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- PDB-3zkb: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ATPASE REGION OF Mycobacterium tuberculo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zkb
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE ATPASE REGION OF Mycobacterium tuberculosis GyrB WITH AMPPNP
要素DNA GYRASE SUBUNIT B
キーワードISOMERASE / TYPE IIA TOPOISOMERASE / GHKL DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding ...DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. ...DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / DNA gyrase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Agrawal, A. / Roue, M. / Spitzfaden, C. / Petrella, S. / Aubry, A. / Volker, C. / Mossakowska, D. / Hann, M. / Bax, B. / Mayer, C.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Mycobacterium Tuberculosis DNA Gyrase ATPase Domain Structures Suggest a Dissociative Mechanism that Explains How ATP Hydrolysis is Coupled to Domain Motion.
著者: Agrawal, A. / Roue, M. / Spitzfaden, C. / Petrella, S. / Aubry, A. / Hann, M.M. / Bax, B. / Mayer, C.
履歴
登録2013年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA GYRASE SUBUNIT B
B: DNA GYRASE SUBUNIT B
C: DNA GYRASE SUBUNIT B
D: DNA GYRASE SUBUNIT B
E: DNA GYRASE SUBUNIT B
F: DNA GYRASE SUBUNIT B
G: DNA GYRASE SUBUNIT B
H: DNA GYRASE SUBUNIT B
I: DNA GYRASE SUBUNIT B
J: DNA GYRASE SUBUNIT B
K: DNA GYRASE SUBUNIT B
L: DNA GYRASE SUBUNIT B
M: DNA GYRASE SUBUNIT B
N: DNA GYRASE SUBUNIT B
O: DNA GYRASE SUBUNIT B
P: DNA GYRASE SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)757,48552
ポリマ－748,90016
非ポリマー8,58536
水7,909439
1
C: DNA GYRASE SUBUNIT B
D: DNA GYRASE SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7228
ポリマ－93,6122
非ポリマー1,1106
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7360 Å2
ΔGint-57.7 kcal/mol
Surface area31170 Å2
手法PISA
2
O: DNA GYRASE SUBUNIT B
P: DNA GYRASE SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6736
ポリマ－93,6122
非ポリマー1,0614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6850 Å2
ΔGint-46.3 kcal/mol
Surface area30080 Å2
手法PISA
3
K: DNA GYRASE SUBUNIT B
L: DNA GYRASE SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6736
ポリマ－93,6122
非ポリマー1,0614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6770 Å2
ΔGint-44.7 kcal/mol
Surface area30560 Å2
手法PISA
4
E: DNA GYRASE SUBUNIT B
F: DNA GYRASE SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6736
ポリマ－93,6122
非ポリマー1,0614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7140 Å2
ΔGint-41.3 kcal/mol
Surface area30580 Å2
手法PISA
5
A: DNA GYRASE SUBUNIT B
B: DNA GYRASE SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6987
ポリマ－93,6122
非ポリマー1,0855
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7010 Å2
ΔGint-48.2 kcal/mol
Surface area29840 Å2
手法PISA
6
G: DNA GYRASE SUBUNIT B
H: DNA GYRASE SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6987
ポリマ－93,6122
非ポリマー1,0855
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6910 Å2
ΔGint-47.5 kcal/mol
Surface area29410 Å2
手法PISA
7
I: DNA GYRASE SUBUNIT B
J: DNA GYRASE SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6736
ポリマ－93,6122
非ポリマー1,0614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6700 Å2
ΔGint-40.3 kcal/mol
Surface area30180 Å2
手法PISA
8
M: DNA GYRASE SUBUNIT B
N: DNA GYRASE SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6736
ポリマ－93,6122
非ポリマー1,0614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6960 Å2
ΔGint-37.4 kcal/mol
Surface area30270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.360, 138.200, 147.690
Angle α, β, γ (deg.)105.28, 92.31, 107.23
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
DNA GYRASE SUBUNIT B


分子量: 46806.246 Da / 分子数: 16 / 断片: N-TERMINAL ATPASE REGION, RESIDUES 40-466 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: AMPPNP IN IMINO FORM
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: I6WX66, UniProt: P9WG45*PLUS, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細AMPPNP IN IMINO FORM. THIS IS THE IMINO FORM OF AMPPNP.
