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万見
- PDB-3wqc: D-threo-3-hydroxyaspartate dehydratase from Delftia sp. HT23 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wqc
タイトルD-threo-3-hydroxyaspartate dehydratase from Delftia sp. HT23
要素D-threo-3-hydroxyaspartate dehydratase
キーワードLYASE / Dehydratase / PLP
機能・相同性
機能・相同性情報


threo-3-hydroxy-D-aspartate ammonia-lyase / ammonia-lyase activity / D-serine ammonia-lyase activity / D-serine catabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / D-serine dehydratase-like domain / D-serine dehydratase-like domain / D-serine dehydratase-like domain superfamily / Putative serine dehydratase domain / Putative serine dehydratase domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase ...: / D-serine dehydratase-like domain / D-serine dehydratase-like domain / D-serine dehydratase-like domain superfamily / Putative serine dehydratase domain / Putative serine dehydratase domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / D-threo-3-hydroxyaspartate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Delftia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Yasutake, Y. / Matsumoto, Y. / Wada, M.
引用ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2015
タイトル: Structural insights into the substrate stereospecificity of D-threo-3-hydroxyaspartate dehydratase from Delftia sp. HT23: a useful enzyme for the synthesis of optically pure L-threo- ...タイトル: Structural insights into the substrate stereospecificity of D-threo-3-hydroxyaspartate dehydratase from Delftia sp. HT23: a useful enzyme for the synthesis of optically pure L-threo- and D-erythro-3-hydroxyaspartate
著者: Matsumoto, Y. / Yasutake, Y. / Takeda, Y. / Tamura, T. / Yokota, A. / Wada, M.
履歴
登録2014年1月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Database references
改定 1.22015年8月26日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-threo-3-hydroxyaspartate dehydratase
B: D-threo-3-hydroxyaspartate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,06114
ポリマ－83,0982
非ポリマー96312
水11,710650
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7590 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area25880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.689, 157.689, 158.784
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-789-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 D-threo-3-hydroxyaspartate dehydratase / D-THA DH / D-THA dehydratase / Threo-3-hydroxy-D-aspartate ammonia-lyase


分子量: 41549.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Delftia (バクテリア) / 株: HT23 / 遺伝子: dthadh / プラスミド: pTip-QC2 / 発現宿主: Rhodococcus erythropolis (バクテリア) / 株 (発現宿主): L88
参照: UniProt: B2DFG5, threo-3-hydroxy-D-aspartate ammonia-lyase

-
非ポリマー , 5種, 662分子

#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 650 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細SG ATOM OF CYS 353 AND NE2 ATOM OF HIS 351 ARE COORDINATED TO THE ACTIVE-SITE METAL MG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 13% PEG3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 157557 / Num. obs: 157557 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 33.66
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.765 / Mean I/σ(I) obs: 4.99 / Num. unique all: 7806 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→45.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 1.585 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1518 7908 5 %RANDOM
Rwork0.1211 ---
obs0.1227 149594 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 164.66 Å2 / Biso mean: 21.614 Å2 / Biso min: 7.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å2-0 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→45.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5731 0 55 650 6436
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0195987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1771.9538133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9125794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.30122.734267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.92715950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2951565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.170.2920
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0214605
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.95435987
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.7595185
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded19.21356341
LS精密化 シェル解像度: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 550 -
Rwork0.154 10413 -
all-10963 -
obs--98.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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