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- PDB-3wqp: Crystal structure of Rubisco T289D mutant from Thermococcus kodak... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wqp
タイトルCrystal structure of Rubisco T289D mutant from Thermococcus kodakarensis
要素Ribulose bisphosphate carboxylase
キーワードLYASE / decamer / protein-ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


AMP catabolic process / ribulose-bisphosphate carboxylase / carbon fixation / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase, type III / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain ...Ribulose bisphosphate carboxylase, type III / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / Ribulose bisphosphate carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Fujihashi, M. / Nishitani, Y. / Kiriyama, T. / Miki, K.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Mutation design of thermophilic Rubisco based on the three-dimensional structure enhances its activity at ambient temperature
著者: Kiriyama, T. / Fujihashi, M. / Nishitani, Y. / Aono, R. / Sato, T. / Takai, T. / Tagashira, K. / Fukuda, W. / Atomi, H. / Imanaka, T. / Miki, K.
履歴
登録2014年1月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose bisphosphate carboxylase
B: Ribulose bisphosphate carboxylase
C: Ribulose bisphosphate carboxylase
D: Ribulose bisphosphate carboxylase
E: Ribulose bisphosphate carboxylase
F: Ribulose bisphosphate carboxylase
G: Ribulose bisphosphate carboxylase
H: Ribulose bisphosphate carboxylase
I: Ribulose bisphosphate carboxylase
J: Ribulose bisphosphate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)502,76040
ポリマ－498,33510
非ポリマー4,42530
水36,2282011
1
A: Ribulose bisphosphate carboxylase
B: Ribulose bisphosphate carboxylase
C: Ribulose bisphosphate carboxylase
D: Ribulose bisphosphate carboxylase
E: Ribulose bisphosphate carboxylase
ヘテロ分子

A: Ribulose bisphosphate carboxylase
B: Ribulose bisphosphate carboxylase
C: Ribulose bisphosphate carboxylase
D: Ribulose bisphosphate carboxylase
E: Ribulose bisphosphate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)502,76040
ポリマ－498,33510
非ポリマー4,42530
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area65390 Å2
ΔGint-346 kcal/mol
Surface area126270 Å2
手法PISA
2
F: Ribulose bisphosphate carboxylase
G: Ribulose bisphosphate carboxylase
H: Ribulose bisphosphate carboxylase
I: Ribulose bisphosphate carboxylase
J: Ribulose bisphosphate carboxylase
ヘテロ分子

F: Ribulose bisphosphate carboxylase
G: Ribulose bisphosphate carboxylase
H: Ribulose bisphosphate carboxylase
I: Ribulose bisphosphate carboxylase
J: Ribulose bisphosphate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)502,76040
ポリマ－498,33510
非ポリマー4,42530
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area65560 Å2
ΔGint-346 kcal/mol
Surface area126270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.566, 246.238, 144.628
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11I-651-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase / RuBisCO / Ribulose-1 / 5-bisphosphate carboxylase/decarboxylase


分子量: 49833.465 Da / 分子数: 10 / 変異: T289D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
株: KOD1 / 遺伝子: rbcL, rbc, TK2290 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O93627, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 糖
ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O13P2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2011 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: Sodium Acetate 100mM (pH6.0), PEG 6000 5%(w/v), 2-methyl-1,4-pentanediol 10%(v/v), Calcium Chloride 120mM, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: default / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 287149 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3A12

3a12


解像度: 2.25→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 15.283 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2583 14396 5 %RANDOM
Rwork0.2201 ---
obs0.222 286386 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 132.08 Å2 / Biso mean: 51.496 Å2 / Biso min: 11.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.45 Å20 Å20 Å2
2---4.19 Å20 Å2
3----4.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34306 0 260 2011 36577
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01935432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0061.96148076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.10854359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.86923.6141638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.001155645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7815220
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.25065
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02127302
LS精密化 シェル解像度: 2.249→2.307 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 1025 -
Rwork0.33 19027 -
all-20052 -
obs--98.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.55140.0234-0.2541.22170.25021.71210.0368-0.0322-0.0757-0.5587-0.0810.2859-0.4004-0.23320.04420.3860.1292-0.14720.219-0.01780.266478.202644.9261.4773
20.8544-0.3366-0.1171.63980.39541.4708-0.076-0.034-0.0325-0.7826-0.00860.262-0.0766-0.22850.08460.70490.0608-0.16790.17140.00730.137271.9699-1.3492-28.3597
30.4786-0.13760.14911.3926-0.35211.43450.025-0.00780.0172-0.45010.0710.20590.2846-0.2654-0.0960.2755-0.0391-0.07450.2950.02180.257566.2983-43.45247.5879
40.86740.22480.39592.0938-0.03871.18150.02650.0849-0.0490.95390.07440.4202-0.3412-0.1737-0.10090.52820.05870.22760.27530.02850.319368.8465-23.02759.4709
50.85870.6257-0.25841.9446-0.0091.0560.13290.11470.08640.694-0.04830.3552-0.0704-0.1594-0.08460.28590.03810.14410.26020.00750.302576.55831.806555.915
60.56590.16380.38711.5943-0.3872.36-0.0485-0.02680.062-0.8411-0.2155-0.30220.83530.37580.2640.70470.24530.31260.22280.08930.24547.355-44.901646.4117
70.7655-0.26130.12321.3051-0.30062.1163-0.0959-0.04430.0438-0.4546-0.0696-0.21610.01830.35760.16550.57030.06030.11060.20420.03110.172513.25771.523516.2189
80.4768-0.1614-0.14661.48280.83911.966-0.03870.0134-0.0458-0.64750.0825-0.2695-0.70610.4043-0.04380.5271-0.12350.03470.27750.01530.23419.023143.502552.2432
90.85310.3076-0.46762.36120.24611.51390.00510.093-0.01770.8039-0.0272-0.33090.30410.14640.02210.34010.0098-0.19910.2670.02470.316616.561823.0378104.1213
100.69380.59390.11891.9633-0.11230.86160.05810.0283-0.03720.4124-0.1402-0.36280.06450.16670.08210.15620.0148-0.00570.290.04330.32568.7787-31.785100.504
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 444
2X-RAY DIFFRACTION1A501 - 502
3X-RAY DIFFRACTION2B7 - 444
4X-RAY DIFFRACTION2B501 - 502
5X-RAY DIFFRACTION3C7 - 444
6X-RAY DIFFRACTION3C501 - 502
7X-RAY DIFFRACTION4D9 - 444
8X-RAY DIFFRACTION4D501 - 502
9X-RAY DIFFRACTION5E7 - 444
10X-RAY DIFFRACTION5E501 - 502
11X-RAY DIFFRACTION6F9 - 444
12X-RAY DIFFRACTION6F501 - 502
13X-RAY DIFFRACTION7G9 - 444
14X-RAY DIFFRACTION7G501 - 502
15X-RAY DIFFRACTION8H8 - 444
16X-RAY DIFFRACTION8H501 - 502
17X-RAY DIFFRACTION9I9 - 444
18X-RAY DIFFRACTION9I501 - 502
19X-RAY DIFFRACTION10J8 - 444
20X-RAY DIFFRACTION10J501 - 502

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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