PDB-3zhu: Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis K...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zhu

タイトル

Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis KGD, second post-decarboxylation intermediate from 2-oxoadipate

要素

MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

キーワード

OXIDOREDUCTASE / E1O

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxy-3-oxoadipate synthase / 2-oxoglutarate decarboxylase / 2-oxoglutarate decarboxylase activity / 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase activity / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / thiamine pyrophosphate binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Wagner, T. / Barilone, N. / Bellinzoni, M. / Alzari, P.M.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014
タイトル: A Dual Conformation of the Post-Decarboxylation Intermediate is Associated with Distinct Enzyme States in Mycobacterial Alpha-Ketoglutarate Decarboxylase (Kgd).
著者: Wagner, T. / Barilone, N. / Alzari, P.M. / Bellinzoni, M.

履歴

登録	2012年12月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zhu.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zhu.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zhu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zhu_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zhu_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	3zhu_validation.xml.gz	120 KB	表示
CIF形式データ	3zhu_validation.cif.gz	170.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/3zhu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/3zhu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zhqC 3zhrC 3zhsC 3zhtC 3zhvC 2yidS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2yid-1 2yid-2 6r2d-1 3zhs-2 6r29-d 2xta-2 3zht-1 2y0p-2 6r2d-2 3zhr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (17) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (9) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

B: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

C: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

D: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

ヘテロ分子

391 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

D: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
196 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

B: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
196 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.783, 82.286, 163.039
Angle α, β, γ (deg.)	99.19, 99.10, 100.71
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.257, 0.1378, 0.9565), (0.135, -0.9749, 0.1768), (0.9569, 0.1746, 0.2319)	-0.1642, -0.1244, 0.2798
2	given	(0.1962, 0.2198, -0.9556), (0.2292, -0.9578, -0.1733), (-0.9534, -0.185, -0.2384)	-77.5477, 12.4499, 3.4088
3	given	(-0.9312, -0.3646, -0.0054), (-0.3646, 0.9312, -0.0045), (0.0067, -0.0022, -1)	24.6803, -22.3424, -71.096

#1: タンパク質	MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME / 2-HYDROXY-3-OXOADIPATE SYNTHASE / HOA SYNTHASE / HOAS / 2-OXOGLUTARATE CARBOXY-LYASE / 2- ...2-HYDROXY-3-OXOADIPATE SYNTHASE / HOA SYNTHASE / HOAS / 2-OXOGLUTARATE CARBOXY-LYASE / 2-OXOGLUTARATE DECARBOXYLASE / ALPHA-KETOGLUTARATE DECARBOXYLASE / KG DECARBOXYLASE / KGD / ALPHA-KETOGLUTARATE-GLYOXYLATE CARBOLIGASE / 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT / ODH E1 COMPONENT / ALPHA-KETOGLUTARATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT / KDH E1 COMPONENT / DIHYDROLIPOYLLYSINE-RESIDUE SUCCINYLTRANSFERASE COMPONENT OF 2-OXOGL 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE COMPLEX E2 COMPONENT / ODH E2 COMPONENT / OGDC-E2 / DIHYDROLIPOAMIDE SUCCINYLTRANSFERASE 分子量: 97166.648 Da / 分子数: 4 / 断片: SUCA-LIKE CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) 株: MC2_155 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS 参照: UniProt: A0R2B1, 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase, 2-oxoglutarate decarboxylase, oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring), dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-TD8 / (5R)-5-{3-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-5-(2-{[(phosphonatooxy)phosphinato]oxy}ethyl)-1,3-thiazol-3-ium-2-yl}-5-hydroxypentanoate 分子量: 541.430 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₇N₄O₁₀P₂S
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 934 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	N-TER FIRST GLYCINE RESIDUE IS A PURIFICATION TAG LEFTOVER (TEV CLEAVAGE SITE)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.2 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: 59% MPD, 22.5 MM NA ACETATE PH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月5日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) CHANNEL-CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→41.85 Å / Num. obs: 169497 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 39.96 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.2	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YID

2yid

解像度: 2.3→40.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9192 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8925 / SU R Cruickshank DPI: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.293 / SU R_free Blow DPI: 0.211 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.218
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MG CA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=27172. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2349	8505	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1999	-	-	-
obs	0.2017	169477	96.68 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9527 Å²	-0.024 Å²	1.8267 Å²
2-	-	1.9189 Å²	0.0475 Å²
3-	-	-	-2.8717 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.287 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26090	0	144	934	27168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	26767	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.04	36309	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		12378	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		695	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		3955	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		26767	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		4	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.12
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.73
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		3457	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		32813	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	597	5.02 %
R_work	0.1995	11303	-
all	0.2013	11900	-
obs	-	-	96.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6921	-0.0129	0.2279	1.233	0.1216	0.2399	0.0827	0.1447	-0.049	-0.2777	-0.0758	0.0109	0.1661	0.0908	-0.0069	0.1578	0.1479	-0.0491	-0.1252	-0.0569	-0.2294	1.6854	-17.6457	-18.4277
2	0.5297	0.0022	0.0682	0.9077	-0.1602	0.5377	0.0249	0.0295	0.1879	0.0672	-0.0446	-0.2851	-0.0219	0.1762	0.0197	-0.0774	0.069	-0.0229	-0.1014	-0.0225	-0.0434	19.7758	17.491	4.5271
3	0.3507	-0.3088	0.1537	1.2825	-0.0956	0.7969	0.0209	0.021	0.0335	-0.0849	-0.0179	0.2175	0.0137	-0.0672	-0.003	0.0263	0.0944	-0.0717	-0.1433	-0.0202	-0.1215	-20.7096	14.2174	-5.1325
4	0.3765	0.0104	0.1404	0.8412	-0.0709	0.6085	0.0194	-0.0337	-0.0178	0.1037	-0.0191	-0.0245	0.1018	0.0715	-0.0003	0.1688	0.1285	-0.0513	-0.1283	-0.0266	-0.2082	1.2006	-13.1925	23.2376
5	0.2602	-0.1704	0.1313	1.2793	0.1624	0.7734	-0.037	-0.027	0.1158	0.0609	0.019	-0.1384	-0.0193	0.088	0.018	0.0273	0.0458	-0.0747	-0.1435	-0.0358	-0.1166	29.0902	50.4695	-65.4471
6	0.3965	-0.1369	-0.0052	0.7954	0.1807	0.7426	0.0198	0.0843	-0.0179	-0.1451	-0.0492	0.0501	0.1034	0.0018	0.0294	0.1631	0.0637	-0.0556	-0.159	-0.013	-0.2021	19.1322	16.611	-94.2367
7	0.5662	-0.2067	0.1357	1.0009	-0.0585	0.0949	-0.0348	-0.1048	-0.0405	0.2968	0.002	0.0396	0.1256	-0.0407	0.0328	0.1359	0.0702	-0.0189	-0.1263	0.0037	-0.1958	20.0981	12.6379	-52.5991
8	0.6094	-0.2523	-0.078	1.1558	0.1893	0.5644	-0.0163	0.0152	0.0021	-0.085	-0.0589	0.4222	-0.0392	-0.1611	0.0752	-0.1065	0.0392	-0.0346	-0.1329	-0.0469	-0.0045	-9.4366	38.1244	-75.7422

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|361 - A\|810 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|815 - A\|1227 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ B\|365 - B\|810 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|811 - B\|1227 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ C\|364 - C\|810 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ C\|811 - C\|1227 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ D\|361 - D\|810 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ D\|811 - D\|1227 }

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関連情報:EMDBヘッダ

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