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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zbv | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of murine Angiogenin-2 | ||||||
![]() | ANGIOGENIN-2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / RIBONUCLEASE A | ||||||
機能・相同性 | ![]() cell growth involved in cardiac muscle cell development / cardiac muscle hypertrophy / RNA nuclease activity / cellular response to glucose stimulus / cytoplasmic vesicle / endonuclease activity / positive regulation of protein phosphorylation / nucleolus / DNA binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Iyer, S. / Holloway, D.E. / Acharya, K.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Murine Angiogenin-2 and -3 - Probing 'Structure - Function' Relationships Amongst Angiogenin Homologues. 著者: Iyer, S. / Holloway, D.E. / Acharya, K.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 42.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14127.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.02 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG 550 MME, 0.1M MES; PH 6.5 AND 0.01M ZNSO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月4日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→40 Å / Num. obs: 29725 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.74 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 92.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2BWK 解像度: 1.64→17.69 Å / SU B: 1.508 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.568 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→17.69 Å
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拘束条件 |
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