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- PDB-3zef: Crystal structure of Prp8:Aar2 complex: second crystal form at 3.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zef
タイトルCrystal structure of Prp8:Aar2 complex: second crystal form at 3.1 Angstrom resolution
要素
  • A1 CISTRON-SPLICING FACTOR AAR2
  • PRE-MRNA-SPLICING FACTOR 8
キーワードTRANSLATION / PRE-MRNA SPLICING / SPLICEOSOME / U5 SNRNP
機能・相同性
機能・相同性情報


generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Prp19 complex / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding ...generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Prp19 complex / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity / mRNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 (Prp8), endonuclease domain / tt1808, chain A / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 - #20 / Cytidine Deaminase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Aar2, C-terminal domain-like / A1 cistron-splicing factor, AAR2 ...Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 (Prp8), endonuclease domain / tt1808, chain A / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 - #20 / Cytidine Deaminase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Aar2, C-terminal domain-like / A1 cistron-splicing factor, AAR2 / AAR2, N-terminal / AAR2, C-terminal / AAR2, C-terminal domain superfamily / AAR2, N-terminal domain superfamily / AAR2 C-terminal repeat region / AAR2 N-terminal domain / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Sandwich / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
A1 cistron-splicing factor AAR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Galej, W.P. / Oubridge, C. / Newman, A.J. / Nagai, K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of Prp8 Reveals Active Site Cavity of the Spliceosome
著者: Galej, W.P. / Oubridge, C. / Newman, A.J. / Nagai, K.
履歴
登録2012年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Database references
改定 1.22013年2月27日Group: Structure summary
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A1 CISTRON-SPLICING FACTOR AAR2
B: PRE-MRNA-SPLICING FACTOR 8
D: A1 CISTRON-SPLICING FACTOR AAR2
E: PRE-MRNA-SPLICING FACTOR 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)436,7344
ポリマ－436,7344
非ポリマー00
水00
1
A: A1 CISTRON-SPLICING FACTOR AAR2
B: PRE-MRNA-SPLICING FACTOR 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,3672
ポリマ－218,3672
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6550 Å2
ΔGint-26.9 kcal/mol
Surface area78560 Å2
手法PISA
2
D: A1 CISTRON-SPLICING FACTOR AAR2
E: PRE-MRNA-SPLICING FACTOR 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,3672
ポリマ－218,3672
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6290 Å2
ΔGint-24.5 kcal/mol
Surface area79400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.420, 177.841, 216.601
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 A1 CISTRON-SPLICING FACTOR AAR2 / AAR2


分子量: 41734.688 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PRS424 / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): BCY123 / 参照: UniProt: P32357
#2: タンパク質 PRE-MRNA-SPLICING FACTOR 8 / PRP8


分子量: 176632.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PRS426 / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): BCY123 / 参照: UniProt: P33334
配列の詳細THE DEPOSITED SEQUENCE REPRESENTS RESIDUES 885-2414 OF THE GENBANK DATABASE ENTRY WITH MUTATIONS ...THE DEPOSITED SEQUENCE REPRESENTS RESIDUES 885-2414 OF THE GENBANK DATABASE ENTRY WITH MUTATIONS LEU1961ASN AND ILE1999LEU

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.55 % / 解説: 3SBT SEPARATED INTO SINGLE CHAINS FOR MR SEARCH
結晶化pH: 7.9
詳細: 7-9% PEG 8000, 100 MM NA-CITRATE PH 7.9, 50-200 MM AMMONIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→137.5 Å / Num. obs: 97506 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 1.3 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0016精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHASER位相決定
SHELXE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3SBT, 2OG4

3sbt

2og4


解像度: 3.1→137.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 25.665 / SU ML: 0.441 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.489 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES ARE REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26711 4442 5 %RANDOM
Rwork0.22022 ---
obs0.22253 84013 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 95.693 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.28 Å20 Å20 Å2
2--6.95 Å20 Å2
3----4.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→137.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28285 0 0 0 28285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01928965
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0227431
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5341.9539250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.042363077
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.37153439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.44124.1911415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.135155097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.43515169
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.24305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02132438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.026875
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.1189.48413825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.1179.48413824
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.8414.2117241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6679.77315140
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 317 -
Rwork0.336 6135 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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