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- PDB-3zcj: Crystal structure of Helicobacter pylori T4SS protein CagL in a t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zcj
タイトルCrystal structure of Helicobacter pylori T4SS protein CagL in a tetragonal crystal form with a helical RGD-motif (6 Mol per ASU)
要素CAGL
キーワードPROTEIN BINDING / ADHESION / RGD MOTIF / INTEGRIN BINDING / TYPE IV SECRETION / T4S / VIRULENCE / CAG18 / HP0539 / METHYLATED
機能・相同性Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1660 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Cag pathogenicity island protein (Cag18)
機能・相同性情報
生物種HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Barden, S. / Niemann, H.H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: A Helical Rgd Motif Promoting Cell Adhesion: Crystal Structures of the Helicobacter Pylori Type Iv Secretion System Pilus Protein Cagl
著者: Barden, S. / Lange, S. / Tegtmeyer, N. / Conradi, J. / Sewald, N. / Backert, S. / Niemann, H.H.
履歴
登録2012年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32019年9月25日Group: Data collection / Experimental preparation / Other / カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CAGL
B: CAGL
C: CAGL
D: CAGL
E: CAGL
F: CAGL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,93018
ポリマ－152,8586
非ポリマー1,07212
水1086
1
A: CAGL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7674
ポリマ－25,4761
非ポリマー2903
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CAGL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7554
ポリマ－25,4761
非ポリマー2793
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: CAGL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5682
ポリマ－25,4761
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: CAGL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6083
ポリマ－25,4761
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: CAGL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5682
ポリマ－25,4761
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: CAGL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6633
ポリマ－25,4761
非ポリマー1872
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)197.122, 197.122, 106.808
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(CHAIN A AND RESID 20:52 AND (NAME O OR NAME CA OR NAME N OR NAME C))
211(CHAIN B AND RESID 20:52 AND (NAME O OR NAME CA OR NAME N OR NAME C))
311(CHAIN C AND RESID 20:52 AND (NAME O OR NAME CA OR NAME N OR NAME C))
411(CHAIN D AND RESID 20:52 AND (NAME O OR NAME CA OR NAME N OR NAME C))
511(CHAIN F AND RESID 20:52 AND (NAME O OR NAME CA OR NAME N OR NAME C))
611(CHAIN E AND RESID 20:52 AND (NAME O OR NAME CA OR NAME N OR NAME C))

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.98421, -0.02088, -0.17576), (0.02161, 0.97141, -0.23642), (0.17568, -0.23649, -0.95562)-11.38522, 11.31287, 25.02733
2given(0.34404, 0.83057, -0.43794), (0.64963, 0.12621, 0.7497), (0.67796, -0.54243, -0.49614)51.79665, -56.19586, -21.13411
3given(-0.39723, 0.91254, 0.0974), (-0.45275, -0.10255, -0.88572), (-0.79826, -0.39593, 0.45389)47.44381, -44.06326, -46.81049
4given(-0.16368, 0.45246, -0.87663), (-0.91019, 0.27345, 0.31109), (0.38047, 0.84883, 0.36707)54.87707, -67.51531, 56.26179
5given(0.37936, 0.61967, 0.68709), (0.82412, 0.11128, -0.55538), (-0.42061, 0.77694, -0.46846)31.9315, -47.91024, 54.92276

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
CAGL


分子量: 25476.318 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 21-237 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PRIMARY AMINES (N-TERMINUS AND LYSINES) REDUCTIVELY METHYLATED
由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) / 株: 26695 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS RIL / 参照: UniProt: O25272

-
非ポリマー , 5種, 18分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

非ポリマーの詳細POTASSIUM ION (K): CRYSTALLIZATION COCKTAIL COMPOUND PHOSPHATE ION (PO4): CRYSTALLIZATION COCKTAIL ...POTASSIUM ION (K): CRYSTALLIZATION COCKTAIL COMPOUND PHOSPHATE ION (PO4): CRYSTALLIZATION COCKTAIL COMPOUND GLYCEROL (GOL): CRYO PROTECTANT N-DIMETHYL-LYSINE (MLY): REDUCTIVELY METHYLATED LYSINES FACILITATING CRYSTALLIZATION DI(HYDROXYETHYL)ETHER (PEG): CRYSTALLIZATION COCKTAIL COMPOUND

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: PROTEIN CONCENTRATION: 10 MG/ML. RESERVOIR: 22.5% PEG 3350, 200 MM KCL. VAPOR DIFFUSION AT 277 K WITH DROP RATIO OF 1 TO 0.5 PROTEIN TO RESERVOIR.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→58.34 Å / Num. obs: 33724 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 69.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 3.25→3.43 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 1.08 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZCI

