PDB-3wpr: Acinetobacter sp. Tol 5 AtaA N-terminal half of C-terminal stalk ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wpr

タイトル

Acinetobacter sp. Tol 5 AtaA N-terminal half of C-terminal stalk fused to GCN4 adaptors (CstalkN)

要素

Trimeric autotransporter adhesin

キーワード

CELL ADHESION / adhesin / trimeric autotransporter adhesin / TAA / nanofiber

機能・相同性

機能・相同性情報

cell outer membrane / protein transport / cell adhesion / cell surface
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.899 Å

データ登録者

Koiwai, K. / Hartmann, M.D. / Yoshimoto, S. / Nur 'Izzah, N. / Suzuki, A. / Linke, D. / Lupas, A.N. / Hori, K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Toughness and Flexibility in the C-terminal Passenger Domain of an Acinetobacter Trimeric Autotransporter Adhesin.
著者: Koiwai, K. / Hartmann, M.D. / Linke, D. / Lupas, A.N. / Hori, K.

履歴

登録	2014年1月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月30日	Group: Database references
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wpr.cif.gz	251.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wpr.ent.gz	204.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wpr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3wpr_validation.pdf.gz	455.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3wpr_full_validation.pdf.gz	460.3 KB	表示
XML形式データ	3wpr_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	3wpr_validation.cif.gz	36.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/3wpr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/3wpr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wp8C 3wpaSC 3wpoC 3wppC 3wqaC 2ynyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ok4-d 4cpc-1 4cpc-2 3wqa-d 6qp4-d 5bvz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Trimeric autotransporter adhesin

B: Trimeric autotransporter adhesin

C: Trimeric autotransporter adhesin

72.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.390, 42.980, 118.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Trimeric autotransporter adhesin 分子量: 24281.203 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 3170-3332 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acinetobacter (バクテリア) / 株: Tol 5 / 遺伝子: ataA / プラスミド: pIBA-GCN4tri / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) STAR / 参照: UniProt: K7ZP88
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.13M Na-acetate, 0.66M Na-citrate, 6.7% PEG 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月17日

放射

モノクロメーター: Fixed exit Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.899→38.632 Å / Num. all: 55815 / Num. obs: 55815 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 31.87 Å²

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.9-2.01		0.92	0.694	1.85	30213	8943	8788	0.823	98.3
2.01-2.15		0.982	0.34	3.45	28656	8509	8468	0.405	99.5
2.15-2.32		0.988	0.226	5.11	25671	7875	7841	0.271	99.6
2.32-2.55		0.996	0.141	7.92	25276	7274	7261	0.167	99.8
2.55-2.84		0.998	0.081	12.8	21869	6576	6562	0.097	99.8
2.84-3.28		0.999	0.043	21.98	19992	5853	5837	0.051	99.7
3.28-4.01		0.999	0.028	35.76	16454	4971	4940	0.033	99.4
4.01-5.64		1	0.018	49.23	12862	3896	3872	0.021	99.4
	5.64	0.999	0.02	54.22	7082	2281	2246	0.024	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2YNY, 3WPA

2yny

3wpa

解像度: 1.899→38.632 Å / FOM work R set: 0.6282 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 40.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2789	2758	4.99 %
R_work	0.2363	-	-
obs	0.2383	55325	98.54 %
all	-	55331	-

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 165.27 Å² / B_iso mean: 65.05 Å² / B_iso min: 32.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.899→38.632 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4606	0	0	263	4869

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4625
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.689	6314
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	828
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	831
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.546	1610

