 domain profile. / Cysteine proteinases / Type 1 protein exporter / Cathepsin B; Chain A / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain ...ATPase, type I secretion system, HlyB / Peptidase C39-like A / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / Peptidase family C39 domain profile. / Cysteine proteinases / Type 1 protein exporter / Cathepsin B; Chain A / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Alpha-Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein HlyB
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法溶液NMR / ARIA
データ登録者Lecher, J. / Schwarz, C.K.W. / Stoldt, M. / Smits, S.S.H. / Willbold, D. / Schmitt, L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: An Rtx Transporter Tethers its Unfolded Substrate During Secretion Via a Unique N-Terminal Domain.
著者: Lecher, J. / Schwarz, C.K.W. / Stoldt, M. / Smits, S.S.H. / Willbold, D. / Schmitt, L.
履歴
登録2011年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22012年10月10日Group: Database references
改定 1.32012年10月31日Group: Database references
改定 1.42012年11月7日Group: Structure summary
改定 2.02024年5月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-HEMOLYSIN TRANSLOCATION ATP-BINDING PROTEIN HLYB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1061
ポリマ－16,1061
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100MINIMAL ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 ALPHA-HEMOLYSIN TRANSLOCATION ATP-BINDING PROTEIN HLYB / CLD


分子量: 16106.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q47258, papain
配列の詳細AS A RESULT OF CLONING STRATEGY AND PROTEASE DIGESTION, THE SEQUENCE N-TERMINAL TO THE WT POSITION ...AS A RESULT OF CLONING STRATEGY AND PROTEASE DIGESTION, THE SEQUENCE N-TERMINAL TO THE WT POSITION 2 IS GAMANS.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY (ALIPHATIC
121AROMATIC
131AMID)
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY NOE DERIVED DISTANCE RESTRAINTS FROM (1H-1H-13C)-NOESY-HSQC ALIPHATIC & AROMATIC AND (1H-15N-1H)-HSQC-NOESY USING CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENTS DEPOSITED IN BMRB ENTRY 17403.

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試料調製

詳細内容: 93% H2O/7% D2O
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 6 / 圧: 1.0 atm / 温度: 303.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VNMRS / 製造業者: Varian / モデル: VNMRS / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS 1.21 WITH ARIA PATCHESPATCHESBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
DANGLE1.1構造決定
VnmrJ2.3A構造決定
ARIA2.3.1構造決定
Azara2.8構造決定
CcpNmr Analysis2.1構造決定
NMRPipe5.4.2010.250.17.50構造決定
TALOS+13.41構造決定
精密化手法: ARIA / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: MINIMAL ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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