PDB-3zhq: Crystal structure of the H747A mutant of the SucA domain of Mycob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zhq

タイトル

Crystal structure of the H747A mutant of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis KGD

要素

MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

キーワード

OXIDOREDUCTASE / E1O / THIAMINE DIPHOSPHATE

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxy-3-oxoadipate synthase / 2-oxoglutarate decarboxylase / 2-oxoglutarate decarboxylase activity / 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase activity / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / thiamine pyrophosphate binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Wagner, T. / Barilone, N. / Bellinzoni, M. / Alzari, P.M.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014
タイトル: A Dual Conformation of the Post-Decarboxylation Intermediate is Associated with Distinct Enzyme States in Mycobacterial Alpha-Ketoglutarate Decarboxylase (Kgd).
著者: Wagner, T. / Barilone, N. / Alzari, P.M. / Bellinzoni, M.

履歴

登録	2012年12月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月22日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zhq.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zhq.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zhq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zhq_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zhq_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	3zhq_validation.xml.gz	110.8 KB	表示
CIF形式データ	3zhq_validation.cif.gz	156.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/3zhq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/3zhq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zhrC 3zhsC 3zhtC 3zhuC 3zhvC 2yicS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2yic-2 6r2d-1 3zhs-2 3zhu-2 3zht-2 6r2d-2 2xta-2 3zhr-1 3zhv-1 3zhs-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (17) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (10) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

B: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

C: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

D: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

ヘテロ分子

390 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

B: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
195 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

D: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
195 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.675, 83.737, 159.577
Angle α, β, γ (deg.)	99.86, 98.95, 100.44
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.187, 0.0616, 0.9804), (0.0623, -0.9953, 0.0744), (0.9804, 0.075, 0.1822)	45.547, 4.2491, -38.0905
2	given	(-0.9354, -0.3533, -0.011), (-0.3533, 0.9355, -0.0015), (0.0108, 0.0025, -0.9999)	0.2265, 0.1867, 0.6519
3	given	(0.161, 0.1301, -0.9783), (0.2982, -0.9513, -0.0775), (-0.9408, -0.2793, -0.192)	46.1597, 4.2935, -37.7432

#1: タンパク質	MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME / 2-HYDROXY-3-OXOADIPATE SYNTHASE / HOA SYNTHASE / HOAS / 2-OXOGLUTARATE CARBOXY-LYASE / 2- ...2-HYDROXY-3-OXOADIPATE SYNTHASE / HOA SYNTHASE / HOAS / 2-OXOGLUTARATE CARBOXY-LYASE / 2-OXOGLUTARATE DECARBOXYLASE / ALPHA-KETOGLUTARATE DECARBOXYLASE / KG DECARBOXYLASE / KGD / ALPHA-KETOGLUTARATE-GLYOXYLATE CARBOLIGASE / 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT / ODH E1 COMPONENT / ALPHA-KETOGLUTARATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT / KDH E1 COMPONENT / DIHYDROLIPOYLLYSINE-RESIDUE SUCCINYLTRANSFERASE COMPONENT OF 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE COMPLEX / 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE COMPLEX E2 COMPONENT / ODH E2 COMPONENT / OGDC-E2 / DIHYDROLIPOAMIDE SUCCINYLTRANSFERASE 分子量: 97099.586 Da / 分子数: 4 / 断片: SUCA-LIKE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 361-1227 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) 株: MC2_155 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS 参照: UniProt: A0R2B1, 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase, 2-oxoglutarate decarboxylase, oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring), dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 643 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	N-TER FIRST GLYCINE RESIDUE IS A PURIFICATION TAG LEFTOVER (TEV CLEAVAGE SITE)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.5 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.6 / 詳細: 52% MPD, 20 MM NA ACETATE, pH 7.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9535
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月26日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(311) - SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9535 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48.97 Å / Num. obs: 133094 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 51.91 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.5→2.63 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.2	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YIC

2yic

解像度: 2.5→48.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8811 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8607 / SU R Cruickshank DPI: 0.454 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.409 / SU R_free Blow DPI: 0.239 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.248
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MG CA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=25773. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2234	6716	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1937	-	-	-
obs	0.1952	133022	96.85 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-16.2664 Å²	-5.3248 Å²	6.8032 Å²
2-	-	6.7071 Å²	6.7995 Å²
3-	-	-	9.5593 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.326 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25015	0	112	643	25770

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	25641	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.05	34803	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		11804	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		648	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		3797	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		25641	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		3	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.12
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.75
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		3330	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		30740	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2686	498	5.15 %
R_work	0.2193	9176	-
all	0.2219	9674	-
obs	-	-	96.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7993	-0.2352	0.1591	1.2977	-0.1685	0.738	0.0174	0.0816	0.1376	-0.0072	0.0245	0.23	-0.0227	-0.0723	-0.0419	-0.2598	-0.0054	0.0531	-0.0673	0.0549	0.0742	-16.7484	15.2438	-45.7194
2	0.6578	-0.1136	0.1036	0.8269	-0.0543	0.7466	0.0005	-0.0801	-0.0621	0.2325	0.0404	0.0443	0.22	0.0828	-0.041	-0.0407	0.0675	0.0541	-0.0862	0.0412	-0.0629	6.4682	-15.2546	-19.7081
3	1.1286	-0.0217	-0.0194	1.0886	0.0685	0.7023	0.0407	0.3219	-0.1722	-0.2138	0.0149	0.0265	0.2319	0.1025	-0.0556	-0.1341	0.0345	-0.0006	-0.006	-0.0318	-0.0886	5.1907	-15.3723	-61.436
4	0.7661	0.0378	-0.054	1.0659	-0.2613	0.6573	-0.0308	0.0227	0.1906	0.15	0.0337	-0.2643	-0.0904	0.2025	-0.0029	-0.2622	-0.0111	0.0265	-0.0054	0.0036	0.0516	24.1068	18.4001	-36.4964
5	0.6175	-0.1742	0.1217	1.3505	0.0321	0.8838	-0.0565	-0.0957	0.2076	-0.0958	0.0536	-0.2872	-0.1801	0.0487	0.0029	-0.1564	-0.0418	0.0508	-0.1115	-0.0091	0.034	9.9658	20.0338	46.3947
6	0.5535	-0.0897	0.0988	0.9579	0.2821	0.6915	0.0325	0.0606	-0.0103	-0.3683	0.0087	-0.1168	0.1093	-0.0164	-0.0412	0.0623	-0.0376	0.0897	-0.1334	0.049	-0.1222	-0.5677	-16.7609	20.2755
7	1.0507	-0.2564	-0.1076	0.8689	-0.1716	0.7751	-0.0634	-0.275	-0.0965	0.0928	0.0767	-0.0484	0.1429	-0.0591	-0.0133	-0.1651	-0.0286	0.044	0.0029	0.0989	-0.0823	0.4114	-16.4789	62.1495
8	1.0036	-0.3028	-0.0924	0.8965	0.1487	0.8399	0.0153	0.0071	0.0533	-0.1912	-0.001	0.2552	-0.0758	-0.2939	-0.0143	-0.1725	-0.0167	0.0006	-0.0142	0.0872	-0.0539	-29.1134	8.4748	36.9128

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESID 366-810
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND RESID 833-1227
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND RESID 365-810
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND RESID 833-1227
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN C AND RESID 368-810
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN C AND RESID 833-1227
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN D AND RESID 367-810
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN D AND RESID 833-1227 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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