PDB-3zhe: Structure of the C. elegans SMG5-SMG7 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zhe

タイトル

Structure of the C. elegans SMG5-SMG7 complex

要素

NONSENSE-MEDIATED MRNA DECAY PROTEIN
PROTEIN SMG-7

キーワード

MRNA-BINDING PROTEIN / NMD / PHOSPHO-PEPTIDE BINDING DOMAINS

機能・相同性

機能・相同性情報

: / embryonic genitalia morphogenesis / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing => GO:0035194 / DEAD/H-box RNA helicase binding / protein phosphatase regulator activity / regulation of telomere maintenance via telomerase / telomerase RNA binding / telomerase holoenzyme complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / telomeric DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Jonas, S. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E.

引用

ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2013
タイトル: An Unusual Arrangement of Two 14-3-3-Like Domains in the Smg5-Smg7 Heterodimer is Required for Efficient Nonsense-Mediated Mrna Decay.
著者: Jonas, S. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E.

履歴

登録	2012年12月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zhe.cif.gz	617.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zhe.ent.gz	519 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zhe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zhe_validation.pdf.gz	451 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zhe_full_validation.pdf.gz	465.5 KB	表示
XML形式データ	3zhe_validation.xml.gz	51.2 KB	表示
CIF形式データ	3zhe_validation.cif.gz	69.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/3zhe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/3zhe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1wyi-1 3nwk-d 6gnj-d 2d7f-d 1wuv-d 4g43-d 5ho9-d 3lex-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (4) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: NONSENSE-MEDIATED MRNA DECAY PROTEIN

B: PROTEIN SMG-7

C: NONSENSE-MEDIATED MRNA DECAY PROTEIN

D: PROTEIN SMG-7

190 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NONSENSE-MEDIATED MRNA DECAY PROTEIN

B: PROTEIN SMG-7

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: NONSENSE-MEDIATED MRNA DECAY PROTEIN

D: PROTEIN SMG-7

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	248.160, 82.000, 154.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.88, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.0784, -0.129, 0.9885), (-0.1738, 0.9782, 0.1139), (-0.9816, -0.1629, -0.0991)	35.9786, -35.3481, 168.2611
2	given	(0.0107, -0.0196, 0.9998), (-0.1792, 0.9836, 0.0212), (-0.9838, -0.1793, 0.007)	25.964, -30.6423, 163.7186

#1: タンパク質	NONSENSE-MEDIATED MRNA DECAY PROTEIN / PROTEIN SMG-5 分子量: 49004.523 Da / 分子数: 2 / 断片: 14-3-3 AND ALPHA-HELICAL DOMAINS, RESIDUES 1-420 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: G5ECF1
#2: タンパク質	PROTEIN SMG-7 分子量: 45868.605 Da / 分子数: 2 / 断片: 14-3-3 AND ALPHA-HELICAL DOMAINS, RESIDUES 1-395 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: G5EF47

#1: タンパク質

NONSENSE-MEDIATED MRNA DECAY PROTEIN / PROTEIN SMG-5

分子量: 49004.523 Da / 分子数: 2 / 断片: 14-3-3 AND ALPHA-HELICAL DOMAINS, RESIDUES 1-420 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: G5ECF1

#2: タンパク質

PROTEIN SMG-7

分子量: 45868.605 Da / 分子数: 2 / 断片: 14-3-3 AND ALPHA-HELICAL DOMAINS, RESIDUES 1-395 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: G5EF47

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 68 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5 詳細: 0.1 M SODIUM CITRATE (PH 5.0), 8% (W/V) PEG 8000, 10% GLYCEROL, 500 MM NACL, 60 MM (NH4)2SO4, 4 MM DTT AND 2 MM TCEP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9793
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月18日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 55840 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 94.31 Å² / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 3→3.2 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / R_sym value: 0.73 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.8.1_1168)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3→49.337 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 32.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2487	2826	5.1 %
R_work	0.2218	-	-
obs	0.2232	55765	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 105 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→49.337 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12141	0	0	0	12141

