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- PDB-3zow: Crystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zow
タイトルCrystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552
要素CYTOCHROME C-552
キーワードELECTRON TRANSPORT / HEMEPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class ID / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c-552
類似検索 - 構成要素
生物種NITROSOMONAS EUROPAEA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Hersleth, H.-P. / Can, M. / Krucinska, J. / Zoppellaro, G. / Andersen, N.H. / Karlsen, S. / Wedekind, J.E. / Andersson, K.K. / Bren, K.L.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2013
タイトル: Structural Characterization of Nitrosomonas Europaea Cytochrome C-552 Variants with Marked Differences in Electronic Structure.
著者: Can, M. / Krucinska, J. / Zoppellaro, G. / Andersen, N.H. / Wedekind, J.E. / Hersleth, H.-P. / Andersson, K.K. / Bren, K.L.
履歴
登録2013年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C-552
B: CYTOCHROME C-552
C: CYTOCHROME C-552
D: CYTOCHROME C-552
E: CYTOCHROME C-552
F: CYTOCHROME C-552
G: CYTOCHROME C-552
H: CYTOCHROME C-552
I: CYTOCHROME C-552
J: CYTOCHROME C-552
K: CYTOCHROME C-552
L: CYTOCHROME C-552
M: CYTOCHROME C-552
N: CYTOCHROME C-552
O: CYTOCHROME C-552
P: CYTOCHROME C-552
Q: CYTOCHROME C-552
R: CYTOCHROME C-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,98436
ポリマ－152,85118
非ポリマー11,13318
水3,891216
1
A: CYTOCHROME C-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1102
ポリマ－8,4921
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CYTOCHROME C-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1102
ポリマ－8,4921
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: CYTOCHROME C-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1102
ポリマ－8,4921
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: CYTOCHROME C-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1102
ポリマ－8,4921
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: CYTOCHROME C-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1102
ポリマ－8,4921
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: CYTOCHROME C-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1102
ポリマ－8,4921
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: CYTOCHROME C-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1102
ポリマ－8,4921
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: CYTOCHROME C-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1102
ポリマ－8,4921
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: CYTOCHROME C-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1102
ポリマ－8,4921
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: CYTOCHROME C-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1102
ポリマ－8,4921
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
K: CYTOCHROME C-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1102
ポリマ－8,4921
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
12
L: CYTOCHROME C-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1102
ポリマ－8,4921
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
13
M: CYTOCHROME C-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1102
ポリマ－8,4921
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
14
N: CYTOCHROME C-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1102
ポリマ－8,4921
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
15
O: CYTOCHROME C-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1102
ポリマ－8,4921
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
16
P: CYTOCHROME C-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1102
ポリマ－8,4921
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
17
Q: CYTOCHROME C-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1102
ポリマ－8,4921
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
18
R: CYTOCHROME C-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1102
ポリマ－8,4921
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.450, 137.930, 204.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
CYTOCHROME C-552 / CYTOCHROME C-551 / CYTOCHROME C552


分子量: 8491.702 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) NITROSOMONAS EUROPAEA (バクテリア)
参照: UniProt: P95339, nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8496
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8496 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→38.8 Å / Num. obs: 68939 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZOX