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8992-1.9319	0.5101	131	0.4556	2498	2629	94
1.9319-1.967	0.457	136	0.428	2580	2716	98
1.967-2.0049	0.4597	136	0.4145	2580	2716	99
2.0049-2.0458	0.45	137	0.391	2638	2775	98
2.0458-2.0903	0.4725	134	0.3644	2563	2697	99
2.0903-2.1389	0.3914	138	0.3373	2621	2759	98
2.1389-2.1924	0.361	135	0.3063	2577	2712	98
2.1924-2.2516	0.3337	138	0.2954	2618	2756	99
2.2516-2.3179	0.3604	138	0.2847	2616	2754	99
2.3179-2.3927	0.3253	136	0.2633	2625	2761	99
2.3927-2.4782	0.3005	136	0.2412	2601	2737	99
2.4782-2.5774	0.297	139	0.241	2644	2783	99
2.5774-2.6947	0.3044	140	0.2241	2654	2794	99
2.6947-2.8367	0.2591	137	0.2135	2617	2754	99
2.8367-3.0144	0.2385	140	0.2205	2655	2795	100
3.0144-3.247	0.2852	142	0.2282	2690	2832	100
3.247-3.5736	0.2812	141	0.2134	2679	2820	100
3.5736-4.0902	0.2257	139	0.1991	2653	2792	99
4.0902-5.1512	0.1939	141	0.1756	2696	2837	99
5.1512-38.6404	0.2606	144	0.2279	2762	2906	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3277	-0.1739	-1.4406	1.4236	-0.3455	5.147	-0.4753	-0.7984	-0.754	0.1416	-0.1237	0.0178	0.5562	0.3015	0.5202	0.7763	0.1327	-0.0061	0.5644	0.0897	0.4688	-70.7675	-4.9737	168.7773
2	1.6946	0.1174	-0.379	1.619	-0.1758	2.6722	0.0125	-0.1187	0.1307	-0.2021	-0.1644	-0.3816	-0.8703	0.914	0.0841	0.6447	-0.1494	0.069	0.454	-0.0539	0.4878	-52.9418	6.2028	127.9177
3	1.4399	0.5984	-0.3996	1.0973	-0.6513	0.8018	0.2758	-0.0565	0.1071	0.2426	-0.2206	0.0828	-0.1479	0.1999	-0.0561	0.5632	0.0757	0.0854	0.3316	0.0433	0.5341	-42.9819	-2.2338	86.7333
4	2.5404	-0.1004	-1.6584	2.6049	0.378	3.4165	0.3551	0.2887	0.3088	-0.3986	0.1112	-0.1268	-0.7301	0.2533	-0.39	0.2793	-0.0355	-0.1081	0.5108	0.0532	0.44	-15.4829	2.9772	49.5439
5	2.6515	-0.3329	-1.9873	0.5005	-0.6117	2.9065	0.5782	0.2991	-0.197	-0.1172	-0.5112	-0.2407	-0.7077	0.0963	0.0433	1.1447	0.015	0.2856	1.1333	0.026	0.7072	11.4274	-3.5562	7.2254
6	1.2491	-0.2772	-1.967	0.8166	-0.0743	6.2085	-0.0533	-0.6268	0.0286	0.1735	-0.0418	-0.3148	-1.2817	0.6479	0.1497	0.7267	0.1452	-0.0486	0.6326	-0.0202	0.4835	-69.4034	6.0424	166.9973
7	1.5014	-0.6741	-0.8497	1.7913	0.182	3.4184	-0.3219	0.4459	-0.3132	-0.3037	-0.1778	0.0739	0.3907	-0.6661	0.4182	0.8042	-0.1132	0.2034	0.4471	-0.0832	0.6118	-61.9224	0.1182	123.9687
8	2.1867	-0.1778	-2.0117	1.3509	-0.6865	4.6272	0.1912	-0.7589	0.1343	0.477	-0.1365	0.1696	-0.294	1.2993	-0.042	0.6292	-0.0413	0.0574	0.5731	-0.0315	0.5068	-34.3428	-3.7399	91.0121
9	1.8154	0.4588	-1.0456	1.7597	-0.6446	2.2478	0.1021	0.6916	0.08	-0.315	0.1924	0.2327	-0.2047	-0.4585	-0.2302	0.3202	0.0496	-0.152	0.5873	0.0416	0.4158	-20.3522	0.0845	46.9932
10	0.0474	-0.0629	-0.084	0.3167	0.9148	2.746	-0.2971	0.4325	-0.1581	-0.1841	-0.7238	-1.1041	-0.4283	-0.6771	0.4434	1.0967	-0.0169	0.4954	1.2652	0.081	0.8991	3.5963	5.7638	16.0031
11	2.5037	0.0189	-1.3939	2.1008	-0.2843	5.6386	-0.6428	0.1236	-0.2141	-0.2886	0.1013	0.1954	0.0269	-1.9029	0.2748	0.7569	0.0859	0.0198	0.7312	-0.0365	0.4743	-78.4376	1.0875	165.1074
12	2.4566	0.8164	-0.5265	1.4739	0.274	3.306	-0.4516	-0.5431	-0.7041	0.2714	0.0347	-0.0435	1.1791	0.8882	0.3698	0.9504	0.0593	0.1994	0.5515	-0.0129	0.5916	-53.332	-5.3993	128.3056
13	2.2991	0.0548	-2.203	0.8632	0.1917	3.1561	0.883	-0.3912	0.8173	0.1101	-0.1312	0.2937	-1.2065	0.3647	-0.7417	0.749	-0.1343	0.1974	0.47	-0.0761	0.6083	-37.6083	5.5136	89.3912
14	2.1053	-0.0379	-1.2383	1.439	-0.1083	1.7405	-0.104	0.2017	-0.1188	-0.1873	-0.0172	-0.1973	0.0239	0.1787	0.1192	0.2642	-0.0128	-0.1047	0.5107	0.0137	0.4394	-15.6949	-3.2557	49.3845
15	1.5938	-0.1237	-2.2295	0.1974	0.3012	3.0649	0.5868	0.6244	0.161	-1.1379	-0.3183	0.0926	-0.2573	-0.2381	-0.1716	1.3428	0.3717	0.2216	2.281	0.0996	0.7108	-0.609	-1.5155	5.8491

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESSEQ 3142:3174)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESSEQ 3175:3225)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESSEQ 3226:3262)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESSEQ 3263:3330)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESSEQ 3331:3366)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESSEQ 3144:3174)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESSEQ 3175:3225)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESSEQ 3226:3262)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESSEQ 3263:3330)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESSEQ 3331:3350)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN C AND RESSEQ 3142:3174)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN C AND RESSEQ 3175:3225)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN C AND RESSEQ 3226:3262)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN C AND RESSEQ 3263:3330)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN C AND RESSEQ 3331:3359)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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