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万見
- PDB-3zh2: Structure of Plasmodium falciparum lactate dehydrogenase in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zh2
タイトルStructure of Plasmodium falciparum lactate dehydrogenase in complex with a DNA aptamer
要素
  • DNA APTAMER
  • L-LACTATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Citric acid cycle (TCA cycle) / Malate-aspartate shuttle / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / glycolytic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Malate dehydrogenase, type 3 / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Malate dehydrogenase, type 3 / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / L-lactate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cheung, Y.W. / Kwok, J. / Law, A.W.L. / Watt, R.M. / Kotaka, M. / Tanner, J.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Discriminatory Recognition of Plasmodium Lactate Dehydrogenase by a DNA Aptamer
著者: Cheung, Y.W. / Kwok, J. / Law, A.W.L. / Watt, R.M. / Kotaka, M. / Tanner, J.A.
履歴
登録2012年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-LACTATE DEHYDROGENASE
B: L-LACTATE DEHYDROGENASE
C: L-LACTATE DEHYDROGENASE
D: L-LACTATE DEHYDROGENASE
E: DNA APTAMER
G: DNA APTAMER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,1136
ポリマ－158,1136
非ポリマー00
水11,602644
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20360 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area48610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.461, 159.489, 88.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11E
21G

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: DG / Beg label comp-ID: DG / End auth comp-ID: DC / End label comp-ID: DC / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 3 - 25 / Label seq-ID: 3 - 25

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1EE
2GF

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.131, -0.009, -0.991), (-0.003, -1, 0.009), (-0.991, 0.004, 0.131)45.048, 0.749, 39.525
2given(-0.985, -0.172, 0.017), (-0.172, 0.971, -0.163), (0.011, -0.164, -0.986)88.077, 6.774, -10.771
3given(0.113, 0.176, 0.978), (0.176, -0.972, 0.154), (0.978, 0.155, -0.141)44.506, -6.398, -49.136
4given(1), (1), (1)
5given(-0.985217, -0.169551, 0.024504), (-0.171206, 0.969439, -0.175717), (0.006038, -0.177314, -0.984136)88.42956, 6.2313, -10.32197

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要素

#1: タンパク質
L-LACTATE DEHYDROGENASE


分子量: 34148.715 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q76NM3, L-lactate dehydrogenase
#2: DNA鎖 DNA APTAMER


分子量: 10758.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.87 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.2 M KCL, 0.1 M MAGNESIUM ACETATE, 0.05 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 10% W/V PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 121507 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LDG

1ldg


解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 11.052 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25664 6098 5 %RANDOM
Rwork0.2058 ---
obs0.20832 115368 97.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.213 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å20 Å22.07 Å2
2---1.79 Å20 Å2
3---3.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9455 1118 0 644 11217
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01810856
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1091.89414941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.64551242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.28325.956366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.479151739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0491524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.21724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0217532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 474 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Emedium positional0.30.5
2Gmedium positional0.30.5
1Emedium thermal2.272
2Gmedium thermal2.272
LS精密化 シェル解像度: 2.104→2.159 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 385 -
Rwork0.287 6828 -
obs--79.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4139-0.0591-0.06860.3015-0.00340.0711-0.00110.0211-0.03860.0613-0.01170.08030.00110.00990.01280.1337-0.00170.00530.1282-0.00130.127327.6089-14.99012.4048
20.2492-0.0269-0.08110.3764-0.13270.09420.022-0.03520.05860.0687-0.00650.03240.00470.0131-0.01540.1708-0.0022-0.00640.1302-0.02040.105539.430715.823411.8803
30.45580.15160.01130.1647-0.0950.15710.0224-0.0005-0.0418-0.0318-0.001-0.06360.01950.0328-0.02140.10330.01050.01480.1248-0.00840.166463.4433-12.8484-10.3901
40.4007-0.1693-0.1020.470.18210.07910.0420.11870.0736-0.0768-0.0352-0.021-0.0137-0.0344-0.00680.15930.0065-0.01910.1750.03270.067646.859113.449-24.8846
52.71561.7719-0.03251.16580.00332.50870.1719-0.28790.12660.1128-0.24390.0428-0.0709-0.82280.0720.1311-0.01880.14780.3737-0.08270.19519.89-5.321425.8398
63.4461-1.16860.03490.41510.12672.22810.11690.36160.0576-0.0388-0.09350.0172-0.12330.7967-0.02330.1057-0.02070.08850.48260.02220.142479.5462-4.411-35.4696
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 316
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 316
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 316
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 316
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 27
6X-RAY DIFFRACTION6G1 - 27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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