3zox


解像度: 2.35→35.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 13.213 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.382 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. IT IS COMMON IN PUBLICATIONS ETC. TO START THE NUMBERING OF THE CYTOCHROME C552 ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. IT IS COMMON IN PUBLICATIONS ETC. TO START THE NUMBERING OF THE CYTOCHROME C552 NITROSOMONAS EUROPAEA WITH THE FIRST RESIDUE IN THE SEQUENCE BEING NUMBERED AS RESIDUE 3. SINGLE-CRYSTAL UV-VIS SPECTRA HAVE BEEN RECORDED BEFORE AND AFTER EXPOSURE TO X-RAYS SHOWING THE RADIATION-INFLUENCE OF THE FERRIC CYTOCHROME C552 CRYSTALS SEE JRNL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25765 3487 5.1 %RANDOM
Rwork0.20115 ---
obs0.20406 65371 96.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.493 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å20 Å2
2---1.05 Å20 Å2
3---0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→35.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10640 0 774 216 11630
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0211728
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9112.06316190
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.17851433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.35927.594374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.986151841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.21738
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218804
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0082.6375783
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.233.9387199
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1752.7685945
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 225 -
Rwork0.289 4173 -
obs--85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5176-0.15020.23281.149-0.26121.1553-0.016-0.00110.00750.08510.0610.02130.01830.0139-0.04490.0212-0.0012-0.00360.0443-0.00520.0485-3.139-25.2914.091
20.8545-0.4607-0.08380.45560.11.45240.0041-0.00820.0045-0.00130.0408-0.03920.01630.0008-0.0450.0152-0.001-0.00310.04290.00050.0752-26.002-26.13997.112
31.2436-0.06750.53191.1836-0.00521.24240.0002-0.02110.0042-0.0129-0.03340.0869-0.0564-0.08320.03320.0277-0.0035-0.02160.02250.00350.0889-17.849-56.54291.572
41.2676-0.2352-0.56650.775-0.04361.1054-0.0176-0.0318-0.06350.0719-0.059-0.02520.08170.03910.07660.06160.0136-0.01010.05160.00980.0274-44.935-40.04615.695
51.8272-0.0465-0.00221.5544-0.41270.9001-0.04270.03240.01630.02290.0374-0.0897-0.0076-0.01250.00530.00920.0091-0.02010.02810.0020.0915-31.196-16.1269.284
62.127-0.86512.86282.33460.17035.2138-0.21840.31710.3450.1468-0.1299-0.0620.06810.43390.34830.2474-0.0556-0.14910.1580.0720.1249-39.016-33.92544.717
71.2353-1.05780.92382.5365-0.35522.18010.0377-0.00740.08210.0727-0.0176-0.2444-0.0586-0.0114-0.020.03280.003-0.0340.0186-0.02360.0939-12.68-58.03913.146
81.7802-0.2935-0.1931.2838-0.2430.7417-0.02540.0028-0.0081-0.01380.03280.1214-0.0134-0.0158-0.00750.0217-0.0072-0.04180.02960.01060.092.942-17.82490.102
91.91820.13990.20551.1903-0.00261.49490.02380.1322-0.10450.0179-0.04580.10160.07260.00360.0220.02550.0064-0.01840.0158-0.01820.07930.391-0.1893.89
102.8617-1.43161.49073.4866-1.36941.28960.36870.0966-0.242-0.4599-0.25080.12850.32890.0403-0.11780.15920.0496-0.07330.0378-0.02780.0479-28.024-54.46669.852
111.31710.0917-0.07431.65470.41451.91510.00630.0168-0.1289-0.0716-0.00530.06470.0484-0.0377-0.0010.0194-0.0159-0.01790.033-0.01370.0733-43.25-43.17688.183
121.17650.1672-0.08962.68710.11231.25440.02450.0530.0531-0.1347-0.0865-0.1489-0.0242-0.04830.06190.0529-0.013-0.03190.03660.0370.0611-37.545-12.8378.055
131.7197-0.95990.58673.42250.9932.90870.12730.0972-0.00820.1716-0.13480.02520.1535-0.28340.00760.0723-0.0142-0.01910.09460.00540.0098-50.014-33.50465.629
141.13750.2146-0.35533.2856-1.17441.62330.07510.00850.18520.1980.0398-0.0634-0.08850.0406-0.11480.0779-0.014-0.01080.0191-0.00870.0526-49.516-11.52926.508
151.4215-0.04690.59982.0808-1.20412.6258-0.0002-0.18010.04590.28550.06520.0858-0.2691-0.2948-0.0650.07450.02120.01560.1378-0.03190.0172-8.795-22.72133.82
163.7448-4.49151.97129.8803-3.68071.61240.42960.67420.0014-0.2778-0.394-0.210.60840.2773-0.03571.16050.2105-0.23860.1721-0.04090.0593-33.088-56.08646.555
171.79710.3174-0.07163.42320.00370.87230.063-0.1831-0.0599-0.007-0.10620.00770.1838-0.07450.04320.1173-0.0791-0.01760.07310.01970.01180.5-43.67234.629
181.02560.9955-0.92384.79452.17483.426-0.148-0.12680.1317-0.43750.21820.2083-0.09190.5369-0.07020.04760.0114-0.02540.227-0.0240.0208-20.325-29.87267.871
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C1 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 81
3X-RAY DIFFRACTION3A1 - 81
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 81
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 81
6X-RAY DIFFRACTION6Q1 - 81
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 81
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 81
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 81
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 81
11X-RAY DIFFRACTION11K1 - 81
12X-RAY DIFFRACTION12L1 - 81
13X-RAY DIFFRACTION13P10 - 81
14X-RAY DIFFRACTION14N1 - 81
15X-RAY DIFFRACTION15M1 - 81
16X-RAY DIFFRACTION16R1 - 81
17X-RAY DIFFRACTION17O1 - 81
18X-RAY DIFFRACTION18F1 - 81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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