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万見
- PDB-3wy6: Structure of hyperthermophilic family 12 endocellulase (E197A) fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wy6
タイトルStructure of hyperthermophilic family 12 endocellulase (E197A) from Pyrococcus furiosus in complex with laminaribiose
要素Endoglucanase A
キーワードHYDROLASE / Beta-jelly roll / Glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase activity / polysaccharide catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 12 / Glycosyl hydrolase family 12 / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-laminaribiose / beta-D-glucopyranose / Endoglucanase A
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Kataoka, M. / Ishikawa, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of hyperthermophilic family 12 endocellulase (E197A) from Pyrococcus furiosus in complex with laminaribiose
著者: Kataoka, M. / Ishikawa, K.
履歴
登録2014年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,12617
ポリマ－35,9581
非ポリマー2,16916
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.030, 118.865, 46.873
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-600-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Endoglucanase A


分子量: 35957.543 Da / 分子数: 1 / 変異: E197A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: eglA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V2T0, cellulase

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose / beta-laminaribiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗菌剤 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-laminaribiose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5]/1-1/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 254分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.28 % / Mosaicity: 0.447 ° / Mosaicity esd: 0.004 °
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.12M CHES, 0.5M potassium sodium tartrate, 0.1M lithium sulfate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月17日
放射モノクロメーター: double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 55555 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 0.981 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.45-1.482.70.38425650.79890.7
1.48-1.52.80.35126080.83891.1
1.5-1.532.90.33426180.85390.8
1.53-1.5630.29526180.86291.4
1.56-1.63.10.27326370.91892.2
1.6-1.633.20.24626430.97292.2
1.63-1.673.20.2327060.97693.7
1.67-1.723.30.21226640.99193.2
1.72-1.773.40.18227340.99695
1.77-1.833.50.15627501.04495.9
1.83-1.893.70.12827861.08996.5
1.89-1.973.80.10728421.04597.8
1.97-2.063.90.09628261.03198.3
2.06-2.174.10.09528611.06398.8
2.17-2.34.20.10628831.02198.9
2.3-2.484.20.1229070.9899.3
2.48-2.734.30.11828931.00399
2.73-3.124.40.0829460.98799
3.12-3.944.60.0329690.94899.4
3.94-504.50.02230990.96998.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→41.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / WRfactor Rfree: 0.1669 / WRfactor Rwork: 0.1208 / FOM work R set: 0.907 / SU B: 2.387 / SU ML: 0.039 / SU R Cruickshank DPI: 0.0564 / SU Rfree: 0.0595 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1779 2790 5 %RANDOM
Rwork0.1255 ---
obs0.1281 55555 95.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 124.47 Å2 / Biso mean: 16.696 Å2 / Biso min: 5.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3----0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→41.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2163 0 137 240 2540
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.022447
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2161.9933356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.175288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.82424.854103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.0315355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.994157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1740.2381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0211814
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.15832446
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free47.729586
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.99852537
LS精密化 シェル解像度: 1.451→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 177 -
Rwork0.244 3498 -
all-3675 -
obs--86.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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