配列の詳細NOTE - WE USED NEW CONSENSUS START SITE (A VALINE) WHICH IS RESIDUE 40 IN THIS ENTRY.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97855
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97855 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→25 Å / Num. obs: 159199 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.91 % / Biso Wilson estimate: 76.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→24.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9171 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8866 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.361
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MG. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=46932. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MG. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=46932. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=20.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2397 7966 5.01 %RANDOM
Rwork0.1816 ---
obs0.1845 159159 98.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 99.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.3126 Å2-17.1504 Å25.0372 Å2
2--25.6843 Å2-4.7362 Å2
3----20.3718 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.518 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→24.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数45997 0 516 439 46952
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00947395HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.164483HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d16027SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes1172HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes6985HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it47395HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd4SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.33
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.61
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion6344SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact54835SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3097 564 4.89 %
Rwork0.2392 10968 -
all0.2426 11532 -
obs--98.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1828-0.66960.14135.3968-1.03561.73520.0301-0.02870.1365-0.3649-0.1588-0.35710.11790.13360.1287-0.13570.1304-0.0264-0.17680.0146-0.358-19.50058.552-39.3635
21.39970.2847-0.12193.11820.03970.9045-0.0845-0.2144-0.1051-0.0722-0.0308-0.35580.0447-0.04870.1153-0.23860.1083-0.0569-0.1604-0.011-0.1171-18.6087-13.31631.1052
31.2298-0.64320.07012.9767-0.74191.43740.0279-0.10660.24290.4910.15050.0023-0.31040.0117-0.1784-0.15490.04250.0135-0.3269-0.05760.0439-36.401159.600324.818
42.20340.10140.06732.0537-0.2941.8737-0.1395-0.01730.2716-0.1790.01520.04610.23290.12230.1243-0.40280.11660.0394-0.1813-0.0998-0.0159-64.222-16.2894-6.7262
50.9678-0.2749-0.14583.07031.12712.72850.032-0.1445-0.19770.44580.02810.0970.5145-0.2596-0.0602-0.0743-0.2093-0.3272-0.11010.168-0.3253-60.58934.5995-77.1973
60.8002-1.5889-0.14254.57791.23290.9208-0.01470.00590.13360.0553-0.0593-0.3964-0.0653-0.17040.074-0.09780.15680.1656-0.32310.0744-0.0405-45.758678.7737-45.1336
70.4027-0.2934-0.18481.5964-0.41642.2350.13220.0137-0.0329-0.1469-0.3191-0.117-0.28090.12780.1869-0.37770.02560.1812-0.1119-0.31720.2078-88.032955.2832-47.9142
82.1225-0.6627-0.78751.5454-0.240.9691-0.0168-0.0752-0.95110.1658-0.50830.2237-0.29490.21290.5251-0.4659-0.1489-0.2301-0.4540.07770.2576-80.493336.194323.2904
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 12-602 AND CHAIN B AND RESID 12-602
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN C AND RESID 12-602 AND CHAIN D AND RESID 12-602
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN E AND RESID 12-602 AND CHAIN F AND RESID 12-602
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN G AND RESID 12-602 AND CHAIN H AND RESID 12-602
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN I AND RESID 12-602 AND CHAIN J AND RESID 12-602
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN K AND RESID 12-602 AND CHAIN L AND RESID 12-602
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN M AND RESID 12-602 AND CHAIN N AND RESID 12-602
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN O AND RESID 12-602 AND CHAIN P AND RESID 12-602

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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