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- PDB-3x16: Crystal structure of the catalase-peroxidase KatG W78F mutant fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3x16
タイトルCrystal structure of the catalase-peroxidase KatG W78F mutant from Synechococcus elongatus PCC7942
要素Catalase-peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / peroxidase / catalase subfamily / heme b Fe / cross-link / Trp-Tyr-Met adduct
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase-peroxidase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to hydrogen peroxide / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalase-peroxidase haem / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidase; domain 1 / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase ...Catalase-peroxidase haem / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidase; domain 1 / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME B/C / Catalase-peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Tada, T. / Wada, K. / Kamachi, S.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the catalase-peroxidase KatG W78F mutant from Synechococcus elongatus PCC7942 in complex with the antitubercular pro-drug isoniazid.
著者: Kamachi, S. / Hirabayashi, K. / Tamoi, M. / Shigeoka, S. / Tada, T. / Wada, K.
履歴
登録2014年10月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_chiral

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catalase-peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8155
ポリマ－80,1281
非ポリマー6874
水2,792155
1
A: Catalase-peroxidase
ヘテロ分子

A: Catalase-peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,63010
ポリマ－160,2552
非ポリマー1,3758
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-11
Buried area12870 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area48580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.254, 108.254, 203.225
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Catalase-peroxidase / CP / Peroxidase/catalase


分子量: 80127.625 Da / 分子数: 1 / 断片: catalase-peroxidase (KatG) / 変異: W78F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア)
株: PCC7942 / 遺伝子: katG, Synpcc7942_1656 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q31MN3, catalase-peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-HEB / HEME B/C / HYBRID BETWEEN B AND C TYPE HEMES (PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE)


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.89 % / Mosaicity: 0.6 ° / Mosaicity esd: 0.003 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 4.3M Sodium formate, 0.1M sodium citrate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 35801 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Χ2: 17.889 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.65-2.7411.10.49166530.1430.5132.88599.4
2.74-2.8511.10.39967030.1160.4163.97199.6
2.85-2.9811.10.3167380.090.3234.33499.8
2.98-3.1411.20.25167310.0720.2616.11999.8
3.14-3.3411.30.19367050.0550.2019.67899.8
3.34-3.611.60.16167400.0450.16814.95899.8
3.6-3.96120.13967400.0390.14519.3299.9
3.96-4.5312.40.14367510.040.14827.516100
4.53-5.7113.30.1667900.0440.16631.634100
5.71-5014.40.11668050.0320.12144.82999.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.65→42.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 9.744 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.391 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2538 1784 5 %RANDOM
Rwork0.1966 ---
obs0.1995 33798 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 133.75 Å2 / Biso mean: 49.294 Å2 / Biso min: 21.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→42.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5579 0 46 155 5780
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0195785
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025320
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9171.957878
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.913312214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.245709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.48624.205283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.30315901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0061541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2820
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216692
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9174.8052839
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.9164.8032838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.797.1963547
LS精密化 シェル解像度: 2.652→2.721 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 119 -
Rwork0.298 2439 -
all-2558 -
obs--99.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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