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	12414
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.685	16889
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.404	4396
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1927
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2161

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.0517	0.4242	144	0.3606	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0517-3.1072	0.4218	119	0.346	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1072-3.167	0.3673	144	0.3229	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.167-3.2316	0.3637	145	0.3106	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2316-3.3019	0.3275	138	0.2919	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3019-3.3787	0.3032	139	0.2714	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3787-3.4631	0.3356	144	0.2722	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4631-3.5567	0.3175	165	0.252	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5567-3.6614	0.2377	139	0.2459	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6614-3.7795	0.3069	136	0.2392	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7795-3.9145	0.273	141	0.2178	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9145-4.0712	0.2304	137	0.2188	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0712-4.2564	0.2342	145	0.2187	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2564-4.4807	0.2644	148	0.2094	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4807-4.7612	0.2409	144	0.2034	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7612-5.1284	0.225	150	0.2114	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1284-5.6439	0.2344	129	0.2288	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6439-6.459	0.2984	163	0.236	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
6.459-8.1318	0.2197	125	0.2085	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
8.1318-49.3436	0.1645	131	0.1721	2764	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.242	-0.6968	-0.1807	1.87	-0.6009	1.0716	0.0717	0.2057	0.2087	0.2155	-0.0136	0.0763	-0.5007	-0.3099	0.041	1.1012	0.6149	0.032	0.7595	0.014	0.7027	69.6114	18.4454	114.9369
2	4.0304	-0.7672	1.3875	1.345	-0.7167	5.6455	0.379	-0.1904	-0.3625	-0.107	-0.4075	-0.0641	0.4605	0.0829	-0.0053	0.9568	0.2589	0.0199	0.7508	0.1249	0.6887	78.2828	-1.1049	147.0945
3	3.1733	0.1031	-0.4867	1.8566	0.9273	1.5364	0.0103	0.1325	-0.1028	-0.1389	-0.0413	-0.0864	-0.0251	0.0771	-0.0356	0.83	0.5905	0.0301	0.8384	-0.0526	0.6646	77.8338	0.3469	104.2104
4	3.0394	-0.7763	0.0341	2.7022	-0.6697	2.123	-0.3684	0.2624	0.4056	0.0952	0.5247	-0.3044	-0.1583	0.2847	0.009	0.733	0.2391	0.0474	0.984	-0.3961	1.0315	111.1379	2.7287	89.993
5	2.8044	1.8985	0.9725	2.5573	-0.3799	1.3284	-0.2748	0.775	0.6125	-0.1042	0.1685	0.3523	-0.1111	0.2211	-0.0105	0.5599	-0.1311	-0.0021	0.9509	0.4858	1.0304	39.8345	56.7055	44.8415
6	2.956	0.2752	0.3892	0.3385	-0.7575	3.7839	0.2199	-0.3653	-0.2001	0.0898	-0.278	0.0758	0.8728	-0.6606	0.02	0.9473	-0.5529	0.0063	0.9916	0.1732	0.7923	11.7397	31.7962	47.6117
7	3.1846	-0.4041	0.7939	2.5757	-0.4128	3.3398	0.201	0.7536	-0.2183	0.0145	-0.2981	-0.2953	0.3707	0.8229	-0.0039	0.7361	0.045	-0.0131	1.0912	0.3195	0.8652	53.1563	39.9241	52.2863
8	1.8282	0.4918	0.6136	2.9269	-1.5223	2.9598	-0.2914	0.1422	0.1857	0.4421	0.4252	-0.0124	-0.4427	0.1058	0.0159	0.9429	0.4502	-0.0217	0.8375	0.1115	0.844	67.5405	44.3751	85.6355

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:141)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 142:400)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND (RESSEQ 1:161)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESSEQ 162:391)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN C AND (RESSEQ 5:141)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN C AND (RESSEQ 142:399)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN D AND (RESSEQ 3:161)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN D AND (RESSEQ 162:391)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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