PDB-3zc1: Crystal structure of AfC3PO

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zc1

タイトル

Crystal structure of AfC3PO

要素

AFTRAX

キーワード

HYDROLASE / TRANSLIN / TRAX / RNA INTERFERENCE / RNAI / RNA SILENCING / SIRNA / PASSENGER STRAND / RISC

機能・相同性

機能・相同性情報

sequence-specific DNA binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.269 Å

データ登録者

Parizotto, E.A. / Lowe, E.D. / Parker, J.S.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Duplex RNA Recognition and Cleavage by Archaeoglobus Fulgidus C3Po.
著者: Parizotto, E.A. / Lowe, E.D. / Parker, J.S.

履歴

登録	2012年11月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月30日	Group: Database references
改定 1.2	2013年2月27日	Group: Database references
改定 1.3	2013年3月20日	Group: Database references
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zc1.cif.gz	298.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zc1.ent.gz	241.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zc1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zc1_validation.pdf.gz	498.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zc1_full_validation.pdf.gz	538.6 KB	表示
XML形式データ	3zc1_validation.xml.gz	53.1 KB	表示
CIF形式データ	3zc1_validation.cif.gz	72.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/3zc1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/3zc1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zc0SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jre-d 3qb5-1 3pja-2 3zc0-1 3zc0-3 3pja-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AFTRAX

B: AFTRAX

C: AFTRAX

D: AFTRAX

E: AFTRAX

F: AFTRAX

G: AFTRAX

H: AFTRAX

ヘテロ分子

183 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.310, 183.310, 111.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2
1	3
2	3
1	4
2	4

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND NOT (RESID 7 OR RESID 47 OR...
2	1	1	CHAIN E
1	1	2	CHAIN B AND NOT (RESID 7 OR RESID 47 OR RESID 148 OR RESID 165 OR RESID 179)
2	1	2	CHAIN F
1	1	3	CHAIN C AND NOT (RESID 7 OR RESID 147 OR RESID 166)
2	1	3	CHAIN G
1	1	4	CHAIN D AND NOT (RESID 7 OR RESID 12 OR RESID 28 OR RESID 42 OR RESID 52 OR RESID 148 OR RESID 164)
2	1	4	CHAIN H

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.369385, -0.476777, 0.797645), (-0.478362, -0.638332, -0.603077), (0.796696, -0.604331, 0.007718)	10.1696, 96.3558, 49.7779
2	given	(-0.362161, -0.471693, 0.803956), (-0.474901, -0.648794, -0.594588), (0.802065, -0.597136, 0.01096)	9.82556, 96.3543, 49.4169
3	given	(-0.350248, -0.482835, 0.802619), (-0.483557, -0.640665, -0.596423), (0.802184, -0.597008, -0.009086)	10.4637, 96.5685, 50.3049
4	given	(-0.367866, -0.472221, 0.80105), (-0.480078, -0.64132, -0.598526), (0.796367, -0.604744, 0.009217)	10.3976, 96.5798, 49.7541

#1: タンパク質	AFTRAX / AF2260 分子量: 22843.406 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 株: VC-16 解説: DSMZ, GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS AND CELL CULTURES プラスミド: PTWO-E / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O28024
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	CRYSTALLISED AFTRAX MOLECULE CONTAINS REMAINDER OF N- TERMINAL TAG (GLY-PRO-HIS)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 % 解説: A PRELIMARY MODEL WAS BUILT USING SAD DATA TO 3.41 ANGSTROMS. THIS WAS THEN USED TO SOLVE BY MR A 2.98 ANGSTROM DATASET OF A DIFFERENT CRYSTAL FORM, WHOSE REFINED MODEL WAS THEN USED TO SOLVE ...解説: A PRELIMARY MODEL WAS BUILT USING SAD DATA TO 3.41 ANGSTROMS. THIS WAS THEN USED TO SOLVE BY MR A 2.98 ANGSTROM DATASET OF A DIFFERENT CRYSTAL FORM, WHOSE REFINED MODEL WAS THEN USED TO SOLVE BY MR THE NATIVE DATASET.
結晶化	pH: 5.5 詳細: 9.5 - 10 % PEG 3K, 100 MM KCL, 200 MM MGCL2, 40 MM SODIUM CACODYLATE PH 5.5, 5 MM DTT.

