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- PDB-3wvs: Crystal Structure of Cytochrome P450revI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wvs
タイトルCrystal Structure of Cytochrome P450revI
要素Putative monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-RRM / L(+)-TARTARIC ACID / Putative monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Nagano, S. / Takahashi, S. / Osada, H. / Shiro, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure-function analyses of cytochrome P450revI involved in reveromycin A biosynthesis and evaluation of the biological activity of its substrate, reveromycin T.
著者: Takahashi, S. / Nagano, S. / Nogawa, T. / Kanoh, N. / Uramoto, M. / Kawatani, M. / Shimizu, T. / Miyazawa, T. / Shiro, Y. / Osada, H.
履歴
登録2014年6月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5249
ポリマ－44,7521
非ポリマー1,7728
水7,044391
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.779, 73.472, 58.305
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Putative monooxygenase / Cytochrome P450revI


分子量: 44751.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces (バクテリア) / 株: SN-593 / 遺伝子: revI / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star(DE3) / 参照: UniProt: G1UDU7

-
非ポリマー , 5種, 399分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-RRM / (2E,4S,5S,6E,8E)-10-{(2R,3S,6S,8R,9S)-9-butyl-8-[(1E,3E)-4-carboxy-3-methylbuta-1,3-dien-1-yl]-3-methyl-1,7-dioxaspiro[5.5]undec-2-yl}-5-hydroxy-4,8-dimethyldeca-2,6,8-trienoic acid


分子量: 544.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H48O7
#4: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: PEG3350, Tartrate, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL40B210.93
シンクロトロンSPring-8 BL44B221.73819, 1.74069, 1.71660
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2008年4月10日
ADSC QUANTUM 2102CCD2008年4月18日
放射
IDモノクロメータープロトコル散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHx-ray1
2Si 111 CHANNELMADx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.931
21.738191
31.740691
41.71661
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 81049 / Num. obs: 81049 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.4→1.4 Å / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
REFMACrefmac_5.4.0077精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.4→27.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.188 / WRfactor Rwork: 0.171 / SU B: 0.823 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1884 4061 5 %RANDOM
Rwork0.1732 ---
all0.174 81016 --
obs0.174 81016 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 43.11 Å2 / Biso mean: 11.792 Å2 / Biso min: 3.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å20 Å20.27 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→27.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3090 0 122 391 3603
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0223390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1612.0444623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9335418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.65122.517151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.93915553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5191537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4361.52038
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.86623289
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4231352
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3354.51330
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.399-1.4360.2663020.2285536601597.057
1.436-1.4750.2132670.2025552582099.983
1.475-1.5180.2132650.1925407567499.965
1.518-1.5640.2122670.1875264553299.982
1.564-1.6150.1792580.1815082534199.981
1.615-1.6720.1892850.1754875516299.961
1.672-1.7350.1912320.1794741497799.92
1.735-1.8060.2172380.174560479999.979
1.806-1.8860.1962190.17244284647100
1.886-1.9780.1842410.1714106435199.908
1.978-2.0850.1872320.1713993422899.929
2.085-2.2110.1781950.16937613956100
2.211-2.3640.1792110.1733513372699.946
2.364-2.5530.2021810.1663295347899.942
2.553-2.7960.1941580.1723061322199.938
2.796-3.1250.1971570.172749291199.828
3.125-3.6060.1481060.1572454256399.883
3.606-4.4110.1391090.1452062217799.724
4.411-6.2180.179840.1721616170299.882
6.218-53.9950.226540.20890096998.452

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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