PDB-3zgk: NMR solution structure of the RXLR effector AVR3a11 from Phytopht...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zgk

タイトル

NMR solution structure of the RXLR effector AVR3a11 from Phytophthora Capsici

要素

AVR3A11

キーワード

PROTEIN BINDING / PLANT DISEASES / RXLR

機能・相同性

Arc Repressor Mutant, subunit A - #2460 / RXLR phytopathogen effector protein / RXLR phytopathogen effector protein, Avirulence activity / Arc Repressor Mutant, subunit A / extracellular region / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / RxLR effector protein

機能・相同性情報

生物種

PHYTOPHTHORA CAPSICI (真核生物)

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Tolchard, J. / Chambers, V.S. / Boutemy, L.S. / Gathercole, R.L. / Banfield, M.J. / Blumenschein, T.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Solution Structure of the Avr3A11 from Phytophthora Capsi
著者: Tolchard, J. / Chambers, V.S. / Boutemy, L.S. / Gathercole, R.L. / Banfield, M.J. / Blumenschein, T.M.

履歴

登録	2012年12月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年1月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2019年4月3日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / audit_author ...atom_site / audit_author / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_nmr_representative / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_torsion Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.pdbx_auth_atom_name / _audit_author.name / _citation_author.name / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_nmr_representative.conformer_id / _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_planes.PDB_model_num / _pdbx_validate_planes.rmsd / _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi
改定 2.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.2	2024年6月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zgk.cif.gz	452.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zgk.ent.gz	378.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zgk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zgk_validation.pdf.gz	479 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zgk_full_validation.pdf.gz	703 KB	表示
XML形式データ	3zgk_validation.xml.gz	38.4 KB	表示
CIF形式データ	3zgk_validation.cif.gz	56.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/3zgk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/3zgk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1iza-d 3op8-1 4uyh-3 6viw-1 5hen-3 3s91-d 6viw-3 6yqr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18910

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AVR3A11

8.27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	LOWEST ENERGY
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	AVR3A11 分子量: 8267.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PHYTOPHTHORA CAPSICI (真核生物) / プラスミド: POPIN-F / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G1K3S4
配列の詳細	THE 3ZGK SEQUENCE IS MAPPED TO THE CLOSEST UNIPROT REFERENCE G1K3S4. AUTHOR SUGGESTS THAT RESIDUES ...THE 3ZGK SEQUENCE IS MAPPED TO THE CLOSEST UNIPROT REFERENCE G1K3S4. AUTHOR SUGGESTS THAT RESIDUES 63-69 IN THE COORDINATES ARE ACTUALLY FROM THE WILD TYPE PROTEIN.

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	1H-15N HSQC
1	2	1	1H-13C HSQC
1	3	1	1H-15N NOESY
1	4	1	1H-13C NOESY
1	5	1	CBCA(CO)NH
1	6	1	HN(CA)CB
1	7	1	CC(CO)NH
1	8	1	H(CCO)NH
1	9	1	1H-15N TOCSY
1	10	1	AROMATIC 1H-13C TROSY
1	11	1	(HB)CB(CGCDCE)HE

NMR実験の詳細

Text: NONE

-
試料調製

詳細	内容: 10% WATER/90% D2O, 200 MICROM DSS, 0.02% NAN3
試料状態	イオン強度: 150 mM / pH: 8.8 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.3	BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN	精密化
NMRPipe			構造決定
CcpNmr Analysis	ANALYSIS		構造決定
UNIO			構造決定
CYANA			構造決定
CNS USING RECOORD SCRIPTS	SCRIPTS		構造決定

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SCRIPTS FROM THE RECOORD DATABASE

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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