結晶

マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
解説: A PRELIMARY MODEL WAS BUILT USING SAD DATA TO 3.41 ANGSTROMS. THIS WAS THEN USED TO SOLVE BY MR A 2.98 ANGSTROM DATASET OF A DIFFERENT CRYSTAL FORM, WHOSE REFINED MODEL WAS THEN USED TO SOLVE ...

結晶化

pH: 5.5
詳細: 9.5 - 10 % PEG 3K, 100 MM KCL, 200 MM MGCL2, 40 MM SODIUM CACODYLATE PH 5.5, 5 MM DTT.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月1日 / 詳細: COMPOUND REFRACTIVE LENSES
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.27→70.75 Å / Num. obs: 29895 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.2 % / B_iso Wilson estimate: 106.14 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 3.27→3.35 Å / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot		モデル構築
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
SCALA		データスケーリング
SnB		位相決定
autoSHARP		位相決定
PHENIX	AUTOBUILD	位相決定
Coot		位相決定
PHENIX		位相決定
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZC0

3zc0

解像度: 3.269→53.56 Å / SU ML: 1.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.98 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: USED PHENIX.REFINE VERSION 1.7.2. PROTEIN CHAINS COMPLETE EXCEPT 110 OUT OF 1568 SIDE CHAINS MODELLED AS ALANINE STUBS AND 6 TO 9 RESIDUES AT EACH C TERMINUS, MISSING DUE TO INSUFFICIENT ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2813	3776	6.8 %
R_work	0.2205	-	-
obs	0.2246	29852	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 76.212 Å² / k_sol: 0.288 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 103.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-15.74 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-15.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	31.4801 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.269→53.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11807	0	5	8	11820

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	11979
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.279	16123
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.198	4486
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	1851
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2080

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1402	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	E	1402	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
2	1	B	1418	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	F	1418	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
3	1	C	1408	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	G	1408	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
4	1	D	1355	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	H	1355	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2694-3.3108	0.4561	136	0.386	1932	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3108-3.3543	0.3886	142	0.3542	1952	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3543-3.4003	0.4048	140	0.3357	1935	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4003-3.4488	0.4199	132	0.3231	1920	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4488-3.5003	0.3462	141	0.309	1928	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5003-3.555	0.3833	138	0.2925	1930	X-RAY DIFFRACTION	100
3.555-3.6133	0.3811	135	0.301	1941	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6133-3.6756	0.4127	137	0.2923	1941	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6756-3.7424	0.2816	138	0.2523	1931	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7424-3.8143	0.3365	142	0.2373	1936	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8143-3.8922	0.3258	139	0.2372	1931	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8922-3.9768	0.3114	144	0.2345	1941	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9768-4.0693	0.2713	137	0.2136	1916	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0693-4.171	0.26	140	0.197	1951	X-RAY DIFFRACTION	100
4.171-4.2837	0.2778	141	0.2223	1944	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2837-4.4097	0.2915	137	0.2168	1906	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4097-4.552	0.3113	141	0.2064	1949	X-RAY DIFFRACTION	100
4.552-4.7146	0.2509	141	0.2043	1942	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7146-4.9032	0.3168	140	0.2113	1906	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9032-5.1262	0.2865	140	0.2264	1947	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1262-5.3962	0.338	144	0.2476	1938	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3962-5.7339	0.3227	143	0.2648	1916	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7339-6.1761	0.3426	142	0.2273	1947	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1761-6.7965	0.2419	142	0.2138	1930	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7965-7.7774	0.2184	137	0.1676	1943	X-RAY DIFFRACTION	100
7.7774-9.7889	0.1756	144	0.138	1915	X-RAY DIFFRACTION	99
9.7889-53.5673	0.2251	143	0.1944	1923	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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