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- PDB-3zu8: STRUCTURE OF CBM3B OF MAJOR SCAFFOLDIN SUBUNIT SCAA FROM ACETIVIB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zu8
タイトルSTRUCTURE OF CBM3B OF MAJOR SCAFFOLDIN SUBUNIT SCAA FROM ACETIVIBRIO CELLULOLYTICUS DETERMINED ON THE NIKEL ABSORPTION EDGE
要素CELLULOSOMAL SCAFFOLDIN
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CELLULOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Endoglucanase-like / CarboxypepD_reg-like domain / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Cellulose binding domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 ...Endoglucanase-like / CarboxypepD_reg-like domain / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Cellulose binding domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Endoglucanase
類似検索 - 構成要素
生物種ACETIVIBRIO CELLULOLYTICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Yaniv, O. / Halfon, Y. / Lamed, R. / Frolow, F.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Structure of Cbm3B of the Major Scaffoldin Subunit Scaa from Acetivibrio Cellulolyticus
著者: Yaniv, O. / Halfon, Y. / Shimon, L.J.W. / Bayer, E.A. / Lamed, R. / Frolow, F.
履歴
登録2011年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月11日Group: Other
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELLULOSOMAL SCAFFOLDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1875
ポリマ－16,7881
非ポリマー3994
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.263, 52.263, 192.938
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2021-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CELLULOSOMAL SCAFFOLDIN / FAMILY 3B CARBOHYDRATE BINDING MODULE


分子量: 16788.248 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 973-1121 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ACETIVIBRIO CELLULOLYTICUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q9RPL0

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非ポリマー , 5種, 178分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 1.9 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.5% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 400.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.48395
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月13日 / 詳細: BENT COLLIMATING MIRROR AND TOROID
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR. / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.48395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 15471 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 43.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 4.96 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXC D E位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.801→45.261 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.21 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: 27239 REFLECTIONS USED IN REFINEMENT USIN SEPARATED FRIEDEL PAIRS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1819 1360 5 %
Rwork0.154 --
obs0.1554 27239 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.117 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 11.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.262 Å20 Å20 Å2
2--2.262 Å20 Å2
3----4.5239 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→45.261 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1187 0 22 174 1383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071333
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1091826
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.209462
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091193
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004238
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8005-1.86490.221410.22012578X-RAY DIFFRACTION99
1.8649-1.93950.20141360.16082585X-RAY DIFFRACTION100
1.9395-2.02780.16991370.13732579X-RAY DIFFRACTION100
2.0278-2.13470.1571400.13392565X-RAY DIFFRACTION100
2.1347-2.26850.20251340.14692639X-RAY DIFFRACTION100
2.2685-2.44360.18951330.15132575X-RAY DIFFRACTION100
2.4436-2.68950.20851360.15822588X-RAY DIFFRACTION100
2.6895-3.07860.17791360.16462606X-RAY DIFFRACTION100
3.0786-3.87840.15071340.14432575X-RAY DIFFRACTION100
3.8784-45.27540.19261330.15542589X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8122-0.0618-0.27480.1382-0.08790.11890.11650.52360.1201-0.26940.07270.1776-0.0271-0.05980.05380.28710.015-0.04910.1647-0.01190.1602-16.937327.7094-5.0219
20.5578-0.34830.22260.4881-0.2180.17380.0130.0635-0.0202-0.09580.08730.07280.16750.07610.08030.1935-0.0004-0.00060.1203-0.01720.1211-14.65926.91175.5785
30.6531-0.24630.03810.9306-0.02760.7712-0.00930.0038-0.0238-0.07650.0227-0.04670.07560.10950.00050.1210.0175-0.00170.1038-0.0090.1111-14.405932.77787.7297
40.24110.02310.12330.12890.07990.09180.1108-0.04720.0824-0.103-0.07420.07950.04770.03810.01050.13960.0161-0.0060.1036-0.00880.1298-20.207136.3885-3.0785
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 1:12)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 13:37)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 38:137)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 138:153)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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