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- PDB-3zns: HDAC7 bound with TFMO inhibitor tmp942 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zns
タイトルHDAC7 bound with TFMO inhibitor tmp942
要素HISTONE DEACETYLASE 7
キーワードHYDROLASE / ZBG / MBG
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mRNA processing / protein deacetylation / histone deacetylase / protein lysine deacetylase activity / SUMO transferase activity / cell-cell junction assembly / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / negative regulation of interleukin-2 production / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis ...regulation of mRNA processing / protein deacetylation / histone deacetylase / protein lysine deacetylase activity / SUMO transferase activity / cell-cell junction assembly / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / negative regulation of interleukin-2 production / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / histone deacetylase activity / Notch-HLH transcription pathway / histone deacetylase complex / protein sumoylation / negative regulation of osteoblast differentiation / vasculogenesis / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / 14-3-3 protein binding / Regulation of PTEN gene transcription / protein kinase C binding / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / transcription corepressor activity / DNA-binding transcription factor binding / chromatin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-NU7 / Histone deacetylase 7
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Lobera, M. / Madauss, K.P. / Pohlhaus, D.T. / Trump, R.P. / Nolan, M.A.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Selective Class Iia Histone Deacetylase Inhibition Via a Non-Chelating Zinc Binding Group
著者: Lobera, M. / Madauss, K.P. / Pohlhaus, D.T. / Wright, Q.G. / Trocha, M. / Schmidt, D.R. / Baloglu, E. / Trump, R.P. / Head, M.S. / Hofmann, G.A. / Murray-Thompson, M. / Schwartz, B. / ...著者: Lobera, M. / Madauss, K.P. / Pohlhaus, D.T. / Wright, Q.G. / Trocha, M. / Schmidt, D.R. / Baloglu, E. / Trump, R.P. / Head, M.S. / Hofmann, G.A. / Murray-Thompson, M. / Schwartz, B. / Chakravorty, S. / Wu, Z. / Mander, P.K. / Kruidenier, L. / Reid, R.A. / Burkhart, W. / Turunen, B.J. / Rong, J.X. / Wagner, C. / Moyer, M.B. / Wells, C. / Hong, X. / Moore, J.T. / Williams, J.D. / Soler, D. / Ghosh, S. / Nolan, M.A.
履歴
登録2013年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月3日Group: Database references
改定 1.22013年5月1日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISTONE DEACETYLASE 7
B: HISTONE DEACETYLASE 7
C: HISTONE DEACETYLASE 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,76518
ポリマ－136,5553
非ポリマー2,21015
水2,396133
1
A: HISTONE DEACETYLASE 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2556
ポリマ－45,5181
非ポリマー7375
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: HISTONE DEACETYLASE 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2556
ポリマ－45,5181
非ポリマー7375
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: HISTONE DEACETYLASE 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2556
ポリマ－45,5181
非ポリマー7375
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.570, 81.570, 150.101
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 HISTONE DEACETYLASE 7 / HDAC7 / HD7 / HISTONE DEACETYLASE 7A / HD7A


分子量: 45518.340 Da / 分子数: 3 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: INHIBITOR / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WUI4, histone deacetylase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-NU7 / N-{[1-methyl-4-(4-phenyl-1,3-thiazol-2-yl)piperidin-4-yl]methyl}-3-[5-(trifluoromethyl)-1,2,4-oxadiazol-3-yl]benzamide / N-[1-メチル-4-(4-フェニル-2-チアゾリル)ピペリジン-4-イルメチル]-3-[5-(トリフルオロメチル)-(以下略)


分子量: 527.561 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H24F3N5O2S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.74 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.4 / 詳細: 10% PEG 3350, 3% ISOPROPANAL, HEPES PH7.5, pH 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97
検出器タイプ: MARRESEARCH MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 38814 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 30.3
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0053精密化
HKLデータ削減
HKLデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→70.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 20.711 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.649 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22496 2054 5 %RANDOM
Rwork0.18619 ---
obs0.18814 38814 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.288 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.16 Å21.08 Å20 Å2
2--2.16 Å20 Å2
3----3.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→70.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8345 0 123 133 8601
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0218669
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025693
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9641.94911785
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.801313813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.25351101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.06623.789388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.883151290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6771552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.21263
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0219915
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021804
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2081.55463
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0321.52275
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.39528675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.57433206
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9524.53110
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.452→2.516 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 163 -
Rwork0.237 2861 -
obs--99.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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