PDB-3wv8: ATP-bound HcgE from Methanothermobacter marburgensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wv8

タイトル

ATP-bound HcgE from Methanothermobacter marburgensis

要素

Hmd co-occurring protein HcgE

キーワード

TRANSFERASE / E1 enzyme superfamily / UBA/THIF-type NAD/FAD binding fold / Adenylyltransferase / ATP binding

機能・相同性

Uncharacterised conserved protein UCP006529, dinucleotide-utilising ThiF/HesA / ATP binding / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Hmd co-occurring protein HcgE

機能・相同性情報

生物種

Methanothermobacter marburgensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Protein-pyridinol thioester precursor for biosynthesis of the organometallic acyl-iron ligand in [Fe]-hydrogenase cofactor
著者: Fujishiro, T. / Kahnt, J. / Ermler, U. / Shima, S.

履歴

登録	2014年5月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wv8.cif.gz	171.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wv8.ent.gz	136.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wv8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/3wv8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/3wv8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wv7C 3wv9C 3wvaC 3wvbC 3wvcC 1zudS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4mr0-1 4rm5-6 1avg-d 3fbu-d 2prz-1 4r0q-2 2jig-d 6bsr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hmd co-occurring protein HcgE

B: Hmd co-occurring protein HcgE

ヘテロ分子

48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.920, 84.920, 120.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 10 - 210 / Label seq-ID: 10 - 210

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Hmd co-occurring protein HcgE 分子量: 23738.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter marburgensis (古細菌) 株: DSM 2133 / 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg / 遺伝子: hcgE, MTBMA_c15310 / プラスミド: pET24b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: D9PY12, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 35%(w/v)pentaerythritol ethoxylate 270, 200mM ammonium sulfate, 100mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月30日

放射

モノクロメーター: A Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 45607 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.1 % / B_iso Wilson estimate: 34.573 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / Χ²: 0.961 / Net I/σ(I): 18.71

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.8-2		0.91	0.584	4.21	124213	12319	12319	0.616	100
2-2.2		0.972	0.272	8.83	83126	8246	8246	0.286	100
2.2-2.4		0.989	0.154	14.81	58333	5709	5709	0.162	100
2.4-2.6		0.994	0.109	20.07	43229	4118	4118	0.115	100
2.6-2.8		0.997	0.083	24.49	30170	3016	3016	0.088	100
2.8-3.3		0.998	0.061	32.54	48394	4723	4722	0.064	100
3.3-4.3		0.998	0.047	41.9	40300	4061	4061	0.049	100
4.3-5.9		0.999	0.043	48.27	21592	2093	2092	0.045	100
5.9-8		0.998	0.042	46.17	7552	784	784	0.044	100
8-12		0.994	0.042	49.81	3822	373	373	0.045	100
	12	0.999	0.047	48.92	1686	170	167	0.05	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0071	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ZUD

1zud

解像度: 1.8→46.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 2.017 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.024 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	2320	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1934	-	-	-
obs	0.195	45604	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.77 Å² / B_iso mean: 30.475 Å² / B_iso min: 12.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3048	0	72	220	3340

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.019	3180
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.731	2.004	4326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.222	5	404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.568	24.046	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.729	15	541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.952	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.197	0.2	505
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.017	0.021	2336
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.008	1.947	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.909	2.905	2010
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.18	2.317	1570

