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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wvk | ||||||
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タイトル | Time-Resolved Crystal Structure of HindIII with 230sec soaking | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / FREEZE-TRAP / time-resolved / type IIP restriction endonuclease / restriction endonuclease / hydrolase / nuclease / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) synthetic (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Kawamura, T. / Kobayashi, T. / Watanabe, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015 タイトル: Analysis of the HindIII-catalyzed reaction by time-resolved crystallography 著者: Kawamura, T. / Kobayashi, T. / Watanabe, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3wvk.cif.gz | 312.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3wvk.ent.gz | 248.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3wvk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3wvk_validation.pdf.gz | 503.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3wvk_full_validation.pdf.gz | 515.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3wvk_validation.xml.gz | 48.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3wvk_validation.cif.gz | 70.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/3wvk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/3wvk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 34998.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 株: Rd KW20 / 遺伝子: hindIIIR, HI_1393 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: P43870, type II site-specific deoxyribonuclease |
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-DNA鎖 , 3種, 12分子 MNOPEGIKFHJL
#2: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 詳細: This DNA sequence synthesized chemically contains cognate HindIIIR recognition sequence and elongated scaffolds on both sides 由来: (合成) synthetic (人工物) #3: DNA鎖 | 分子量: 1175.819 Da / 分子数: 4 / Fragment: 5'-fragment of cleaved cognate DNA / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物) #4: DNA鎖 | 分子量: 2442.616 Da / 分子数: 4 / Fragment: 3'-fragment of cleaved cognate DNA / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物) |
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-非ポリマー , 3種, 463分子
#5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | ChemComp-MN / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10-15% PEG 3350, 300mM NaSCN, 10% v/v Glycerol, 100mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月19日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 133005 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 20.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 21.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.804 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3A4K 解像度: 2→39.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 4.064 / SU ML: 0.109 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 110.79 Å2 / Biso mean: 36.799 Å2 / Biso min: 15.44 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→39.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.004→2.056 Å / Total num. of bins used: 20
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