3zci


解像度: 3.25→55.965 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.41 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESTRAINED TO REFERENCE STRUCTURE AND SECONDARY STRUCTURE RESTRAINTS APPLIED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2513 1706 5.1 %
Rwork0.2051 --
obs0.2075 33663 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.671 Å2 / ksol: 0.303 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 91.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.8458 Å20 Å20 Å2
2--4.8458 Å20 Å2
3----9.6915 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→55.965 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9370 0 66 6 9442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069512
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92912770
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2223712
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531451
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051578
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A116X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B116X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.145
13C104X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.164
14D108X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.203
15F108X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.19
16E96X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.178
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2501-3.34570.35251380.28722632X-RAY DIFFRACTION100
3.3457-3.45370.28711330.25372614X-RAY DIFFRACTION100
3.4537-3.57710.28281410.23212609X-RAY DIFFRACTION100
3.5771-3.72030.25711320.22622632X-RAY DIFFRACTION100
3.7203-3.88960.24391470.2072616X-RAY DIFFRACTION100
3.8896-4.09460.29921340.19212657X-RAY DIFFRACTION100
4.0946-4.3510.23891380.17382625X-RAY DIFFRACTION100
4.351-4.68680.20621640.16582645X-RAY DIFFRACTION100
4.6868-5.15810.23181530.1652654X-RAY DIFFRACTION100
5.1581-5.90380.31281530.23592679X-RAY DIFFRACTION100
5.9038-7.43550.31021310.24172723X-RAY DIFFRACTION100
7.4355-55.97330.19971420.19232871X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.2293-1.3376-0.22724.435-0.41216.55960.1535-0.23340.06920.0663-0.28780.27620.9449-0.34540.05510.3014-0.0755-0.02670.21450.15480.26184.5143-36.631825.6826
25.87371.87633.13826.59841.65877.30930.0887-0.41290.30290.5041-0.2501-0.3156-0.08170.1557-0.27280.307-0.1290.00160.1345-0.10040.323720.4132-22.151435.4208
32.3780.80480.52590.59690.33961.9581-0.13670.58220.6026-0.34590.26630.4219-0.2663-0.2660.65360.2359-0.1707-0.16590.40550.37410.21-8.1556-24.4024-1.8087
41.1458-0.5935-1.00774.9709-0.6831.7062-0.0146-0.2261-0.09450.7585-0.0528-0.4482-0.06160.60160.02050.0745-0.0465-0.04110.1516-0.04120.197817.7215-34.9324.9853
51.7108-0.93490.69282.2586-0.72562.60350.13220.77080.1272-0.8135-0.10010.32510.2876-0.3339-0.11240.2767-0.1066-0.00350.5130.19030.1105-3.3027-33.6691-6.5633
68.3096-1.88653.42927.7061-2.43619.81710.2371.3099-0.3153-1.16460.11720.09410.52751.4523-0.23420.291-0.099-0.03980.35680.04710.4309-17.3013-46.78726.2824
73.98170.13891.40722.0193-0.13261.9095-0.04650.4118-0.2105-0.320.03420.33150.01670.0447-0.33860.1299-0.1601-0.16790.10180.15630.2888-24.6561-35.957-0.2443
82.2117-0.30971.08690.8314-0.16171.6610.069-0.75910.58540.3526-0.0979-0.0786-0.2898-0.0640.36380.4885-0.4556-0.16590.5532-0.05310.2918-8.7751-27.926435.278
91.31151.7432-0.66473.8961-0.83881.16590.00330.1416-0.0891-0.25420.1497-0.03010.4596-0.2817-0.18540.2755-0.1308-0.13460.15790.14370.2339-30.077-48.01833.9627
104.42510.69872.0552.39461.1922.47320.322-1.52620.42040.7991-0.4239-0.230.4442-0.4784-0.37370.381-0.4322-0.06430.72850.14230.4811-14.8013-37.111637.552
112.97472.191.01088.96661.64995.63160.16490.7746-1.2612-0.4094-0.56210.01381.20040.46110.30580.80770.3708-0.03330.78710.05970.476126.84-62.593912.5243
126.07353.2274-1.93113.8388-1.45831.0502-0.12860.9252-0.5207-0.44440.0375-0.77240.29240.5413-0.32270.24240.1255-0.09090.89220.00410.356840.8658-55.61116.3447
131.3135-0.81420.07173.99980.53720.1023-0.1155-0.9871-0.2440.8861-0.08720.84040.2521-0.4036-0.05770.2572-0.20310.09030.8650.12570.3218.9627-57.250642.6692
141.5356-1.32110.08752.44911.15777.03140.31450.5619-0.0055-0.4659-0.0962-0.2973-0.31120.9504-0.11490.19020.0842-0.17680.32820.06670.176725.6015-51.145716.0972
153.9242-1.4043-3.53190.50271.26423.17910.3246-1.04730.39450.6499-0.04440.5742-0.6311-0.1393-0.56550.41410.13220.26381.0060.02330.6485-2.3449-49.86942.419
