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- PDB-3zo9: The structure of Trehalose Synthase (TreS) of Mycobacterium smegmatis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zo9
タイトルThe structure of Trehalose Synthase (TreS) of Mycobacterium smegmatis
要素TREHALOSE SYNTHASE/AMYLASE TRES
キーワードHYDROLASE / GLYCOHYDROLASE / DRUG DESIGN / TUBERCULOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


trehalose metabolic process / maltose alpha-D-glucosyltransferase / maltose alpha-D-glucosyltransferase activity / maltose metabolic process / alpha-amylase / glycogen biosynthetic process / alpha-amylase activity / glycogen metabolic process / polysaccharide catabolic process / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Trehalose synthase/alpha-amylase, N-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal domain / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II ...Trehalose synthase/alpha-amylase, N-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal domain / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Trehalose synthase/amylase TreS
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Caner, S. / Nguyen, N. / Aguda, A. / Zhang, R. / Pan, Y.T. / Withers, S.G. / Brayer, G.D.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2013
タイトル: The Structure of the Mycobacterium Smegmatis Trehalose Synthase Reveals an Unusual Active Site Configuration and Acarbose-Binding Mode.
著者: Caner, S. / Nguyen, N. / Aguda, A. / Zhang, R. / Pan, Y.T. / Withers, S.G. / Brayer, G.D.
履歴
登録2013年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TREHALOSE SYNTHASE/AMYLASE TRES
B: TREHALOSE SYNTHASE/AMYLASE TRES
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,92113
ポリマ－136,5442
非ポリマー37711
水18,9701053
1
A: TREHALOSE SYNTHASE/AMYLASE TRES
B: TREHALOSE SYNTHASE/AMYLASE TRES
ヘテロ分子

A: TREHALOSE SYNTHASE/AMYLASE TRES
B: TREHALOSE SYNTHASE/AMYLASE TRES
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,84226
ポリマ－273,0894
非ポリマー75422
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y,z1
Buried area10530 Å2
ΔGint-267.7 kcal/mol
Surface area78190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.550, 127.550, 217.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9758, 0.2179, 0.0196), (0.2179, 0.976, -0.0005), (-0.0192, 0.0038, -0.9998)
ベクター: -26.7093, -17.8822, -51.2172)

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要素

#1: タンパク質 TREHALOSE SYNTHASE/AMYLASE TRES / MALTOSE ALPHA-D-GLUCOSYLTRANSFERASE / MTASE


分子量: 68272.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア)
参照: UniProt: A0R6E0, alpha-amylase, maltose alpha-D-glucosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1053 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M SODIUM CACODYLATE BUFFER PH 6.5, 0.2 M MGCL2, 10% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→35 Å / Num. obs: 139127 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 27.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.84→1.89 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 3.05 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZE0

2ze0


解像度: 1.84→34.918 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1954 3479 2.5 %
Rwork0.163 --
obs0.1638 139122 92.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→34.918 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9157 0 11 1053 10221
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079504
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10512974
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7263479
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081335
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061725
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.84-1.86520.24911450.21215626X-RAY DIFFRACTION96
1.8652-1.89180.26881430.20785592X-RAY DIFFRACTION96
1.8918-1.920.2431440.20385620X-RAY DIFFRACTION96
1.92-1.950.21971450.19445632X-RAY DIFFRACTION96
1.95-1.9820.2471430.19615588X-RAY DIFFRACTION96
1.982-2.01620.23821430.19745570X-RAY DIFFRACTION96
2.0162-2.05280.24851440.19015621X-RAY DIFFRACTION96
2.0528-2.09230.21551410.18465527X-RAY DIFFRACTION95
2.0923-2.1350.24291420.18595537X-RAY DIFFRACTION95
2.135-2.18140.21651410.18885475X-RAY DIFFRACTION93
2.1814-2.23220.22741410.18415517X-RAY DIFFRACTION94
2.2322-2.2880.21721400.17515458X-RAY DIFFRACTION94
2.288-2.34980.23481400.18145467X-RAY DIFFRACTION93
2.3498-2.4190.24441390.17735410X-RAY DIFFRACTION93
2.419-2.4970.21261400.17515445X-RAY DIFFRACTION93
2.497-2.58620.23711380.17325393X-RAY DIFFRACTION93
2.5862-2.68980.18261390.1715416X-RAY DIFFRACTION92
2.6898-2.81210.19361340.17035238X-RAY DIFFRACTION90
2.8121-2.96030.21431360.16735296X-RAY DIFFRACTION91
2.9603-3.14570.21091370.17215331X-RAY DIFFRACTION91
3.1457-3.38840.19711340.1635243X-RAY DIFFRACTION90
3.3884-3.7290.17991340.14865201X-RAY DIFFRACTION89
3.729-4.26780.16031300.13315103X-RAY DIFFRACTION87
4.2678-5.37380.1421330.12795187X-RAY DIFFRACTION89
5.3738-34.92450.16631330.15545150X-RAY DIFFRACTION87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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