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- PDB-3zpd: Solution structure of the FimH adhesin carbohydrate-binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zpd
タイトルSolution structure of the FimH adhesin carbohydrate-binding domain
要素FIMH
キーワードCELL ADHESION / BACTERIAL ADHESIN / URINARY TRACT INFECTION / CARBOHYDRATE
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
FimH, mannose-binding domain / FimH, mannose binding / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法溶液NMR / RECOORD
データ登録者van Nuland, N.A.J. / Vanwetswinkel, S. / Vranken, W.F. / Buts, L.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Study of the Structural and Dynamic Effects in the Fimh Adhesin Upon Alpha-D-Heptyl Mannose Binding.
著者: Vanwetswinkel, S. / Volkov, A.N. / Sterckx, Y.G.J. / Garcia-Pino, A. / Buts, L. / Vranken, W.F. / Bouckaert, J. / Roy, R. / Wyns, L. / Van Nuland, N.A.J.
履歴
登録2013年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 2.02023年6月14日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIMH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9171
ポリマ－16,9171
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 50LOWEST OVERALL ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 FIMH


分子量: 16916.828 Da / 分子数: 1 / 断片: CARBOHYDRATE-BINDING DOMAIN, RESIDUES 10-167 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: J96 / プラスミド: PET24A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: A2IC68

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 93% H2O/7% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
161.0 atm298.0 K
261.0 atm298.0 K
361.0 atm298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian Direct DriveVarianDirect Drive6001
Varian Direct DriveVarianDirect Drive8002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
CcpNmr Analysis2.1構造決定
CINGANY構造決定
NMRPipeANY構造決定
CYANA1構造決定
DANGLE1.1構造決定
TALOS+ANY構造決定
CcpNmr AnalysisANY構造決定
NMRDrawANY構造決定
精密化手法: RECOORD / ソフトェア番号: 1 / 詳細: RECOORD PROTOCOL
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST OVERALL ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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