+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3wu5 | ||||||
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Title | Reduced E.coli Lon Proteolytic domain | ||||||
Components | Lon protease | ||||||
Keywords | HYDROLASE / REDUCED FORM / LON PROTEASE / CATALYTIC DYAD SER-LYS / ATP BINDING | ||||||
Function / homology | Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / : Function and homology information | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.07 Å | ||||||
Authors | Nishii, W. / Kukimoto-Niino, M. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Muramatsu, T. / Yokoyama, S. | ||||||
Citation | Journal: Nat. Chem. Biol. / Year: 2015 Title: A redox switch shapes the Lon protease exit pore to facultatively regulate proteolysis. Authors: Nishii, W. / Kukimoto-Niino, M. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Muramatsu, T. / Kojima, M. / Kihara, H. / Yokoyama, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3wu5.cif.gz | 421.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3wu5.ent.gz | 350.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3wu5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3wu5_validation.pdf.gz | 474.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3wu5_full_validation.pdf.gz | 483 KB | Display | |
Data in XML | 3wu5_validation.xml.gz | 38.5 KB | Display | |
Data in CIF | 3wu5_validation.cif.gz | 52.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/3wu5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/3wu5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3wu3C 3wu4C 3wu6C 1rr9S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21366.500 Da / Num. of mol.: 6 Fragment: C-TERMINAL PROTEOLYTIC DOMAIN, UNP RESIDUES 585-784 Mutation: S679A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K-12, W3110 / Gene: LON, ECDH1_3170, ECDH1ME8569_0424 / Plasmid: PMAL-C2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: C9QQ79 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 2.0M AMMONIUM SULFATE, 0.1M BIS-TRIS, 10MM DTT, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL26B2 / Wavelength: 1 |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 12, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.069→50 Å / Num. obs: 63282 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.5 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 21.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.07→2.14 Å / Redundancy: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.996 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1RR9 Resolution: 2.07→40.79 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.98 / Phase error: 28.59 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.07→40.79 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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