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- PDB-3zp8: HIGH-RESOLUTION FULL-LENGTH HAMMERHEAD RIBOZYME -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zp8
タイトルHIGH-RESOLUTION FULL-LENGTH HAMMERHEAD RIBOZYME
要素
  • HAMMERHEAD RIBOZYME, ENZYME STRAND
  • HAMMERHEAD RIBOZYME, SUBSTRATE STRAND
キーワードRNA / CATALYTIC RNA
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Anderson, M. / Schultz, E. / Martick, M. / Scott, W.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Active-Site Monovalent Cations Revealed in a 1.55 A Resolution Hammerhead Ribozyme Structure
著者: Anderson, M. / Schultz, E. / Martick, M. / Scott, W.G.
履歴
登録2013年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2013年3月6日ID: 3ZD3
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references
改定 1.22013年10月30日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HAMMERHEAD RIBOZYME, ENZYME STRAND
B: HAMMERHEAD RIBOZYME, SUBSTRATE STRAND
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,64318
ポリマ－20,2752
非ポリマー36816
水5,206289
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-149.9 kcal/mol
Surface area9810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.820, 68.530, 58.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.35, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1047-

NA

21A-2026-

HOH

31A-2040-

HOH

41A-2125-

HOH

51B-2012-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 HAMMERHEAD RIBOZYME, ENZYME STRAND


分子量: 13941.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#2: RNA鎖 HAMMERHEAD RIBOZYME, SUBSTRATE STRAND


分子量: 6333.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細O2'-METHYLYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE (OMC): OMC OR 2'-OMEC AT POSITION 6 OF CHAIN B

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 % / 解説: SAME CELL AND SPACEGROUP AS 2GOZ
結晶化詳細: 1.7M SODIUM MALONATE, PH 7.5 AND 1 MM MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→20.39 Å / Num. obs: 26462 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 24.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.55→1.63 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
iMOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GOZ

2goz
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.55→20.39 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2157 2002 7.6 %
Rwork0.1867 --
obs0.1889 26446 97.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.5 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→20.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1344 16 289 1649
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041501
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9452333
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.414746
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00863
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.58880.35151330.31771797X-RAY DIFFRACTION100
1.5888-1.63170.29741500.28221775X-RAY DIFFRACTION99
1.6317-1.67970.29131490.25491753X-RAY DIFFRACTION99
1.6797-1.73390.2831480.24081780X-RAY DIFFRACTION100
1.7339-1.79580.27371320.22351774X-RAY DIFFRACTION100
1.7958-1.86770.27351620.22741775X-RAY DIFFRACTION100
1.8677-1.95260.24841360.23031797X-RAY DIFFRACTION100
1.9526-2.05550.25431490.21941752X-RAY DIFFRACTION100
2.0555-2.18410.24581470.21811774X-RAY DIFFRACTION99
2.1841-2.35250.24851460.21071780X-RAY DIFFRACTION99
2.3525-2.58880.24461490.21041751X-RAY DIFFRACTION98
2.5888-2.96250.21731460.2031759X-RAY DIFFRACTION98
2.9625-3.72870.18141430.14361700X-RAY DIFFRACTION95
3.7287-20.39190.16051120.14611477X-RAY DIFFRACTION80
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.55893.2265-1.73238.158-5.25143.59130.1547-0.42780.0789-1.4030.23820.34181.62020.0085-0.38830.43160.0295-0.04050.34290.02970.1839-9.66318.322311.1163
21.00892.00922.45316.81147.03265.6705-0.0080.0161-0.4514-0.62920.4407-0.9951-0.35760.1767-0.44930.2428-0.02960.08910.1949-0.03720.316-11.60637.0209-8.8082
34.445-1.0146-0.9064.51932.93857.2762-0.1646-0.2022-0.0671-0.15330.2255-0.2982-0.67960.0287-0.02850.18020.0206-0.02810.19780.00030.0899-18.98019.6844-21.8264
45.7837-4.9699-2.4978.06511.86516.3432-0.2844-1.1341-0.31730.58020.21060.5471-0.5765-0.60020.19780.4081-0.01630.03850.4264-0.02320.1951-18.40715.42510.0882
56.1488-6.70117.70847.5386-8.05429.5640.0191-0.7192-0.5267-0.04730.44050.5001-0.3146-1.4248-0.48780.36370.114-0.06120.5064-0.08750.2448-23.602513.3748-9.7369
63.8332-0.45960.43544.4477-0.8280.1878-0.21220.24950.4594-0.35130.0654-0.2216-1.5225-1.26830.17460.54350.1768-0.09510.41860.00980.1993-24.771416.5656-25.3414
78.7637-4.4742-1.64417.4948-1.34611.54020.05650.3643-0.5882-0.29340.21160.37570.03510.3856-0.22820.2056-0.0074-0.02490.3301-0.03290.1159-32.77846.9324-32.8599
87.7436-4.34154.08192.4696-2.08132.3634-0.2629-0.41640.27410.18680.123-0.0495-0.02010.10510.19440.19970.0268-0.03070.3159-0.02040.1371-31.281512.1098-25.3204
94.26562.37033.49474.42984.04947.45330.0415-0.3701-0.03360.7931-0.0481-0.5409-0.2592-0.0024-0.180.35890.0152-0.050.19560.03750.2573-15.00722.2096-3.894
108.1564-3.1591-3.83937.39127.94378.84420.56-0.2079-0.3825-0.26720.2078-2.89230.46350.2495-0.5810.41220.06420.17770.2880.14840.8703-0.377421.77379.2951
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:4)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 5:14)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 15:25)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 26:30)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 31:34)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 35:38)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 39:43)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 1:7)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 8:15)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 16:20)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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