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 240 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.16 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.178	141	-
R_work	0.147	3240	-
all	-	3381	-
obs	-	-	99.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7136	-0.0452	0.3105	1.3884	-0.0695	1.0123	-0.0609	0.0347	-0.0144	0.1097	-0.0299	0.0319	0.0178	-0.0327	0.0907	0.0724	0.01	0.0348	0.056	0.0038	0.0267	6.052	-13.61	5.985
2	0.9979	0.5455	0.5878	2.0209	0.2453	0.7384	-0.0733	-0.1166	-0.0698	0.1738	0.0175	0.039	-0.1289	-0.0656	0.0558	0.1135	0.0205	0.0296	0.0843	0.0159	0.0522	5.438	-13.624	14.451
3	0.6153	0.0834	0.4153	1.1964	-0.0056	0.3616	-0.0024	0.0157	-0.0456	-0.0232	-0.0564	-0.1924	0.0647	0.0383	0.0588	0.0816	0.0298	0.0582	0.0704	0.0356	0.1199	18.997	-21.9	2.083
4	0.3385	-0.1681	-0.0811	0.38	-0.4103	0.7533	0.0218	0.0371	-0.1161	-0.1499	-0.0885	0.043	0.1564	0.0686	0.0667	0.1546	0.0494	0.0104	0.1042	0.0081	0.0877	13.743	-14.118	-6.772
5	0.4192	0.0276	-0.8048	1.2926	0.5101	1.8612	-0.0309	-0.0185	-0.0675	-0.1892	-0.0388	-0.0675	-0.0616	0.0748	0.0697	0.1012	0.0287	0.0534	0.1084	0.0103	0.0458	18.201	-15.049	-13.52
6	0.6954	-0.4722	0.6533	2.1445	-0.1701	0.6556	0.0478	0.1843	0.0247	-0.1827	-0.0585	-0.1316	0.0142	0.1837	0.0107	0.101	0.0072	0.03	0.1156	0.0216	0.0463	14.785	0.065	-5.664
7	1.1671	0.923	0.6087	3.2432	2.0494	1.307	0.0873	0.1304	-0.0186	-0.0228	-0.1772	0.1152	0.0091	-0.0892	0.09	0.0897	0.025	0.0393	0.1089	-0.0098	0.053	3.244	-17.303	-6.482
8	0.975	3.2661	-2.2732	11.1423	-8.1727	7.0252	-0.0802	0.1028	0.392	-0.0953	0.3449	1.069	-0.258	-0.4434	-0.2646	0.2048	-0.0314	-0.14	0.2163	0.0242	0.529	-3.56	-23.663	26.046
9	0.8099	0.205	-0.4324	1.0168	-0.4805	0.7275	-0.0354	-0.0103	0.031	-0.0632	-0.0078	-0.0712	0.0351	-0.0331	0.0432	0.0711	-0.0054	-0.0105	0.0522	-0.0028	0.0127	7.412	-37.063	20.487
10	0.0945	-0.0357	-0.1151	1.1341	-0.2629	0.894	-0.0019	0.0454	0.0293	-0.182	-0.0182	-0.079	0.0536	-0.0843	0.02	0.0874	-0.0055	0.0093	0.0789	0.0225	0.0363	10.52	-31.63	14.983
11	1.1788	-0.3746	-0.1727	2.1489	0.3593	0.4871	0.0146	-0.0023	0.1183	0.1108	-0.0198	-0.228	-0.0547	0.0898	0.0052	0.0734	-0.0284	-0.0412	0.0708	0.0092	0.0577	19.211	-28.25	29.046
12	0.6468	0.3113	-0.2109	4.3598	-0.0018	0.5191	-0.0353	-0.1828	0.0566	0.1113	0.0466	-0.1379	0.0188	0.0944	-0.0113	0.0989	-0.0199	-0.0498	0.0998	-0.0064	0.0305	13.346	-35.712	36.432
13	0.6799	0.2049	-0.7918	3.1065	-0.3262	1.2781	0.0185	-0.3651	0.0209	0.5233	-0.0547	-0.3325	0.0142	0.2568	0.0362	0.1857	-0.0335	-0.1	0.2768	-0.0338	0.0954	20.118	-33.788	40.073
14	0.8996	-0.7824	-0.0205	1.4182	0.3504	0.307	-0.002	-0.1142	0.0197	0.1236	-0.0213	-0.0166	0.0173	-0.0024	0.0232	0.1014	-0.0188	-0.0209	0.1057	0.0007	0.0098	8.793	-40.397	33.445

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	61 - 86
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	87 - 125
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	126 - 144
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	145 - 181
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	182 - 194
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	195 - 210
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	10 - 15
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	16 - 60
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	61 - 102
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	103 - 126
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	127 - 152
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	153 - 181
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	182 - 210

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)