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万見
- PDB-3zfj: N-terminal domain of pneumococcal PhtD protein with bound Zn(II) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zfj
タイトルN-terminal domain of pneumococcal PhtD protein with bound Zn(II)
要素PNEUMOCOCCAL HISTIDINE TRIAD PROTEIN D
キーワードZINC-BINDING PROTEIN / ZINC TRANSFER
機能・相同性Streptococcal histidine triad repeat / Histidine triad protein / PhtA domain superfamily / Streptococcal histidine triad protein / Pneumococcal histidine triad protein D / Pneumococcal histidine triad protein D
機能・相同性情報
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法溶液NMR / UNIO10, ARIA
データ登録者Bersch, B. / Bougault, C. / Favier, A. / Gabel, F. / Roux, L. / Vernet, T. / Durmort, C.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: New Insights Into Histidine Triad Proteins: Solution Structure of a Streptococcus Pneumoniae Phtd Domain and Zinc Transfer to Adcaii.
著者: Bersch, B. / Bougault, C. / Roux, L. / Favier, A. / Vernet, T. / Durmort, C.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Biochemical Characterization of the Histidine Triad Protein Phtd as a Cell Surface Zinc-Binding Protein of Pneumococcus.
著者: Loisel, E. / Chimalapati, S. / Bougault, C. / Imberty, A. / Gallet, B. / Di Guilmi, A.M. / Brown, J. / Vernet, T. / Durmort, C.
履歴
登録2012年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PNEUMOCOCCAL HISTIDINE TRIAD PROTEIN D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8482
ポリマ－15,7821
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000TOTAL ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 PNEUMOCOCCAL HISTIDINE TRIAD PROTEIN D / PHTD


分子量: 15782.420 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 30-166 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
株: D39 / プラスミド: PLIM09-T-PHTD / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q04KS8, UniProt: A0A0H2ZP82*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
配列の詳細RESIDUES 2-138 OF THE T-PHTD SEQUENCE CORRESPOND TO RESIDUES 30-166 OF THE Q04KS8 ENTRY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-HSQC
12113C-HSQC
1313D-15N- NOESY
1413D-13C-NOESY
2522D- NOESY
NMR実験の詳細Text: BACKBONE ASSIGNMENT FROM STANDARD TRIPLE RESONANCE EXPERIMENTS. CCONH-TOCSY AND 3D-NOESY EXPERIMENTS FOR SIDECHAIN ASSIGNMENT. 2 3D-NOESY AND A 2D-NOESY IN D2O FOR THE EXTRACTION OF DISTANCE CONSTRAINTS.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
190% WATER, 10% D2O
2100% D2O
試料状態イオン強度: 50 mM / pH: 6.3 / 圧: 1 atm / 温度: 308.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VNMRS800 / 製造業者: Varian / モデル: VNMRS800 / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER精密化
CYANA構造決定
CNS構造決定
精密化手法: UNIO10, ARIA / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: TOTAL ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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