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- PDB-3zgl: Crystal structures of Escherichia coli IspH in complex with AMBPP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zgl
タイトルCrystal structures of Escherichia coli IspH in complex with AMBPP a potent inhibitor of the methylerythritol phosphate pathway
要素4-HYDROXY-3-METHYLBUT-2-ENYL DIPHOSPHATE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / MEP PATHWAY / 4FE-4S CLUSTER
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase activity / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate reductase / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / terpenoid biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase / LytB protein / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase, catalytic domain / Rossmann fold - #11270 / Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-10E / IRON/SULFUR CLUSTER / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Borel, F. / Barbier, E. / Kratsutsky, S. / Janthawornpong, K. / Rohmer, M. / Dale Poulter, C. / Ferrer, J.L. / Seemann, M.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2017
タイトル: Further Insight into Crystal Structures of Escherichia coli IspH/LytB in Complex with Two Potent Inhibitors of the MEP Pathway: A Starting Point for Rational Design of New Antimicrobials.
著者: Borel, F. / Barbier, E. / Krasutsky, S. / Janthawornpong, K. / Chaignon, P. / Poulter, C.D. / Ferrer, J.L. / Seemann, M.
履歴
登録2012年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-HYDROXY-3-METHYLBUT-2-ENYL DIPHOSPHATE REDUCTASE
B: 4-HYDROXY-3-METHYLBUT-2-ENYL DIPHOSPHATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5056
ポリマ－73,2792
非ポリマー1,2254
水14,574809
1
A: 4-HYDROXY-3-METHYLBUT-2-ENYL DIPHOSPHATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2523
ポリマ－36,6401
非ポリマー6132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 4-HYDROXY-3-METHYLBUT-2-ENYL DIPHOSPHATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2523
ポリマ－36,6401
非ポリマー6132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.120, 80.650, 71.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2144-

HOH

21B-2119-

HOH

31B-2120-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 4-HYDROXY-3-METHYLBUT-2-ENYL DIPHOSPHATE REDUCTASE / ISPH / (E)-4-HYDROXY-3-METHYLBUT-2-ENYL DIPHOSPHATE REDUCTASE (E)-4-AMINO-3-METHYLBUT-2-EN-1-YL DIPHOSPHATE


分子量: 36639.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: P62623, EC: 1.17.1.2
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-10E / (2E)-4-amino-3-methylbut-2-en-1-yl trihydrogen diphosphate / (E)-4-アミノ-3-メチル-2-ブテニルジホスファ-ト


分子量: 261.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13NO7P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 809 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 24% PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS PH6.5, 200 MM LISO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→46.96 Å / Num. obs: 68152 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KE8

3ke8


解像度: 1.68→46.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 5.996 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24179 3408 5 %RANDOM
Rwork0.18725 ---
obs0.19001 64744 94.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.073 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.57 Å20 Å20.27 Å2
2---2.97 Å20 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→46.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4753 0 46 809 5608
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0194981
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024810
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8881.9736781
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7583.00211042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2165640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.14624.174230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.22715862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.931545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2780
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215721
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021096
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr12.06939789
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free20.8995175
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.13310335
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.724 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 244 -
Rwork0.196 4643 -
obs--93.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.09130.146-0.12830.2686-0.21180.5236-0.0115-0.0213-0.0248-0.0351-0.00880.01230.05760.0070.02030.0271-0.0035-0.01930.1166-0.0030.107537.1578-9.923629.426
22.56951.9853-0.69512.58270.59751.41610.08830.02290.13140.1395-0.17850.21060.0612-0.21860.09020.01160.00090.00460.1436-0.01740.107625.4469-8.516539.5043
30.07010.17810.08150.5057-0.00931.04340.051-0.01920.01660.1394-0.06670.0455-0.021-0.01040.01570.0484-0.02340.00990.1355-0.01310.099336.94433.997143.6154
40.11670.0509-0.08070.64250.03580.06670.0175-0.00780.02730.0179-0.00150.0443-0.00290.0016-0.0160.0271-0.0019-0.0130.1158-0.00230.089840.961617.650631.2842
50.0210.0069-0.06950.49890.05880.4494-0.01660.0062-0.0066-0.07140.00470.0245-0.00510.00510.01190.0402-0.0063-0.01930.1117-0.00120.088139.7666-4.284110.6526
60.66940.41590.18190.2948-0.04631.04650.0973-0.019-0.1480.0608-0.0605-0.0654-0.04280.1793-0.03680.03020.0199-0.03210.1423-0.0090.121850.5117-8.575928.2867
70.2293-0.02930.19740.23910.00070.3235-0.015-0.01480.02150.0255-0.0017-0.0503-0.01610.00510.01670.0251-0.0026-0.02690.1180.00010.096318.50798.77163.6771
80.00890.08020.01491.34840.09270.61610.01090.01640.00650.2116-0.0054-0.07730.0762-0.0433-0.00550.0635-0.0061-0.03030.11430.00620.085814.4302-12.92016.9049
90.00970.0615-0.02110.4267-0.11930.2414-0.00410.00040.00090.0050.0056-0.03240.0599-0.0061-0.00140.0418-0.005-0.00670.11740.00040.092810.8641-16.542-4.8855
100.21-0.02540.00680.49670.03870.3898-0.01190.03170.0016-0.05350.0092-0.0987-0.01660.00020.00270.0296-0.00590.00670.1154-0.00220.099318.216.2973-21.9744
118.05344.2666-4.64032.416-2.53292.9209-0.05880.15930.4128-0.02460.17730.1238-0.043-0.277-0.11860.03590.0371-0.04940.1965-0.05040.13373.36049.9814-21.8051
122.37091.08711.9072.07662.75443.7910.0746-0.30550.28630.0687-0.0681-0.07620.1177-0.169-0.00650.0257-0.0042-0.00340.1538-0.02930.1434.536711.16554.0896
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2A50 - 69
3X-RAY DIFFRACTION3A70 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4A113 - 204
5X-RAY DIFFRACTION5A205 - 288
6X-RAY DIFFRACTION6A289 - 309
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 101
8X-RAY DIFFRACTION8B102 - 140
9X-RAY DIFFRACTION9B141 - 206
10X-RAY DIFFRACTION10B207 - 287
11X-RAY DIFFRACTION11B288 - 297
12X-RAY DIFFRACTION12B298 - 309

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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