165.36-1.71810.26987.4016-0.65344.4991-0.6803-1.1783-0.7770.6889-0.1002-0.08320.5463-0.10110.26960.8474-0.154-0.03890.41020.2160.4127-43.6509-68.928421.9627
173.7175-1.7520.52722.9769-0.02532.71940.014-0.3036-0.3087-0.15270.0336-0.10560.0688-0.2005-0.21780.2645-0.2405-0.21710.359-0.08530.3552-42.9156-67.402210.2752
182.1008-2.1034-0.61022.11710.88573.22180.23461.5742-0.778-1.1248-0.3539-1.19030.26851.04780.2440.54090.03810.3461.1036-0.11991.0817-16.6108-71.2355-8.703
191.8443-0.3007-3.63931.78241.92498.1880.14170.22190.2830.0931-0.12070.1399-0.1126-0.7163-0.00580.3761-0.1479-0.20310.31140.14190.2732-40.2861-58.964316.112
202.77051.2099-1.74210.5878-0.59211.56520.6890.75270.9833-1.4196-0.1268-2.328-0.96151.7101-0.71280.9896-0.16180.37211.5831-0.04741.7103-6.3139-64.6102-2.6623
213.9373-0.56090.97871.4238-1.12954.72140.0582-0.02790.73452.1748-0.3975-0.7210.2170.32110.20310.6204-0.3713-0.14381.0494-0.10570.6098-31.2362-41.176642.6079
222.90270.4814-0.89352.8493-1.12872.13860.3836-0.51760.28120.4357-0.3165-0.02080.26520.209-0.14140.6598-0.14210.11670.55010.01150.0626-44.1303-53.946146.5464
234.6113-1.1375-0.74057.30080.40622.50810.06620.0949-0.45930.43620.41952.57960.0482-1.9909-0.86211.0946-0.12970.01651.13280.42391.1177-62.9858-78.163851.5461
244.35353.0863-1.78496.7522-2.32862.71180.02180.21361.00550.12140.44881.3177-0.0689-0.593-0.55320.2803-0.0785-0.01140.51220.05350.3156-45.064-50.380237.4876
252.68372.4496-1.05486.7356-0.82852.9145-0.20390.1581-0.3386-0.14740.4136-0.1360.8735-0.1862-0.00490.8225-0.21360.06480.78270.00920.1811-44.7493-69.309138.3966
268.6198-3.006-0.04939.0489-3.88152.48110.03721.0228-0.2075-1.22760.40670.6529-0.0792-1.5667-0.38850.62460.0374-0.01261.032-0.08360.289510.8821-38.5194-11.5849
272.201-0.07220.39341.89440.88794.08880.25780.4204-0.4564-0.0441-0.1907-0.05490.88170.0770.03120.54650.07540.15820.6221-0.11770.108921.2678-47.8478-14.1843
281.5961-0.0451-0.73330.63490.57960.8291-0.44590.2675-0.756-0.8249-0.22540.70120.52420.0038-0.37372.06660.40990.18730.8621-0.25420.90729.01-76.5705-15.674
294.5437-2.8839-1.05916.06610.83812.60960.36460.59890.2084-0.958-0.1954-0.83480.07680.627-0.01810.3816-0.13310.00790.74340.03030.172424.8879-43.0693-6.7319
303.0312-1.8010.99672.7012-1.76361.58-0.11320.2228-0.6197-0.13640.33620.11940.39460.2468-0.12520.40890.05530.05610.5412-0.06680.302221.4083-58.1556-3.1765
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 21:51)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 58:78)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 79:163)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 164:190)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 191:231)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 23:52)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 58:90)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 91:167)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 168:189)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 190:229)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN C AND RESID 23:47)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN C AND RESID 48:90)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN C AND RESID 91:156)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN C AND RESID 157:210)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN C AND RESID 211:226)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN D AND RESID 23:48)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN D AND RESID 60:106)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN D AND RESID 107:156)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN D AND RESID 157:210)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN D AND RESID 211:227)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN F AND RESID 22:65)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN F AND RESID 66:116)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN F AND RESID 117:135)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN F AND RESID 136:189)
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN F AND RESID 190:230)
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN E AND RESID 25:47)
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN E AND RESID 48:108)
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN E AND RESID 109:145)
29X-RAY DIFFRACTION29(CHAIN E AND RESID 146:184)
30X-RAY DIFFRACTION30(CHAIN E AND RESID 185:224)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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