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- PDB-3wvp: Time-Resolved Crystal Structure of HindIII with 60sec soaking -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wvp
タイトルTime-Resolved Crystal Structure of HindIII with 60sec soaking
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
  • Type-2 restriction enzyme HindIII
キーワードHYDROLASE/DNA / FREEZE-TRAP / time-resolved / TYPE II RESTRICTION ENZYME / HYDROLASE / ENDONUCLEASE / nuclease / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system
類似検索 - 分子機能
Type II restriction endonuclease, HindIII / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1510 / Restriction endonuclease, type II, HindIII / Restriction endonuclease, type II, HindIII superfamily / HindIII restriction endonuclease / Restriction Endonuclease / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme HindIII
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
synthetic (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kawamura, T. / Kobayashi, T. / Watanabe, N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Analysis of the HindIII-catalyzed reaction by time-resolved crystallography
著者: Kawamura, T. / Kobayashi, T. / Watanabe, N.
履歴
登録2014年6月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Type-2 restriction enzyme HindIII
D: Type-2 restriction enzyme HindIII
K: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
L: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
A: Type-2 restriction enzyme HindIII
B: Type-2 restriction enzyme HindIII
I: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
J: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
M: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
N: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
O: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*A)-3')
P: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*A)-3')
Q: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
R: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
S: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*A)-3')
T: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,58132
ポリマ－183,77420
非ポリマー80812
水6,089338
1
A: Type-2 restriction enzyme HindIII
B: Type-2 restriction enzyme HindIII
G: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,72710
ポリマ－77,3234
非ポリマー4046
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Type-2 restriction enzyme HindIII
B: Type-2 restriction enzyme HindIII
M: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
N: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
O: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*A)-3')
P: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,63712
ポリマ－77,2336
非ポリマー4046
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Type-2 restriction enzyme HindIII
D: Type-2 restriction enzyme HindIII
E: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,72710
ポリマ－77,3234
非ポリマー4046
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Type-2 restriction enzyme HindIII
D: Type-2 restriction enzyme HindIII
Q: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
R: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
S: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*A)-3')
T: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,63712
ポリマ－77,2336
非ポリマー4046
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
J: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3272
ポリマ－7,3272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
L: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3272
ポリマ－7,3272
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.495, 140.704, 96.467
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 CDAB

#1: タンパク質
Type-2 restriction enzyme HindIII / R.HindIII / Endonuclease HindIII / Type II restriction enzyme HindIII


分子量: 34998.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: Rd KW20 / 遺伝子: hindIIIR, HI_1393 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: P43870, type II site-specific deoxyribonuclease

-
DNA鎖 , 3種, 16分子 KLIJEFGHMNQROPST

#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
詳細: This DNA sequence synthesized chemically contains cognate HindIIIR recognition sequence and elongated scaffolds on both sides
由来: (合成) synthetic (人工物)
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 2442.616 Da / 分子数: 4 / Fragment: 3'-fragment of cleaved cognate DNA / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物)
#4: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*CP*CP*A)-3')


分子量: 1175.819 Da / 分子数: 4 / Fragment: 5'-fragment of cleaved cognate DNA / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 350分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10-15% PEG 3350, 300mM NaSCN, 10% v/v Glycerol, 100mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 87848 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.915 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0069精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A4K

3a4k


解像度: 2.3→39.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 7.522 / SU ML: 0.176 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23044 4430 5 %RANDOM
Rwork0.18172 ---
obs0.18423 83386 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.958 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0.02 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9808 2920 32 338 13098
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01713392
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211612
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.641.75318624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.993326872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.55351208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.11525.6500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.933152024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0191544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213048
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023060
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1563.8574832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1533.8574831
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6355.7746040
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2134.1658560
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.301→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 323 -
Rwork0.287 6016 -
obs--97.4 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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